| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第一章 分子马达的相关知识背景 | 第10-17页 |
| §1-1 课题的研究背景 | 第10-11页 |
| §1-2 分子马达的分类 | 第11-14页 |
| 1-2-1 动力蛋白的结构和功能 | 第11-12页 |
| 1-2-2 肌球蛋白的结构和功能 | 第12页 |
| 1-2-3 驱动蛋白的结构和功能 | 第12-13页 |
| 1-2-4 旋转马达的结构和功能 | 第13-14页 |
| §1-3 分子马达的运动轨道—微丝、微管 | 第14-16页 |
| §1-4 本论文的主要内容 | 第16-17页 |
| 第二章 驱动蛋白马达 KIF1A 的相关研究 | 第17-25页 |
| §2-1 KIF1A 的结构和功能 | 第17-18页 |
| §2-2 KIF1A 的前进性研究 | 第18页 |
| §2-3 KIF1A 的开关机制研究 | 第18-22页 |
| 2-3-1 驱动蛋白的开关区域 | 第18-19页 |
| 2-3-2 KIF1A 运动过程中两个开关区域的构象变化 | 第19-20页 |
| 2-3-3 开关区域的构象变化引起了颈链区域的构象变化 | 第20页 |
| 2-3-4 开关区域的构象变化改变了马达与微管间的相互作用 | 第20-22页 |
| §2-4 KIF1A 运动机理的研究 | 第22-25页 |
| 2-4-1 驱动蛋白与动机制的研究 | 第22-23页 |
| 2-4-2 KIF1A 运动的微观结构分析 | 第23-25页 |
| 第三章 生物分子间静电相互作用的研究进展 | 第25-36页 |
| §3-1 引言 | 第25页 |
| §3-2 静电相互作用计算方法的最新进展 | 第25-32页 |
| 3-2-1 处理静电相互作用的两种模型 | 第25-26页 |
| 3-2-2 在显式溶剂模型中计算静电相互作用的进展 | 第26-29页 |
| 3-2-3 在隐式溶剂模型中计算静电相互作用的进展 | 第29-32页 |
| §3-3 德拜-休克尔原理 | 第32-36页 |
| 3-3-1 离子氛(ionic atomosphere) | 第32-33页 |
| 3-3-2 德拜-休克尔关于离子溶液的假设 | 第33页 |
| 3-3-3 德拜-休克尔理论关于离子电位的计算 | 第33-36页 |
| 第四章 驱动蛋白马达 KIF1A静电运动机制的研究 | 第36-56页 |
| §4-1 引言 | 第36-37页 |
| §4-2 计算模型的选择和建立 | 第37-45页 |
| 4-2-1 计算中用到的晶体结构 | 第37-40页 |
| 4-2-2 结晶结构的同源模建 | 第40-42页 |
| 4-2-3 计算模型的建立 | 第42-45页 |
| §4-3 计算过程和结果的分析 | 第45-56页 |
| 4-3-1 KIF1A 与微管势场相互作用的周期性分析 | 第45-47页 |
| 4-3-2 不同核苷酸结合态时静电相互作用的变化 | 第47-50页 |
| 4-3-3 KIF1A 运动过程中结合位点的识别 | 第50-53页 |
| 4-3-4 驱动蛋白马达KIF1A 的静电运行机制 | 第53-56页 |
| 第五章 总结 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 攻读硕士学位期间的工作 | 第64页 |
