| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 蛋白质-RNA相互作用的研究背景 | 第10-18页 |
| 1.1 蛋白质-RNA的相互作用 | 第10-12页 |
| 1.1.1 蛋白质-RNA相互作用概述 | 第10-11页 |
| 1.1.2 蛋白质-RNA相互作用的实验研究方法 | 第11-12页 |
| 1.2 蛋白质-RNA相互作用特征 | 第12-13页 |
| 1.2.1 RNA结合蛋白特征 | 第12页 |
| 1.2.2 RNA-蛋白质相互作用特点 | 第12-13页 |
| 1.3 生物信息学概述 | 第13-14页 |
| 1.3.1 生物信息学介绍 | 第13页 |
| 1.3.2 生物信息学与药物设计 | 第13-14页 |
| 1.4 数据挖掘与RNA结合位点预测研究 | 第14-15页 |
| 1.5 蛋白质RNA结合位点预测的研究现状 | 第15-16页 |
| 1.6 本文的主要研究思路与内容 | 第16-17页 |
| 1.7 本章小结 | 第17-18页 |
| 第二章 蛋白质-RNA相互作用预测研究 | 第18-49页 |
| 2.1 引言 | 第18-19页 |
| 2.1.1 研究目的 | 第18页 |
| 2.1.2 研究思路 | 第18-19页 |
| 2.2 材料与方法 | 第19-20页 |
| 2.2.1 数据集和RNA结合位点残基的定义 | 第19页 |
| 2.2.1.1 RBP195和RBP68 | 第19页 |
| 2.2.1.2 Dataset188 | 第19页 |
| 2.2.1.3 RBP138和RBP42 | 第19页 |
| 2.2.2 结合位点残基的定义 | 第19-20页 |
| 2.2.3 随机森林算法的实现 | 第20页 |
| 2.3 氨基酸残基的结构和序列描述符计算 | 第20-25页 |
| 2.3.1 表面残基静电势能特征的设计及计算 | 第20-22页 |
| 2.3.2 残基三元组交界面倾向性特征的设计及计算 | 第22-23页 |
| 2.3.3 位点特异性打分矩阵形式的残基保守性信息 | 第23页 |
| 2.3.4 蛋白质表面残基的几何特征计算 | 第23-24页 |
| 2.3.5 残基的物理化学性质 | 第24-25页 |
| 2.4 氨基酸残基的特征表示方法 | 第25-26页 |
| 2.5 预测模型的评价标准 | 第26页 |
| 2.6 Web-server构建 | 第26-27页 |
| 2.7 结果与讨论 | 第27-48页 |
| 2.7.1 静电表面势能特征值的分布 | 第27-28页 |
| 2.7.2 不同的聚类模块在RNA结合位点残基和非RNA结合位点残基中的分布 | 第28-30页 |
| 2.7.3 残基三元组交界面倾向性分析 | 第30-34页 |
| 2.7.4 最优模块类型和模块大小的确定与模型构建 | 第34-37页 |
| 2.7.5 蛋白质RNA结合位点残基网页预测平台RNAProSite | 第37-39页 |
| 2.7.6 每种类型特征对RNAProSite预测性能的贡献评价 | 第39-42页 |
| 2.7.7 RNAProSite与其他常用预测方法的基准测试研究 | 第42-43页 |
| 2.7.8 数据集组成、模型训练算法、RNA结合位点残基定义方法与模型预测性能的关系 | 第43-44页 |
| 2.7.9 蛋白质构象变化对预测结果的影响评价 | 第44页 |
| 2.7.10 方法RNAProSite在三种类型蛋白质的预测结果的差异性分析 | 第44-47页 |
| 2.7.11 RNAProSite预测优势分析 | 第47-48页 |
| 2.8 本章小结 | 第48-49页 |
| 第三章 DNA结合蛋白预测方法 | 第49-57页 |
| 3.1 背景介绍 | 第49-51页 |
| 3.1.1 蛋白质-DNA相互作用概述 | 第49页 |
| 3.1.2 蛋白质-DNA相互作用的特点 | 第49-50页 |
| 3.1.3 DNA结合蛋白预测的研究目的和研究思路 | 第50-51页 |
| 3.1.3.1 DNA结合蛋白预测的研究目的 | 第50页 |
| 3.1.3.2 DNA结合蛋白预测的研究思路 | 第50-51页 |
| 3.1.4 DNA结合蛋白的研究现状 | 第51页 |
| 3.2 材料与方法 | 第51-54页 |
| 3.2.1 数据集 | 第51-52页 |
| 3.2.1.1 数据集Dataset456 | 第51-52页 |
| 3.2.1.2 数据集Dataset276 | 第52页 |
| 3.2.1.3 DNA结合位点残基定义 | 第52页 |
| 3.2.2 基于蛋白质结构和序列的特征计算 | 第52-53页 |
| 3.2.2.1 氨基酸残基表面静电势与残基三元组交界面倾向性特征 | 第52页 |
| 3.2.2.2 整体氨基酸组成、二肽组成和蛋白质分段氨基酸组成 | 第52页 |
| 3.2.2.3 氨基酸残基的物理化学性质 | 第52-53页 |
| 3.2.2.4 蛋白质序列保守性特征 | 第53页 |
| 3.2.2.5 预测的二级结构信息和无序度打分特征 | 第53页 |
| 3.2.3 蛋白质特征转换与描述符挑选 | 第53-54页 |
| 3.2.3.1 特征转换方法 | 第53-54页 |
| 3.2.3.2 特征挑选方法 | 第54页 |
| 3.3 基于支持向量机的DNA结合蛋白预测模型构建与模型评价方法 | 第54页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第54-56页 |
| 3.4.1 预测模型的五折交叉验证分析 | 第54-55页 |
| 3.4.2 DNA结合蛋白预测模型的外部测试分析 | 第55-56页 |
| 3.5 本章小结 | 第56-57页 |
| 第四章 全文总结及展望 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-67页 |
| 硕士期间发表论文情况 | 第67-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 附录1 | 第69-71页 |
