| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-10页 |
| 目录 | 第10-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-35页 |
| 第一节 栉孔扇贝研究现状 | 第13-16页 |
| 1 栉孔扇贝概述 | 第13页 |
| 2 栉孔扇贝研究现状 | 第13-16页 |
| 第二节 基因组文库研究进展 | 第16-28页 |
| 1 基因组文库概述 | 第16页 |
| 2 基因组文库的发展历程 | 第16-20页 |
| ·λ-phage 文库及 cosmid 文库 | 第17页 |
| ·YAC 文库 | 第17-18页 |
| ·Fosmid 文库和 BAC 文库 | 第18-19页 |
| ·P1 噬菌体文库和 PAC 文库 | 第19页 |
| ·BIBAC 文库和 TAC 文库 | 第19-20页 |
| 3 BAC 载体的特征及发展历程 | 第20-23页 |
| 4 BAC 文库的构建 | 第23页 |
| 5 BAC 文库在基因组研究上的应用 | 第23-28页 |
| ·基因或 QTL 的图位克隆 | 第24页 |
| ·物理图谱的构建 | 第24-25页 |
| ·物理图谱与遗传图谱的整合 | 第25-26页 |
| ·BAC-FISH | 第26页 |
| ·辅助基因组测序 | 第26-27页 |
| ·比较基因组分析 | 第27-28页 |
| 第三节 全基因组测序概述 | 第28-35页 |
| 1 高通量测序技术的进展 | 第28-30页 |
| ·Roche 454 平台 | 第28-29页 |
| ·Illumina Solexa 平台 | 第29页 |
| ·ABI SOLiD 平台 | 第29-30页 |
| 2 传统全基因组测序策略 | 第30页 |
| 3 高通量测序技术在全基因组测序中的应用 | 第30-33页 |
| ·全基因组 de novo 测序 | 第30-31页 |
| ·全基因组重测序 | 第31页 |
| ·全基因组序列组装 | 第31-33页 |
| 4 海洋动物基因组测序现状 | 第33-35页 |
| 第二章 栉孔扇贝 BAC 文库的构建及质量评价 | 第35-70页 |
| 第一节 栉孔扇贝 BAC 文库的构建 | 第35-59页 |
| 0 引言 | 第35页 |
| 1 材料与方法 | 第35-50页 |
| ·材料 | 第35页 |
| ·耗材与仪器 | 第35-36页 |
| ·试剂 | 第36-40页 |
| ·方法 | 第40-50页 |
| 2 结果分析 | 第50-56页 |
| ·栉孔扇贝高分子量 DNA 的提取 | 第50-51页 |
| ·酶切条件的确定 | 第51-52页 |
| ·高分子量 DNA 的二次片段分离及电洗脱回收 | 第52-54页 |
| ·连接反应 | 第54页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第54-55页 |
| ·电击转化 | 第55页 |
| ·文库保存 | 第55-56页 |
| ·混合池的构建 | 第56页 |
| 3 讨论 | 第56-59页 |
| ·栉孔扇贝高分子量 DNA 的制备 | 第56-57页 |
| ·限制性内切酶的选择 | 第57页 |
| ·大片段 DNA 的分离 | 第57页 |
| ·连接与转化 | 第57-58页 |
| ·文库的保存与混合池的构建 | 第58-59页 |
| 第二节 栉孔扇贝 BAC 文库的质量评价 | 第59-70页 |
| 0 引言 | 第59页 |
| 1 材料与方法 | 第59-63页 |
| ·材料 | 第59页 |
| ·试剂 | 第59-60页 |
| ·方法 | 第60-63页 |
| 2 结果分析 | 第63-67页 |
| ·BAC 文库平均插入片段大小及覆盖率的鉴定 | 第63页 |
| ·BAC 文库克隆稳定性检测 | 第63-65页 |
| ·文库代表性检测 | 第65-67页 |
| 3 讨论 | 第67-70页 |
| ·BAC 文库的总体鉴定 | 第67-68页 |
| ·栉孔扇贝各基因组文库比较 | 第68-69页 |
| ·文库的筛选 | 第69-70页 |
| 第三章 栉孔扇贝 BAC 文库的应用——功能基因的筛选及定位 | 第70-95页 |
| 第一节 栉孔扇贝若干功能基因在 BAC 文库中的筛选及鉴定、分析 | 第71-80页 |
| 0 引言 | 第71页 |
| 1 材料与方法 | 第71-74页 |
| ·材料 | 第71页 |
| ·方法 | 第71-74页 |
| 2 结果分析 | 第74-78页 |
| ·引物验证结果 | 第74页 |
| ·基因的文库筛选结果 | 第74-78页 |
| 3 讨论 | 第78-80页 |
| 第二节 基于BAC的功能基因定位尝试——Toll样受体信号通路关键基因的染色体定位 | 第80-95页 |
| 0 引言 | 第80-81页 |
| 1 材料与方法 | 第81-86页 |
| ·材料 | 第81页 |
| ·试剂 | 第81页 |
| ·仪器 | 第81-82页 |
| ·方法 | 第82-86页 |
| 2 结果分析 | 第86-91页 |
| ·克隆验证 | 第86页 |
| ·染色体材料制备 | 第86页 |
| ·探针制备 | 第86-87页 |
| ·FISH 定位结果 | 第87-90页 |
| ·定位染色体的鉴别 | 第90页 |
| ·共杂交 | 第90-91页 |
| 3 讨论 | 第91-95页 |
| 第四章 栉孔扇贝基因组勘探测序及特征分析 | 第95-113页 |
| 0 引言 | 第95-96页 |
| 1 材料与方法 | 第96-101页 |
| ·材料获取 | 第96页 |
| ·基因组 DNA 的提取 | 第96页 |
| ·测序文库的构建 | 第96-98页 |
| ·测序 | 第98-99页 |
| ·数据处理与分析 | 第99-101页 |
| ·重复元件筛查 | 第101页 |
| 2 结果分析 | 第101-109页 |
| ·基因组 DNA 的提取检测 | 第101-102页 |
| ·测序文库构建及测序 | 第102页 |
| ·数据处理 | 第102-107页 |
| ·重复序列分析 | 第107-109页 |
| 3 讨论 | 第109-113页 |
| ·基因组大小估计 | 第109-110页 |
| ·基因组覆盖度研究 | 第110页 |
| ·栉孔扇贝重复序列特征 | 第110-112页 |
| ·栉孔扇贝全基因组组装策略探讨 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-125页 |
| 附录 | 第125-126页 |
| 致谢 | 第126-127页 |
| 个人简历 | 第127页 |
| 学术成果 | 第127-128页 |
