| 摘要 | 第9-12页 |
| ABSTRACT | 第12-15页 |
| 缩略语表 | 第16-18页 |
| 第一章 绪论 | 第18-43页 |
| 1.1 伯克氏菌的研究意义 | 第18-22页 |
| 1.2 Red/ET重组工程 | 第22-27页 |
| 1.2.1. Red/ET重组工程简介 | 第22页 |
| 1.2.2. Red/ET重组工程的工作原理 | 第22-24页 |
| 1.2.3. Red/ET重组工程的优势 | 第24-25页 |
| 1.2.4. Red/ET重组工程的操作步骤 | 第25页 |
| 1.2.5. Red/ET重组工程的应用 | 第25-27页 |
| 1.3 反向筛选标记与DNA的无痕修饰 | 第27-30页 |
| 1.3.1 sacB反向筛选标记 | 第28页 |
| 1.3.2 rpsL反向筛选标记 | 第28页 |
| 1.3.3 ccdB-ccdA毒素-抗毒素系统 | 第28-29页 |
| 1.3.4 mazF基因 | 第29页 |
| 1.3.5 pheS反向筛选标记 | 第29-30页 |
| 1.4 位点特异性重组系统 | 第30-33页 |
| 1.4.1 Cre/loxP | 第31-33页 |
| 1.4.2 Flp/FRT | 第33页 |
| 1.4.3 Dre/rox | 第33页 |
| 1.5 天然产物的生物合成 | 第33-38页 |
| 1.5.1 聚酮合酶(PKS)途径 | 第34-36页 |
| 1.5.2 非核糖体多肽合成酶(NRPS)途径 | 第36-37页 |
| 1.5.3 聚酮-非核糖体多肽合酶(PKS-NRPS)合成途径 | 第37-38页 |
| 1.6 常用诱导型启动子 | 第38-40页 |
| 1.7 荧光素酶报告基因 | 第40-41页 |
| 1.8 立题的依据和意义 | 第41-43页 |
| 第二章 利用新型同源重组酶对伯克氏菌的基因组发掘 | 第43-95页 |
| 2.1 研究背景 | 第43-46页 |
| 2.2 材料和方法 | 第46-62页 |
| 2.2.1 菌株和质粒 | 第46-47页 |
| 2.2.2 培养基和抗生素 | 第47-48页 |
| 2.2.3 寡核苷酸合成和DNA测序 | 第48-52页 |
| 2.2.4 分子生物学试剂 | 第52-53页 |
| 2.2.5 主要实验仪器 | 第53-54页 |
| 2.2.6 数据分析软件 | 第54页 |
| 2.2.7 实验方法 | 第54-62页 |
| 2.3 实验结果与分析 | 第62-93页 |
| 2.3.1 伯克氏菌目中同源重组酶对的发掘 | 第62-65页 |
| 2.3.2 DSM 7029中启动子功能和严谨性的检测 | 第65-68页 |
| 2.3.3 不同来源的重组酶的功能研究 | 第68-71页 |
| 2.3.4 Redγ-Redαβ7029重组系统工作条件的优化 | 第71-77页 |
| 2.3.5 Redγ-Redαβ7029介导的高效的单链重组 | 第77-79页 |
| 2.3.6 DSM 7029的基因组精简的初探 | 第79-80页 |
| 2.3.7 伯克氏菌DSM 7029基因组无痕修饰方法的建立 | 第80-82页 |
| 2.3.8 利用Redγ-Redαβ7029对伯克氏菌DSM7029未知基因簇进行发掘 | 第82-91页 |
| 2.3.9 利用Redγ-Redαβ7029对Burkholderia phytofirmans sp PsJN进行基因组挖掘 | 第91-93页 |
| 2.4 结论 | 第93-95页 |
| 第三章 Dre-rox位点特异性重组系统突变识别位点的建立和筛选 | 第95-117页 |
| 3.1 研究背景 | 第95-97页 |
| 3.2 材料和方法 | 第97-107页 |
| 3.2.1 菌株和培养方法 | 第97页 |
| 3.2.2 质粒构建 | 第97-98页 |
| 3.2.3 报告基因表达情况的定量检测 | 第98-99页 |
| 3.2.4 突变rox位点严谨性的检测 | 第99-107页 |
| 3.3 实验结果 | 第107-116页 |
| 3.3.1 Dre、Cre和Flp三种位点特异性重组酶细菌毒性的测定 | 第107-108页 |
| 3.3.2 rox位点间隔序列的确定 | 第108-110页 |
| 3.3.3 rox位点间隔序列碱基功能的确定以及rox突变位点的建立和筛选 | 第110-114页 |
| 3.3.4 基因翻转实验验证突变rox2131位点的特异性 | 第114-116页 |
| 3.4 总结 | 第116-117页 |
| 第四章 结论与展望 | 第117-120页 |
| 4.1 利用新型同源重组酶的发现对伯克氏菌的基因组发掘 | 第117-118页 |
| 4.2 Dre-rox位点特异性重组系统识别位点突变库的建立 | 第118-120页 |
| 附录 | 第120-126页 |
| 参考文献 | 第126-138页 |
| 致谢 | 第138-140页 |
| 攻读博士学位期间发表的文章 | 第140-142页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第142页 |
