基于结构域的人类整合素粘附体相互作用预测研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-25页 |
| ·研究背景 | 第11-15页 |
| ·蛋白质相互作用 | 第11-12页 |
| ·蛋白质相互作用网络 | 第12-14页 |
| ·信号转导通路 | 第14-15页 |
| ·研究现状 | 第15-22页 |
| ·PPI预测的研究现状 | 第15-18页 |
| ·基于结构域预测PPI的方法 | 第18-19页 |
| ·PPI网络的研究现状 | 第19-21页 |
| ·信号转导通路的研究现状 | 第21-22页 |
| ·研究意义 | 第22-23页 |
| ·本文的章节安排 | 第23-25页 |
| 第二章 数据库分析及数据准备 | 第25-37页 |
| ·相关数据库介绍 | 第25-30页 |
| ·蛋白质层面的数据库 | 第25-27页 |
| ·结构域层面的数据库 | 第27-28页 |
| ·蛋白质与结构域间相互关系的数据库 | 第28-30页 |
| ·DDI数据的处理 | 第30-34页 |
| ·数据库InterDom的处理 | 第30-32页 |
| ·数据库 3did的处理 | 第32-33页 |
| ·数据库DOMINE的处理 | 第33-34页 |
| ·Benchmark data set的准备 | 第34-36页 |
| ·阳性数据集的获取 | 第34-35页 |
| ·阴性数据集的获取 | 第35-36页 |
| ·本章小结 | 第36-37页 |
| 第三章 预测模型的构建与评价分析 | 第37-49页 |
| ·预测模型的构建 | 第37-46页 |
| ·DDI矩阵的构造 | 第38-41页 |
| ·模型构建过程中的计算问题 | 第41-42页 |
| ·模型阈值的推断 | 第42-46页 |
| ·预测模型的评价及分析 | 第46-47页 |
| ·预测模型的评价标准 | 第46-47页 |
| ·与不同的PPI预测方法进行比较 | 第47页 |
| ·本章小结 | 第47-49页 |
| 第四章 模型的应用及信号转导通路的预测 | 第49-61页 |
| ·整合素粘附体相互作用的预测 | 第49-50页 |
| ·相互作用网络的构建及分析 | 第50-54页 |
| ·信号转导通路的预测 | 第54-59页 |
| ·加权PPI网络的构建 | 第54-55页 |
| ·最小权重线性通路的计算 | 第55-56页 |
| ·线性通路的网络化 | 第56-57页 |
| ·预测结果 | 第57-58页 |
| ·结果的评价及分析 | 第58-59页 |
| ·本章小结 | 第59-61页 |
| 第五章 总结与展望 | 第61-65页 |
| ·总结 | 第61-62页 |
| ·展望 | 第62-65页 |
| 参考文献 | 第65-73页 |
| 附录 1 | 第73-77页 |
| 致谢 | 第77-79页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第79页 |
