| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-13页 |
| 论文缩略词表 | 第13-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-24页 |
| ·宏(环境微生物)基因组学 | 第14-17页 |
| ·全基因组鸟枪法测序 | 第15-16页 |
| ·基因芯片 | 第16页 |
| ·焦磷酸测序(Pyrosequencing)技术 | 第16-17页 |
| ·国内外研究进展 | 第17-20页 |
| ·环境微生物总基因组的提取与纯化研究 | 第17-18页 |
| ·酸性矿坑水中微生物群落的研究 | 第18-20页 |
| ·气候变化对土壤环境微生物群落研究 | 第20页 |
| ·GeoChip的特点及其在环境微生物群落分析中的应用 | 第20-21页 |
| ·本研究的目的、内容、技术路线和创新性 | 第21-23页 |
| ·展望 | 第23-24页 |
| 第二章 环境样品总DNA的提取及纯化方法比较的研究 | 第24-43页 |
| ·前言 | 第24-25页 |
| ·材料和方法 | 第25-31页 |
| ·样地信息与实验样品采集 | 第25-26页 |
| ·DNA提取程序 | 第26-27页 |
| ·改进后的胶纯化方法 | 第27-28页 |
| ·DNA的定性与定量 | 第28页 |
| ·比较低pH PIPES缓冲液和Tris-HCl缓冲液 | 第28-29页 |
| ·粗DNA纯化的比较 | 第29页 |
| ·比较Tris-HCl缓冲液加改进胶纯化方法和PIPES缓冲液加Promega试剂盒纯化方法 | 第29页 |
| ·PCR放大 | 第29-30页 |
| ·全基因组滚环放大(Rolling circle amplification,RCA)、标记和杂交 | 第30页 |
| ·改进后胶纯化的通用性 | 第30-31页 |
| ·结果 | 第31-40页 |
| ·比较低pH PIPES DNA抽提缓冲液和Tris-HCl DNA抽提缓冲液 | 第31-34页 |
| ·DNA纯化方法的比较 | 第34-40页 |
| ·低溶点胶纯化方法的适用性 | 第40页 |
| ·讨论 | 第40-42页 |
| ·小结 | 第42-43页 |
| 第三章 德兴、银山和永平三座铜矿山酸性矿坑水中微生物群落系统发育的分析研究 | 第43-60页 |
| ·前言 | 第43页 |
| ·材料和方法 | 第43-47页 |
| ·样地描述和取样 | 第43-44页 |
| ·DNA提取与纯化 | 第44-45页 |
| ·16S rDNA基因PCR扩增、纯化、克隆和测序 | 第45-46页 |
| ·序列系统发育分析 | 第46页 |
| ·数据统计及分析 | 第46-47页 |
| ·核苷酸序列登记号 | 第47页 |
| ·结果 | 第47-57页 |
| ·样品地球化学参量特征 | 第47-49页 |
| ·AMD中微生物群落系统发育分析 | 第49-55页 |
| ·微生物群落组成结构和地球化学参量、空间距离的关系 | 第55-57页 |
| ·讨论 | 第57-58页 |
| ·小结 | 第58-60页 |
| 第四章 德兴、银山和永平三座铜矿山酸性矿坑水中微生物群落功能基因的分析研究 | 第60-80页 |
| ·前言 | 第60页 |
| ·实验材料和方法 | 第60-63页 |
| ·样地描述、样品采集和地化参量分析 | 第60-61页 |
| ·样品中微生物群落总DNA提取与纯化(详见3.2.2) | 第61页 |
| ·样品中微生物群落总DNA全基因组放大、标记、芯片杂交和扫描 | 第61-62页 |
| ·芯片数据预处理 | 第62-63页 |
| ·数据统计及分析 | 第63页 |
| ·结果 | 第63-75页 |
| ·样品地化性质分析 | 第63-65页 |
| ·AMD中微生物群落功能基因多样性和结构概述 | 第65-69页 |
| ·检测到功能基因分析 | 第69-75页 |
| ·微生物群落功能基因组成和地化参量、空间距离之间的关系 | 第75-77页 |
| ·讨论 | 第77-79页 |
| ·小结 | 第79-80页 |
| 第五章 美国大平原高草牧场的土壤微生物群落在气候变化下演变的研究 | 第80-102页 |
| ·前言 | 第80页 |
| ·材料和方法 | 第80-85页 |
| ·样地描述 | 第80-82页 |
| ·土壤取样 | 第82页 |
| ·磷酸酯脂肪酸分析 | 第82页 |
| ·BIOLOG分析 | 第82-83页 |
| ·实验室中土壤呼吸的测定 | 第83页 |
| ·土壤有机活性碳和总有机碳的测定 | 第83页 |
| ·微生物群落总DNA提取和纯化 | 第83-84页 |
| ·GeoChip分析 | 第84页 |
| ·数据统计分析 | 第84-85页 |
| ·结果 | 第85-98页 |
| ·土壤温度、湿度和容重分析 | 第85页 |
| ·土壤碳和氮分析 | 第85页 |
| ·土壤呼吸作用、碳源利用、微生物生物量和相对丰度分析 | 第85页 |
| ·功能基因多样性分析 | 第85-88页 |
| ·微生物群落结构概述 | 第88-89页 |
| ·功能基因的聚类分析 | 第89-93页 |
| ·细菌、古菌和真菌的相对丰度 | 第93页 |
| ·碳、氮、硫和磷循环过程相关功能基因的变化 | 第93-96页 |
| ·微生物群落结构和环境变量之间的关系 | 第96-98页 |
| ·讨论 | 第98-100页 |
| ·微生物群落的适应性 | 第98页 |
| ·加温处理的直接作用 | 第98-99页 |
| ·其他因素 | 第99页 |
| ·碳氮循环的生物学意义 | 第99-100页 |
| ·小结 | 第100-102页 |
| 第六章 结论 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-114页 |
| 附录1 用PicoGreen方法对双链DM进行定量的操作说明 | 第114-116页 |
| 致谢 | 第116-117页 |
| 主要研究成果 | 第117-119页 |
