| 摘要 | 第4-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 第一章 绪论 | 第15-25页 |
| 1.1 蛋白质序列与功能 | 第16-17页 |
| 1.1.1 中心法则 | 第16-17页 |
| 1.1.2 氨基酸序列决定蛋白质三维结构 | 第17页 |
| 1.2 能量地貌理论 | 第17-18页 |
| 1.3 生物大分子相互作用模型 | 第18-19页 |
| 1.4 分子动力学模拟 | 第19-21页 |
| 1.5 粗粒化模型 | 第21-22页 |
| 1.6 本文的选题与意义 | 第22-25页 |
| 第二章 涉及焦磷酰转移的单体酶HPPK的多态构象动力学与配体结合的研究 | 第25-49页 |
| 2.1 引言 | 第25-28页 |
| 2.1.1 功能性多态构象转变 | 第25-26页 |
| 2.1.2 研究体系 | 第26-27页 |
| 2.1.3 研究思路 | 第27-28页 |
| 2.2 理论模型 | 第28-34页 |
| 2.2.1 势能函数 | 第28-32页 |
| 2.2.2 模拟细节和参数设置 | 第32-34页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第34-48页 |
| 2.3.1 功能性地貌在不同的配体结合情况下的表现 | 第34-38页 |
| 2.3.2 配体结合的影响 | 第38-40页 |
| 2.3.3 诱导契合为主构象选择为辅的混合路径机制 | 第40-42页 |
| 2.3.4 过渡态的接触矩阵研究 | 第42-46页 |
| 2.3.5 温度对酶HPPK构象动力学的调控作用 | 第46-48页 |
| 2.4 结论 | 第48-49页 |
| 第三章 静电相互作用在天然无规蛋白DCL1-A的RNA识别过程中的关键性研究 | 第49-67页 |
| 3.1 引言 | 第49-51页 |
| 3.1.1 天然无规蛋白的诱导折叠与识别过程 | 第49-50页 |
| 3.1.2 研究体系 | 第50-51页 |
| 3.1.3 研究思路 | 第51页 |
| 3.2 理论模型 | 第51-55页 |
| 3.2.1 基于结构的粗粒化模型 | 第51-53页 |
| 3.2.2 静电势 | 第53页 |
| 3.2.3 非天然相互作用 | 第53-54页 |
| 3.2.4 模拟细节和参数设置 | 第54-55页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第55-64页 |
| 3.3.1 双链RNA识别过程中的结合诱导折叠 | 第55-57页 |
| 3.3.2 游离态的天然无规蛋白DCL1-A的特征 | 第57-58页 |
| 3.3.3 非天然静电作用控制遭遇态 | 第58-60页 |
| 3.3.4 中间态伴随着盐浓度的降低而出现 | 第60-62页 |
| 3.3.5 静电作用对动力学的影响 | 第62-64页 |
| 3.4 结论 | 第64-67页 |
| 第四章 总结与展望 | 第67-70页 |
| 参考文献 | 第70-83页 |
| 附录 | 第83-88页 |
| 作者简介 | 第88-89页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第89-90页 |
| 致谢 | 第90页 |
