DNA序列比对并行算法研究及应用
| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-17页 |
| 1.1 研究目的与意义 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外研究概述 | 第12-14页 |
| 1.3 本文的研究内容 | 第14-15页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第15页 |
| 1.5 本章小结 | 第15-17页 |
| 第二章 并行计算概论 | 第17-28页 |
| 2.1 并行计算机发展历程 | 第17-21页 |
| 2.1.1 并行计算机系统 | 第17-19页 |
| 2.1.2 并行计算机分类 | 第19-21页 |
| 2.2 并行算法设计与评估方法 | 第21-23页 |
| 2.2.1 并行算法设计 | 第21-22页 |
| 2.2.2 并行算法评估方法 | 第22-23页 |
| 2.3 并行算法编程 | 第23-26页 |
| 2.3.1 并行编程模型分类 | 第23-24页 |
| 2.3.2 主流并行编程模型介绍 | 第24-26页 |
| 2.4 本章小结 | 第26-28页 |
| 第三章 基于MPI的DNA序列比对并行算法 | 第28-43页 |
| 3.1 FED算法介绍 | 第29-34页 |
| 3.1.1 DNA序列比对算法 | 第29-30页 |
| 3.1.2 序列编码方式 | 第30-32页 |
| 3.1.3 比对算法 | 第32-34页 |
| 3.2 FED算法的改进与并行化 | 第34-39页 |
| 3.2.1 改进序列编码算法 | 第34-37页 |
| 3.2.2 FED并行算法 | 第37-39页 |
| 3.3 实验数据与结果分析 | 第39-42页 |
| 3.3.1 实验环境 | 第39页 |
| 3.3.2 实验数据和结果 | 第39-41页 |
| 3.3.3 实验结果分析 | 第41-42页 |
| 3.4 本章小结 | 第42-43页 |
| 第四章 模体发现算法的并行化 | 第43-59页 |
| 4.1 模体发现问题 | 第43-45页 |
| 4.1.1 算法类型与发展现状 | 第43-44页 |
| 4.1.2 问题的提出与相关定义 | 第44-45页 |
| 4.2 Cvoting算法 | 第45-47页 |
| 4.2.1 Voting算法介绍 | 第45-46页 |
| 4.2.2 候选模体集计算 | 第46-47页 |
| 4.3 Cvoting算法的并行化 | 第47-53页 |
| 4.3.1 数据划分方式设计 | 第48-50页 |
| 4.3.2 数据划分方式比较 | 第50-53页 |
| 4.4 实验数据与结果分析 | 第53-58页 |
| 4.4.1 实验环境 | 第53-54页 |
| 4.4.2 实验数据和结果 | 第54-57页 |
| 4.4.3 实验结果分析 | 第57-58页 |
| 4.5 本章小结 | 第58-59页 |
| 第五章 总结与展望 | 第59-61页 |
| 5.1 结论 | 第59-60页 |
| 5.2 展望 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 作者在攻读硕士学位期间公开发表的论文 | 第67-68页 |
| 作者在攻读硕士学位期间所作的项目 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69页 |
