| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| LIST OF ABBREVIATIONS | 第14-15页 |
| CHAPTER ONE | 第15-30页 |
| 1.1 General Introduction and Literature Review | 第15页 |
| 1.2 Economic importance of lily viruses | 第15-16页 |
| 1.3 Potexvirus | 第16-20页 |
| 1.3.1 Introduction | 第16-17页 |
| 1.3.2 Plantago asiatica mosaic virus (Pl AMV) | 第17-18页 |
| 1.3.3 Morphology of Potexvirus and Pl AMV | 第18页 |
| 1.3.4 Genome organization of Pl AMV | 第18页 |
| 1.3.5 Host range and Transmission of Pl AMV | 第18-19页 |
| 1.3.6 Symptoms and Geographical Distribution of Pl AMV | 第19-20页 |
| 1.4 Molecular techniques used for detection of plant viruses | 第20-27页 |
| 1.4.1 Reverse Transcription Polymerase chain reaction (RT-PCR) | 第21页 |
| 1.4.2 Real-Time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-q PCR) | 第21-24页 |
| 1.4.2.1 The advantage of Taq Man probe method: | 第22页 |
| 1.4.2.2 Primers and probe design in real-time RT-q PCR: | 第22-24页 |
| 1.4.3 Next generation sequencing (NGS) technology or RNA Sequencing (RNA-seq) | 第24-27页 |
| 1.5 Control measures of lily viruses | 第27-28页 |
| 1.5.1 Producing virus-free lilies or bulbs | 第27-28页 |
| 1.5.2 Insect vector control | 第28页 |
| 1.6 The current study | 第28-30页 |
| 1.6.1 Objectives of the study | 第29-30页 |
| CHAPTER TWO Identification and Molecular Characterization of Plantago asiatica mosaic virus (Pl AMV) inImported Lily Bulbs in China | 第30-62页 |
| 2.1 Introduction | 第30-32页 |
| 2.2 Materials and methods | 第32-44页 |
| 2.2.1 Field sampling | 第32页 |
| 2.2.2 Materials and chemicals | 第32-33页 |
| 2.2.3 NGS analysis and then detection by using the conventional RT-PCR assay | 第33页 |
| 2.2.4 Library preparation for Strand-specific Transcriptome (rRNA-free) sequencing | 第33-34页 |
| 2.2.5 Clustering and sequencing | 第34页 |
| 2.2.6 RNA quantification and qualification | 第34页 |
| 2.2.7 Total RNA extraction | 第34-35页 |
| 2.2.7.1 Procedure for total RNA extraction using Viral RNAprep pure plant Kit | 第34-35页 |
| 2.2.8 Reverse transcription (RT) | 第35页 |
| 2.2.9 RT-PCR assays for the detection of Pl AMV | 第35-36页 |
| 2.2.9.1 Primer design | 第35-36页 |
| 2.2.10 Agarose Gel Electrophoresis | 第36-37页 |
| 2.2.11 Cloning PCR products | 第37-38页 |
| 2.2.12 Protocol for ligation of purified PCR products: | 第38页 |
| 2.2.13 Procedure for transformation of ligation reaction into the competent cell (E.coli) | 第38-39页 |
| 2.2.14 Rapid amplification of c DNA ends (RACE) | 第39-42页 |
| 2.2.15 Cloning and sequencing of 5'-and 3'- ends of Pl AMV from lily plants | 第42-43页 |
| 2.2.16 Colony PCR | 第43页 |
| 2.2.17 Sequencing | 第43页 |
| 2.2.18 Sequence and Phylogenetic analysis using bioinformatics tools | 第43-44页 |
| 2.3 Results | 第44-59页 |
| 2.3.1 Virus identification by NGS and Genome organization of Pl AMV Siberia isolate | 第44-50页 |
| 2.3.2 Phylogenetic analysis of Pl AMV-Siberia isolate | 第50-51页 |
| 2.3.3 Incidence of Pl AMV in lily plants | 第51-59页 |
| 2.4. DISCUSSION | 第59-62页 |
| CHAPTER THREE Development of RT-q PCR assays for the detection of Plantago asiatica mosaic virus in importedLilium spp. in China | 第62-72页 |
| 3.1 Introduction | 第62-63页 |
| 3.2 Materials and methods | 第63-66页 |
| 3.2.1 Plant materials | 第63页 |
| 3.2.2 Primer and probe design for RT-q PCR assays | 第63-64页 |
| 3.2.3 RNA extraction | 第64页 |
| 3.2.4 Conventional RT-PCR | 第64-65页 |
| 3.2.5 Sensitivity and RT-q PCR assays | 第65页 |
| 3.2.6 Specificity and RT-q PCR assays | 第65-66页 |
| 3.3 Results | 第66-70页 |
| 3.3.1 Specificity of the primer and probe | 第66页 |
| 3.3.2 Standard curve and sensitivity assays | 第66-67页 |
| 3.3.3 Detection of Pl AMV in lily samples using RT-PCR and RT-q PCR assays | 第67-70页 |
| 3.4 Discussion | 第70-72页 |
| CHAPTER FOUR | 第72-74页 |
| 4.1 General Conclusions | 第72-74页 |
| REFERENCES | 第74-82页 |
| Acknowledgements | 第82-83页 |
| Appendix | 第83-86页 |
| BIOGRAPHY | 第86-87页 |
