| 中文摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-25页 |
| ·生命科学研究的新动态 | 第9-10页 |
| ·生物信息学 | 第10-14页 |
| ·Z 曲线理论 | 第14-16页 |
| ·Z 曲线理论的应用 | 第16-22页 |
| ·基于Z 曲线理论的基因识别算法 | 第16-17页 |
| ·细菌基因组水平基因转移研究 | 第17页 |
| ·古细菌基因组复制起始位点的识别 | 第17-18页 |
| ·高G+C 含量细菌和古细菌基因组结构研究 | 第18-19页 |
| ·比较基因组学与分子进化研究 | 第19-22页 |
| ·论文的主要工作 | 第22-25页 |
| 第二章 Isochore 研究进展综述 | 第25-35页 |
| ·Isochore 结构的发现与发展 | 第25-29页 |
| ·Isochore 结构的发现 | 第25-27页 |
| ·Isochore 结构存在与否的争论 | 第27页 |
| ·Isochore 与复制时间区域的关联 | 第27-29页 |
| ·鱼类基因组中isochore 结构的研究 | 第29页 |
| ·Isochore 结构研究的方法 | 第29-30页 |
| ·Z 曲线在研究isochore 结构上的应用 | 第30-35页 |
| ·累积GC 轮廓图法 | 第31-33页 |
| ·基于Z 曲线理论的小波变换法 | 第33页 |
| ·基于Z 曲线理论的新分段算法 | 第33-35页 |
| 第三章 人类基因组Isochore 边界研究 | 第35-56页 |
| ·引言 | 第36-37页 |
| ·材料与方法 | 第37-39页 |
| ·累积GC 轮廓图 | 第37-38页 |
| ·DNA 序列分段的新算法 | 第38-39页 |
| ·结果与讨论 | 第39-55页 |
| ·在单核苷酸精度水平上确定79 个isochore 边界 | 第39-47页 |
| ·部分isochore 边界与重复元件的边界重合 | 第47-48页 |
| ·部分isochore 边界与高保守序列的边界重合 | 第48-52页 |
| ·Isochore 边界附近的序列组成高度保守 | 第52-55页 |
| ·结论 | 第55-56页 |
| 第四章 杨树与脊椎动物基因组isochore 结构研究 | 第56-67页 |
| ·引言 | 第57页 |
| ·材料与方法 | 第57-59页 |
| ·h 参数 | 第58页 |
| ·网上服务软件GC-Profile | 第58-59页 |
| ·结果 | 第59-61页 |
| ·六个基因组的Z’曲线的特征 | 第59-60页 |
| ·六个基因组中的isochore 结构 | 第60-61页 |
| ·讨论 | 第61-66页 |
| ·Isochore 结构的特征 | 第61-62页 |
| ·Isochore 和基因密度、平均内含子长度的关系 | 第62-64页 |
| ·Isochore 中外显子、内含子的平均G+C 含量的特征 | 第64-66页 |
| ·结论 | 第66-67页 |
| 第五章 植物基因组超级保守序列研究 | 第67-84页 |
| ·引言 | 第68-72页 |
| ·分子进化与保守序列 | 第68-71页 |
| ·超级保守序列 | 第71-72页 |
| ·材料与方法 | 第72-74页 |
| ·数据库 | 第72页 |
| ·KMP 算法 | 第72-74页 |
| ·结果 | 第74-78页 |
| ·讨论 | 第78-82页 |
| ·高G+C 含量片段 | 第78-81页 |
| ·低G+C 含量片段 | 第81-82页 |
| ·拟南芥、水稻和杨树三个基因组中的超级保守片段 | 第82页 |
| ·结论 | 第82-84页 |
| 总结论 | 第84-86页 |
| 参考文献 | 第86-95页 |
| 发表论文及参加科研情况说明 | 第95-96页 |
| 攻读博士学位期间发表的主要论文: | 第95页 |
| 参与的科研项目 | 第95-96页 |
| 附录 I 核苷酸代码 | 第96-97页 |
| 附录 II DNA 碱基结构及碱基配对 | 第97-98页 |
| 附录 III Isochore 边界周围序列的权重矩阵 | 第98-102页 |
| 附录 IV 六个基因组中的isochore | 第102-113页 |
| 致谢 | 第113页 |
