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单核苷酸多态性rs6927172调控自身免疫性疾病易感基因TNFAIP3与IL-20RA转录的机制

摘要第4-7页
Abstract第7-9页
英文缩略词表第13-15页
第1章 文献综述第15-43页
    1.1 TNFAIP3基因概述第15-17页
    1.2 自身免疫性疾病第17-31页
        1.2.1 自身免疫性疾病概述第17-26页
        1.2.2 遗传易感性基因与自身免疫性疾病第26-31页
    1.3 TNFAIP3基因多态性与自身免疫性疾病的相关性第31-40页
        1.3.1 TNFAIP3基因SNP与RA遗传易感性第35-37页
        1.3.2 TNFAIP3基因SNP与SLE遗传易感性第37-39页
        1.3.3 TNFAIP3基因SNP与TID的遗传易感性第39-40页
        1.3.4 TNFAIP3基因SNP与Ce D的遗传易感性第40页
    1.4 本研究理论依据第40-43页
第2章 材料与方法第43-85页
    2.1 材料与试剂第43-47页
    2.2 实验方法第47-83页
        2.2.1 通过生物信息学方法,研究与类风湿关节炎易感性有关的SNP,比较RA关联SNP中,可能的功能性SNP第47-49页
        2.2.2 利用CRISPR/Cas9技术敲除HEK293T细胞系中rs6927172元件第49-56页
        2.2.3 靶向结合rs6927172元件的TALE蛋白在HEK293T细胞系中的表达第56-61页
        2.2.4 工程细胞系功能表征实验第61-78页
        2.2.5 利用 3C-q PCR技术检测rs6927172元件与靶基因序列的相互作用频率第78-83页
    2.3 统计学方法第83-85页
第3章 实验结果第85-109页
    3.1 利用HaploReg软件发现8个与rs6920220处于连锁不平衡的SNP第85页
    3.2 利用UCSC数据库对rs6927172元件的组蛋白甲基化修饰以及结合转录因子情况的分析第85-90页
    3.3 利用CRISPR/cas9技术建立rs6927172元件敲除的HEK293T细胞系第90-92页
    3.4 敲除rs6927172位点影响包括IL-20RA与TNFAIP3在内的多种基因表达第92-93页
    3.5 利用PMA/离子霉素活化NF-κB等炎症通路观察敲除rs6927172元件的HEK293T细胞系中IL-20RA与TNFAIP3等基因的表达。第93-94页
    3.6 利用TALE蛋白的过度表达方法,确认HEK293T细胞内rs6927172元件是通过调控与转录因子复合物的结合,从而影响靶基因的表达第94-96页
    3.7 TALE阻断rs6927172元件的转录因子结合功能,影响了IL-20RA和TNFAIP3基因表达第96-98页
    3.8 在HEK293T细胞内过表达TALE蛋白,是否通过NF-ΚB信号通路降低了IL-20RA和TNFAIP3基因的表达水平第98-101页
    3.9 利用染色质构象捕获实验探讨敲除rs6927172元件与TALE蛋白过表达HEK293T细胞系rs6927172元件与TNFAIP3和IL-20RA基因的相互作用频率第101-103页
    3.10 讨论第103-109页
第4章 结论第109-110页
参考文献第110-131页
作者简介及在学期间所取得的科研成果第131-133页
致谢第133页

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