银杏叶绿体基因组研究
| 致谢 | 第3-4页 |
| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 前言 | 第8-9页 |
| 1 文献综述 | 第9-18页 |
| 1.1 银杏的研究概况 | 第9-11页 |
| 1.1.1 银杏概况 | 第9页 |
| 1.1.2 银杏次生代谢分子相关研究 | 第9-10页 |
| 1.1.3 银杏分子标记相关研究 | 第10页 |
| 1.1.4 银杏发育相关基因研究 | 第10-11页 |
| 1.2 叶绿体基因组学研究 | 第11-13页 |
| 1.2.1 叶绿体的起源 | 第11页 |
| 1.2.2 叶绿体基因组的结构和特点 | 第11页 |
| 1.2.3 叶绿体基因组研究进展 | 第11-12页 |
| 1.2.4 叶绿体基因组的应用 | 第12-13页 |
| 1.3 植物基因组测序 | 第13-15页 |
| 1.3.1 测序前的准备及策略选择 | 第13-14页 |
| 1.3.2 三种测序技术 | 第14-15页 |
| 1.3.3 植物叶绿体基因组序列组装 | 第15页 |
| 1.4 植物基因组的注释 | 第15-18页 |
| 1.4.1 蛋白质编码基因的预测 | 第16页 |
| 1.4.2 重复序列的预测 | 第16-17页 |
| 1.4.3 非编码RNA的预测 | 第17-18页 |
| 2 研究材料与方法 | 第18-23页 |
| 2.1 总DNA提取 | 第18页 |
| 2.2 PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳 | 第18-19页 |
| 2.3 目的基因克隆 | 第19页 |
| 2.4 银杏全基因组测序 | 第19-20页 |
| 2.5 银杏叶绿体基因组组装 | 第20-21页 |
| 2.6 银杏叶绿体基因组注释 | 第21页 |
| 2.7 基于银杏叶绿体基因组与其他植物的比较 | 第21-22页 |
| 2.8 基于银杏叶绿体基因组的系统进化分析 | 第22-23页 |
| 3 结果分析 | 第23-42页 |
| 3.1 银杏叶绿体基因测序组拼装及验证 | 第23-28页 |
| 3.1.1 银杏叶绿体基因测序 | 第23页 |
| 3.1.2 银杏DNA提取结果 | 第23页 |
| 3.1.3 银杏DNA电泳结果 | 第23页 |
| 3.1.4 PCR扩增结果 | 第23-24页 |
| 3.1.5 目的基因克隆结果 | 第24-26页 |
| 3.1.6 基因克隆测序结果 | 第26-28页 |
| 3.2 叶绿体基因组结构解析 | 第28-31页 |
| 3.3 重复序列分析 | 第31-35页 |
| 3.3.1 简单重复序列(SSR) | 第31-34页 |
| 3.3.2 散在重复与串联重复序列 | 第34-35页 |
| 3.4 基于银杏叶绿体基因组与其他植物比较分析 | 第35-37页 |
| 3.5 IR区收缩与扩张分析 | 第37-38页 |
| 3.6 系统进化分析 | 第38-42页 |
| 4 结果与讨论 | 第42-45页 |
| 4.1 银杏叶绿体基因组的组织与结构 | 第42页 |
| 4.2 IR区 | 第42-43页 |
| 4.3 系统进化关系 | 第43-45页 |
| 5 结论 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-57页 |
| 附录 | 第57-66页 |
