| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第10-23页 |
| 1.1 分子系统学概述 | 第10页 |
| 1.2 叶绿体基因组学的研究现状 | 第10-13页 |
| 1.2.1 叶绿体基因组的起源与进化 | 第11页 |
| 1.2.2 叶绿体基因组的结构 | 第11-12页 |
| 1.2.3 叶绿体基因组的应用 | 第12-13页 |
| 1.3 树兰亚科的系统发生学研究 | 第13-15页 |
| 1.4 谱系地理学研究进展 | 第15-18页 |
| 1.4.1 植物谱系地理学的基本概况 | 第15-16页 |
| 1.4.2 分子标记在植物谱系地理学中的应用 | 第16页 |
| 1.4.3 东亚地区谱系地理学的研究现状 | 第16-18页 |
| 1.5 兰科植物的多样性研究 | 第18-19页 |
| 1.6 细茎石斛的生物学特性及研究现状 | 第19-21页 |
| 1.6.1 细茎石斛的分类学特性 | 第20-21页 |
| 1.6.2 细茎石斛的研究现状 | 第21页 |
| 1.7 本研究的目的和意义 | 第21-23页 |
| 第2章 细茎石斛及其他兰科植物的叶绿体比较基因组学研究 | 第23-40页 |
| 2.1 引言 | 第23页 |
| 2.2 材料与方法 | 第23-26页 |
| 2.2.1 材料 | 第23-24页 |
| 2.2.2 DNA的提取和纯化 | 第24页 |
| 2.2.3 测序文库的构建、序列的组装 | 第24-25页 |
| 2.2.4 基因标注 | 第25页 |
| 2.2.5 细茎石斛以及铁皮石斛叶绿体基因组的比对 | 第25页 |
| 2.2.6 基于基因组的系统发生分析 | 第25-26页 |
| 2.3 结果与分析 | 第26-36页 |
| 2.3.1 细茎石斛和铁皮石斛的测序结果 | 第26页 |
| 2.3.2 叶绿体基因组结构分析 | 第26-29页 |
| 2.3.3 细茎石斛和铁皮石斛基因组的比较 | 第29页 |
| 2.3.4 基于基因组的系统发生关系 | 第29-33页 |
| 2.3.5 七种兰科植物基因组结构的比较 | 第33-34页 |
| 2.3.6 兰科IR侧翼基因的序列分析 | 第34-35页 |
| 2.3.7 ndh基因在树兰亚科的变化 | 第35-36页 |
| 2.4 讨论 | 第36-39页 |
| 2.4.1 IR的扩张以及收缩 | 第36-37页 |
| 2.4.2 ndh基因的功能的丢失 | 第37-38页 |
| 2.4.3 基于叶绿体基因组的系统发生关系 | 第38页 |
| 2.4.4 叶绿体基因组在谱系地理中的应用 | 第38-39页 |
| 2.5 结论 | 第39-40页 |
| 第3章 叶绿体比较基因组在树兰亚科系统发生中的应用 | 第40-49页 |
| 3.1 引言 | 第40页 |
| 3.2 材料与方法 | 第40-41页 |
| 3.2.1 编码蛋白的基因的序列分化 | 第40-41页 |
| 3.2.2 基于cp DNA标记的树兰亚科的系统发生分析 | 第41页 |
| 3.3 结果与分析 | 第41-46页 |
| 3.3.1 兰科植物叶绿体基因组中编码区高突变位点 | 第41-43页 |
| 3.3.2 基于4个cpDNA序列重新构建系统发生关系 | 第43-46页 |
| 3.4 讨论 | 第46-48页 |
| 3.4.1 基因分化 | 第46页 |
| 3.4.2 树兰亚科的系统发生 | 第46-48页 |
| 3.5 结论 | 第48-49页 |
| 第4章 细茎石斛野生居群的遗传多样性及遗传结构研究 | 第49-63页 |
| 4.1 引言 | 第49页 |
| 4.2 材料和方法 | 第49-53页 |
| 4.2.1 材料 | 第49-50页 |
| 4.2.2 DNA提取以及微卫星分型 | 第50-52页 |
| 4.2.3 数据处理 | 第52-53页 |
| 4.3 结果与分析 | 第53-60页 |
| 4.3.1 SSR位点的特征 | 第53-54页 |
| 4.3.2 居群的遗传多样性 | 第54-58页 |
| 4.3.3 居群遗传结构 | 第58-59页 |
| 4.3.4 历史上居群的收缩 | 第59-60页 |
| 4.4 讨论 | 第60-62页 |
| 4.4.1 SSR分子标记的通用性 | 第60页 |
| 4.4.2 居群遗传多样性和遗传结构 | 第60-61页 |
| 4.4.3 最近的统计学事件 | 第61-62页 |
| 4.4.4 保护策略 | 第62页 |
| 4.5 结论 | 第62-63页 |
| 第5章 细茎石斛及其复合种的谱系地理学研究 | 第63-81页 |
| 5.1 引言 | 第63页 |
| 5.2 材料与方法 | 第63-67页 |
| 5.2.1 材料 | 第63页 |
| 5.2.2 PCR扩增 | 第63-64页 |
| 5.2.3 cpDNA和ITS的序列比对 | 第64-66页 |
| 5.2.4 序列分析 | 第66-67页 |
| 5.3 结果 | 第67-76页 |
| 5.3.1 cpDNA单倍型分布以及居群遗传多样性检测 | 第67页 |
| 5.3.2 基于cpDNA的群体遗传结构 | 第67-71页 |
| 5.3.3 基于cpDNA单倍型的系统发生树分析以及分化时间的估计 | 第71-72页 |
| 5.3.4 基于cpDNA序列变化的居群动态历史 | 第72-73页 |
| 5.3.5 基于ITS的核基因型分布以及居群遗传多样性检测 | 第73-74页 |
| 5.3.6 基于ITS的系统发生树分析 | 第74-76页 |
| 5.4 讨论 | 第76-79页 |
| 5.4.1 居群的遗传多样性和遗传结构 | 第76页 |
| 5.4.2 细茎石斛居群在中国大陆的动态历史 | 第76-77页 |
| 5.4.3 细茎石斛居群在台湾、日本、韩国岛屿的动态历史 | 第77-78页 |
| 5.4.4 细茎石斛在东亚的可能迁移路线 | 第78页 |
| 5.4.5 细茎石斛、霍山石斛、河南石斛以及伏牛石斛种间关系 | 第78-79页 |
| 5.5 结论 | 第79-81页 |
| 第6章 结论与展望 | 第81-83页 |
| 6.1 结论 | 第81页 |
| 6.2 展望 | 第81-83页 |
| 参考文献 | 第83-104页 |
| 附录 | 第104-108页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第108-109页 |
| 致谢 | 第109页 |
