| 摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-23页 |
| 1.1 香青属分类学研究 | 第12-18页 |
| 1.1.1 香青属简介 | 第12-13页 |
| 1.1.2 香青属分类简史 | 第13-14页 |
| 1.1.3 香青属实验分类学研究 | 第14-17页 |
| 1.1.4 分子系统学 | 第17-18页 |
| 1.2 叶绿体基因组研究进展 | 第18-21页 |
| 1.2.1 叶绿体基因组起源与发展 | 第18页 |
| 1.2.2 叶绿体基因组结构特征 | 第18-19页 |
| 1.2.3 叶绿体基因组的进化 | 第19页 |
| 1.2.4 测序技术进展 | 第19-20页 |
| 1.2.5 叶绿体基因组在植物系统发育研究中的应用 | 第20-21页 |
| 1.3 本研究的目的意义 | 第21-23页 |
| 第二章 材料与方法 | 第23-30页 |
| 2.1 实验材料 | 第23-25页 |
| 2.2 实验试剂与仪器 | 第25-26页 |
| 2.2.1 实验试剂 | 第25页 |
| 2.2.2 实验仪器 | 第25-26页 |
| 2.3 研究方法 | 第26-30页 |
| 2.3.1 总DNA的提取 | 第26页 |
| 2.3.2 叶绿体基因组测序、组装和注释 | 第26-28页 |
| 2.3.3 叶绿体基因组的重复序列分析 | 第28页 |
| 2.3.4 密码子使用偏好性分析 | 第28页 |
| 2.3.5 叶绿体基因组比较分析 | 第28页 |
| 2.3.6 系统发育分析 | 第28-30页 |
| 第三章 结果与分析 | 第30-61页 |
| 3.1 香青属叶绿体基因组测序及组装结果 | 第30-32页 |
| 3.2 叶绿体基因组基本信息 | 第32-48页 |
| 3.2.1 叶绿体基因组的基本特征 | 第32-40页 |
| 3.2.2 密码子使用偏好性 | 第40-43页 |
| 3.2.3 串联重复序列和简单重复序列(SSR)分析 | 第43-48页 |
| 3.3 香青属叶绿体基因组的比较 | 第48-54页 |
| 3.3.1 叶绿体基因组全序列比对 | 第48-50页 |
| 3.3.2 IR区的收缩和扩张 | 第50-54页 |
| 3.4 系统发育分析 | 第54-61页 |
| 3.4.1 基于叶绿体全基因组的系统发育分析 | 第54-57页 |
| 3.4.2 基于ITS和 ETS序列的系统发育分析 | 第57-61页 |
| 第四章 讨论 | 第61-69页 |
| 4.1 香青属叶绿体基因组基本信息 | 第61-63页 |
| 4.1.1 叶绿体基因组的结构特征 | 第61-62页 |
| 4.1.2 密码子偏好性 | 第62页 |
| 4.1.3 重复序列和SSR | 第62-63页 |
| 4.1.4 叶绿体基因组的比较分析 | 第63页 |
| 4.2 系统发育分析 | 第63-69页 |
| 4.2.1 香青属属下系统发育关系 | 第64-67页 |
| 4.2.2 香青属与近缘属的系统发育关系 | 第67页 |
| 4.2.3 叶绿体DNA与核DNA构建的系统发育关系的比较 | 第67-69页 |
| 第五章 结论与展望 | 第69-72页 |
| 5.1 结论 | 第69-70页 |
| 5.2 展望 | 第70-72页 |
| 参考文献 | 第72-82页 |
| 附录 | 第82-93页 |
| 个人简历 | 第93-94页 |
| 致谢 | 第94页 |
