| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-19页 |
| ·研究背景 | 第13-15页 |
| ·蛋白质组学 | 第13-14页 |
| ·生物质谱技术和蛋白质鉴定 | 第14-15页 |
| ·研究目的及意义 | 第15页 |
| ·本文的贡献 | 第15-17页 |
| ·本文的结构 | 第17-19页 |
| 第二章 基于串联质谱蛋白质鉴定概述 | 第19-37页 |
| ·蛋白质和多肽 | 第19-21页 |
| ·蛋白质串联质谱数据 | 第21-26页 |
| ·串联质谱的实验流程 | 第21-22页 |
| ·多肽碎裂规律 | 第22-23页 |
| ·多肽理论谱与离子类型 | 第23-25页 |
| ·多肽串联质谱数据特点 | 第25-26页 |
| ·基于串联质谱数据的蛋白质鉴定算法 | 第26-31页 |
| ·从头测序算法 | 第26-28页 |
| ·数据库搜索鉴定算法 | 第28-31页 |
| ·基于肽标签的数据库搜索鉴定算法 | 第31页 |
| ·基于串联质谱数据的蛋白质鉴定工具 | 第31-34页 |
| ·本章小结 | 第34-37页 |
| 第三章 串联质谱离子转换和分类算法 | 第37-61页 |
| ·蛋白质串联质谱离子转换算法 | 第37-48页 |
| ·从头测序问题描述 | 第38-39页 |
| ·离子转换算法-PShifter算法 | 第39-43页 |
| ·基于离子转换模型的从头测序算法 | 第43-46页 |
| ·离子转换算法和从头测序算法的性能分析 | 第46-48页 |
| ·蛋白质串联质谱离子分类算法 | 第48-54页 |
| ·噪音过滤算法 | 第48-50页 |
| ·离子峰的特征提取 | 第50页 |
| ·基于SVM的离子分类算法Ion-Classifier | 第50-52页 |
| ·Ion-Classifier算法的性能分析 | 第52-54页 |
| ·蛋白质串联质谱b/y离子分类算法 | 第54-59页 |
| ·b和y离子的特征提取 | 第54-55页 |
| ·b/y离子的频繁模式挖掘 | 第55-56页 |
| ·b/y离子分类算法-b/y-Classifier算法 | 第56-57页 |
| ·b/y-Classifier算法的性能分析 | 第57-59页 |
| ·本章小结 | 第59-61页 |
| 第四章 串联质谱与多肽序列匹配打分算法 | 第61-81页 |
| ·基于信息论的打分算法 | 第61-67页 |
| ·问题描述与相关定义 | 第62-63页 |
| ·离子组及其匹配打分 | 第63-65页 |
| ·基于熵理论的匹配打分算法-ITPIA算法 | 第65页 |
| ·ITPIA算法的性能分析 | 第65-67页 |
| ·基于kNN的打分算法 | 第67-73页 |
| ·问题描述与相关定义 | 第67-68页 |
| ·强度特征向量提取 | 第68页 |
| ·基于kNN的匹配打分 | 第68-71页 |
| ·实验分析 | 第71-73页 |
| ·基于决策树的打分算法 | 第73-80页 |
| ·问题描述 | 第74页 |
| ·离子频繁模式挖掘 | 第74-75页 |
| ·基于决策树的打分算法-ReCheck算法 | 第75-77页 |
| ·ReCheck算法的性能分析 | 第77-80页 |
| ·本章小结 | 第80-81页 |
| 第五章 基于肽序列标签的数据库搜索算法 | 第81-95页 |
| ·质谱图构建及问题描述 | 第81-83页 |
| ·多肽序列标签求解算法 | 第83-88页 |
| ·平行路径求解 | 第84页 |
| ·互补路径求解 | 第84-88页 |
| ·基于多肽序列标签的蛋白质数据库搜索算法 | 第88-90页 |
| ·多肽序列标签加速数据库搜索 | 第88-89页 |
| ·多肽序列标签精准数据库搜索 | 第89-90页 |
| ·PepCheck算法的性能分析 | 第90-94页 |
| ·质谱数据与蛋白质数据库 | 第90-91页 |
| ·肽序列标签生成算法性能分析 | 第91-92页 |
| ·数据库搜索算法性能分析 | 第92-94页 |
| ·本章小结 | 第94-95页 |
| 第六章 基于质谱比对模型的蛋白质翻译后修饰鉴定算法 | 第95-117页 |
| ·多肽翻译后修饰鉴定问题描述 | 第95-97页 |
| ·带有PTM多肽的质谱比对打分算法 | 第97-108页 |
| ·质谱比对模型 | 第97-100页 |
| ·质谱比对模型的组合优化求解算法 | 第100-104页 |
| ·质谱比对模型的近似求解算法 | 第104-105页 |
| ·质谱比对模型与SA算法的比较分析 | 第105-108页 |
| ·带有PTM多肽的修饰类型的发现和位点识别算法 | 第108-112页 |
| ·基于质谱比对的多肽修饰类型发现算法 | 第109-111页 |
| ·基于质谱比对的多肽修饰位点识别算法 | 第111-112页 |
| ·Check-PTM算法的性能分析 | 第112-115页 |
| ·Check-PTM处理带有单个修饰位点的多肽的性能分析 | 第112-114页 |
| ·Check-PTM处理带有多个修饰位点的多肽的性能分析 | 第114-115页 |
| ·本章小结 | 第115-117页 |
| 第七章 结束语 | 第117-121页 |
| ·本文工作总结 | 第117-118页 |
| ·未来的研究方向 | 第118-121页 |
| 参考文献 | 第121-135页 |
| 致谢 | 第135-137页 |
| 攻博期间发表的文章 | 第137-139页 |
| 科研经历 | 第139-141页 |
| 作者简介 | 第141页 |
