| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 缩略词（Abbreviation） | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第12-25页 |
| ·文献综述 | 第12-24页 |
| ·结核病流行现状 | 第12页 |
| ·结核分枝杆菌复合群 | 第12-16页 |
| ·缺失区域的比较基因组学 | 第16-21页 |
| ·结核分枝杆菌复合群的分子分型技术 | 第21-24页 |
| ·研究的目的和意义 | 第24-25页 |
| 2 材料与方法 | 第25-36页 |
| ·实验材料 | 第25-29页 |
| ·菌株 | 第25页 |
| ·培养基的配置 | 第25-26页 |
| ·主要仪器和试剂 | 第26页 |
| ·主要试剂的配置 | 第26-27页 |
| ·引物序列 | 第27-29页 |
| ·实验方法 | 第29-36页 |
| ·临床样品的分枝杆菌分离 | 第29页 |
| ·多重PCR进行菌型鉴定 | 第29-30页 |
| ·Spoligotyping分型鉴定 | 第30-33页 |
| ·全基因组的提取 | 第33页 |
| ·M.tb 1458 株全基因组测序 | 第33-35页 |
| ·M.tb 1458 株全基因组注释与分析 | 第35页 |
| ·比较基因组学分析 | 第35-36页 |
| 3 结果与分析 | 第36-52页 |
| ·临床样品分菌结果 | 第36-37页 |
| ·结核病人临床分离株基因分型结果 | 第37-39页 |
| ·M.tb 1458 株基因组的基本特征 | 第39-45页 |
| ·测序及拼接结果 | 第39-41页 |
| ·基因组的注释结果 | 第41-45页 |
| ·比较基因组学分析结果 | 第45-52页 |
| ·M.tb 1458、M.tb H37Rv及M.bovis AF2122_97 的比较结果 | 第45-49页 |
| ·1458 及4株北京型菌株的比较结果 | 第49-52页 |
| 4 讨论 | 第52-58页 |
| ·临床样品分菌 | 第52-53页 |
| ·全基因组测序拼接 | 第53-54页 |
| ·基因组学分析 | 第54-58页 |
| ·IS6110 插入序列 | 第54-57页 |
| ·AceA | 第57-58页 |
| 结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-67页 |
| 附录 | 第67-76页 |
| 致谢 | 第76页 |