| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-25页 |
| ·腈水解酶简介 | 第10-16页 |
| ·腈水解酶概述 | 第10页 |
| ·腈水解酶的分类 | 第10-12页 |
| ·腈水解酶的结构特点 | 第12-15页 |
| ·腈水解酶的催化机制 | 第15-16页 |
| ·结构分析及分子建模简介 | 第16-19页 |
| ·蛋白质结构的模拟和预测 | 第17页 |
| ·同源建模的一般步骤 | 第17-19页 |
| ·酶的热稳定性的机制分析和改造 | 第19-23页 |
| ·酶的热稳定性的概述 | 第20页 |
| ·酶的耐热机制 | 第20-21页 |
| ·提高蛋白质热稳定性的策略 | 第21-22页 |
| ·通过改造蛋白表面的电荷分布来提高热稳定性 | 第22-23页 |
| ·本课题的目标、内容及意义 | 第23-25页 |
| 第二章 腈水解酶的三维结构的构建和分析 | 第25-32页 |
| ·引言 | 第25页 |
| ·材料与方法 | 第25-26页 |
| ·硬件配置 | 第25页 |
| ·软件配置 | 第25页 |
| ·实验流程简介 | 第25-26页 |
| ·结果与讨论 | 第26-31页 |
| ·搜索模板的结果 | 第27页 |
| ·初始序列的比对 | 第27-28页 |
| ·模型的评估 | 第28-29页 |
| ·模型的优化 | 第29-30页 |
| ·PaNit模型的结构特点 | 第30-31页 |
| ·本章小结 | 第31-32页 |
| 第三章 突变热点的选择 | 第32-40页 |
| ·引言 | 第32-33页 |
| ·材料与方法 | 第33-35页 |
| ·硬件配置 | 第33页 |
| ·软件配置 | 第33页 |
| ·实验流程 | 第33-35页 |
| ·结果与讨论 | 第35-39页 |
| ·利用Macrodox对建模蛋白进行预处理 | 第35页 |
| ·输出初步突变位点SITES_LIST.TXT | 第35页 |
| ·利用Macrodox计算溶剂可接触性(SA),修改SITES_LIST.TXT | 第35-36页 |
| ·按包埋率筛选突变氨基酸 | 第36-37页 |
| ·输入surface命令,得到对应的氨基酸的SA | 第37-38页 |
| ·剔除与两个亚基间有联系的氨基酸 | 第38页 |
| ·剔除C末端的氨基酸 | 第38页 |
| ·提出突变位点 | 第38-39页 |
| ·本章小结 | 第39-40页 |
| 第四章 TK-SA模型的编写和腈水解酶PANIT的理性设计 | 第40-53页 |
| ·引言 | 第40-41页 |
| ·材料与方法 | 第41-45页 |
| ·硬件配置 | 第41页 |
| ·软件配置 | 第41页 |
| ·实验方法 | 第41-45页 |
| ·结果与讨论 | 第45-52页 |
| ·程序编写源码如下 | 第45-52页 |
| ·突变的氨基酸的计算结果 | 第52页 |
| ·本章小结 | 第52-53页 |
| 第五章 菌株的构建和突变实验 | 第53-61页 |
| ·引言 | 第53页 |
| ·材料与方法 | 第53-59页 |
| ·主要试剂 | 第53-55页 |
| ·实验方法 | 第55-59页 |
| ·结果与讨论 | 第59-60页 |
| ·突变结果 | 第59页 |
| ·酶活的测定结果 | 第59-60页 |
| ·本章小结 | 第60-61页 |
| 第六章 结论与展望 | 第61-62页 |
| ·结论 | 第61页 |
| ·展望 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-65页 |
| 致谢 | 第65页 |