| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-9页 |
| 第一部分 背景介绍 | 第9-10页 |
| 第二部分 力场参数优化 | 第10-28页 |
| 第一章 绪论 | 第11-14页 |
| ·引言 | 第11-12页 |
| ·研究重点 | 第12-13页 |
| ·第二部分组织结构 | 第13-14页 |
| 第二章 算法设计 | 第14-17页 |
| ·步长加速法 | 第14页 |
| ·遗传算法 | 第14-15页 |
| ·SD/GA结合 | 第15-16页 |
| ·并行实现 | 第16-17页 |
| 第三章 实验结果 | 第17-24页 |
| ·小范围优化过程 | 第18-19页 |
| ·大范围优化过程 | 第19页 |
| ·全程优化 | 第19-20页 |
| ·结果分析及比较 | 第20-21页 |
| ·重新绘制FREE ENERGY LANDSCAPE | 第21-24页 |
| 第四章 进一步工作 | 第24-25页 |
| 参考文献 | 第25-28页 |
| 第三部 分结构域分析 | 第28-56页 |
| 第一章 绪论 | 第29-31页 |
| ·引言 | 第29页 |
| ·研究重点 | 第29-30页 |
| ·第三部分组织结构 | 第30-31页 |
| 第二章 结构域预测现状 | 第31-34页 |
| ·结构域定义 | 第31-32页 |
| ·方法和数据库 | 第32-34页 |
| ·同源建模方法 | 第32页 |
| ·从头预测方法 | 第32-33页 |
| ·本文方法所属类别 | 第33页 |
| ·数据库 | 第33-34页 |
| 第三章 基于SVM的结构域预测系统 | 第34-38页 |
| ·SVM原理 | 第34-36页 |
| ·SVM介绍 | 第34页 |
| ·SVM基本思想 | 第34-35页 |
| ·特点及实际应用 | 第35-36页 |
| ·本文设计思想 | 第36-38页 |
| ·基于序列的结构域预测 | 第36页 |
| ·系统参数及调整过程 | 第36-38页 |
| 第四章 方法和数据 | 第38-41页 |
| ·LIBSVM | 第38页 |
| ·数据库 | 第38-39页 |
| ·SCOP&CATH | 第38页 |
| ·本文使用的数据集 | 第38-39页 |
| ·属性信息 | 第39-40页 |
| ·数据准备 | 第40-41页 |
| ·Win Size | 第40页 |
| ·Slide Size | 第40页 |
| ·随机参数 | 第40页 |
| ·判断函数 | 第40页 |
| ·cross-validation | 第40-41页 |
| 第五章 实验结果 | 第41-52页 |
| ·POSITION INDEX | 第41-45页 |
| ·定义 | 第41-42页 |
| ·实验结果 | 第42-44页 |
| ·比较和分析 | 第44-45页 |
| ·LINKER INDEX & ENTROPY & HYDROPHOBICITY | 第45-49页 |
| ·定义 | 第45-47页 |
| ·实验结果 | 第47-48页 |
| ·比较和分析 | 第48-49页 |
| ·SOLVENT ACC & STRUCTURE | 第49-50页 |
| ·定义 | 第49页 |
| ·实验结果 | 第49-50页 |
| ·PI vs PAS vs ALL | 第50页 |
| ·SVM vs OTHERS' | 第50-52页 |
| 第六章 进一步工作 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-56页 |
| 第四部分 总结与展望 | 第56-57页 |
| 附录A 结构域预测相关数据库地址 | 第57-58页 |
| 附录B 在读期间发表论文与科研情况 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59页 |