| 摘要 | 第10-14页 |
| Abstract | 第14-19页 |
| 前言 | 第20-25页 |
| 1.1 质粒介导的多黏菌素耐药基因mcr-1的流行 | 第20-21页 |
| 1.2 mcr-1的产生的环境压力 | 第21-22页 |
| 1.3 mcr-1在人群中的流行趋势 | 第22页 |
| 1.4 拟解决的科学问题 | 第22-23页 |
| 1.5 研究思路和理论意义 | 第23-25页 |
| 第一章 mcr-1基因在肠道病原菌中的分布特征研究 | 第25-39页 |
| 引言 | 第25-26页 |
| 1.1 实验材料 | 第26-27页 |
| 1.1.1 细菌生长培养基 | 第26页 |
| 1.1.2 主要试剂与药品 | 第26-27页 |
| 1.1.3 仪器设备 | 第27页 |
| 1.2 实验方法 | 第27-31页 |
| 1.2.1 临床样本及流行病学信息的收集 | 第27页 |
| 1.2.2 肠道病原菌的分离鉴定 | 第27-28页 |
| 1.2.3 携带mcr-1肠道菌的鉴定 | 第28-30页 |
| 1.2.4 mcr-1阳性菌的分离 | 第30页 |
| 1.2.5 mcr-1阳性菌的菌种鉴定 | 第30-31页 |
| 1.3 结果 | 第31-36页 |
| 1.3.1 各地区样本的采集 | 第31页 |
| 1.3.2 各类型菌株的mcr-1阳性率 | 第31页 |
| 1.3.3 mcr-1基因阳性菌株的菌型分布 | 第31-32页 |
| 1.3.4 mcr-1阳性样本的资料信息 | 第32-34页 |
| 1.3.5 阳性样本基本信息的统计与分析 | 第34-36页 |
| 1.4 讨论 | 第36-38页 |
| 1.5 小结 | 第38-39页 |
| 第二章 mcr-1阳性菌的耐药特性研究 | 第39-54页 |
| 2.1 实验材料 | 第39-41页 |
| 2.1.1 实验菌株 | 第39页 |
| 2.1.2 细菌生长培养基 | 第39-40页 |
| 2.1.3 试剂和耗材 | 第40页 |
| 2.1.4 仪器设备 | 第40-41页 |
| 2.2 研究方法 | 第41-43页 |
| 2.2.1 菌株复苏 | 第41页 |
| 2.2.2 微量肉汤稀释法检测细菌的药物敏感性 | 第41-42页 |
| 2.2.3 比色法检测细菌对黏菌素的药物敏感性 | 第42-43页 |
| 2.3 结果 | 第43-51页 |
| 2.3.1 mcr-1阳性肠道病原菌药敏结果 | 第43-44页 |
| 2.3.2 mcr-1阳性大肠杆菌药敏结果 | 第44-45页 |
| 2.3.3 mcr-1阳性沙门氏菌药敏结果 | 第45-46页 |
| 2.3.4 mcr-1阳性志贺菌药敏结果 | 第46-47页 |
| 2.3.5 mcr-1阳性大肠杆菌与沙门氏菌耐药率比较 | 第47-48页 |
| 2.3.6 mcr-1阳性菌株耐药谱比较 | 第48-51页 |
| 2.4 讨论 | 第51-53页 |
| 2.5 小结 | 第53-54页 |
| 第三章 mcr-1在肠道致病菌中的传播特性研究 | 第54-79页 |
| 3.1 实验材料 | 第54-56页 |
| 3.1.1 实验菌株 | 第54页 |
| 3.1.2 细菌生长培养基 | 第54-55页 |
| 3.1.3 试剂和耗材 | 第55页 |
| 3.1.4 缓冲液 | 第55-56页 |
| 3.1.5 仪器设备 | 第56页 |
| 3.2 研究方法 | 第56-62页 |
| 3.2.1 S1-PFGE质粒图谱分析 | 第56-57页 |
| 3.2.2 质粒结合转移实验 | 第57-58页 |
| 3.2.3 长片段基因组DNA的提取 | 第58-59页 |
| 3.2.4 Mate-pair文库的构建 | 第59-62页 |
| 3.2.5 序列的组装与分析 | 第62页 |
| 3.3 结果 | 第62-76页 |
| 3.3.1 大肠杆菌质粒图谱 | 第62-64页 |
| 3.3.2 沙门氏菌质粒图谱 | 第64-65页 |
| 3.3.3 大肠杆菌中mcr-1基因的Southern-blot结果 | 第65-66页 |
| 3.3.4 沙门氏菌中mcr-1基因的Southern-blot结果 | 第66页 |
| 3.3.5 质粒接合实验 | 第66-67页 |
| 3.3.6 大肠杆菌质粒序列比对 | 第67-69页 |
| 3.3.7 志贺菌质粒序列比对 | 第69-73页 |
| 3.3.8 肠道病原菌中携带mcr-1基因的质粒类型总结 | 第73-74页 |
| 3.3.9 携带mcr-1基因的IncX型质粒比对 | 第74-75页 |
| 3.3.10 肠道病原菌中携带mcr-1基因的IncI质粒类型比对 | 第75-76页 |
| 3.3.11 肠道病原菌中携带mcr-1基因的IncH质粒类型比对 | 第76页 |
| 3.4 讨论 | 第76-77页 |
| 3.5 总结 | 第77-79页 |
| 第四章 mcr-1阳性菌的遗传多态性分析 | 第79-95页 |
| 4.1 实验材料 | 第80-81页 |
| 4.1.1 实验菌株 | 第80页 |
| 4.1.2 细菌生长培养基 | 第80页 |
| 4.1.3 试剂和耗材 | 第80-81页 |
| 4.1.4 缓冲液 | 第81页 |
| 4.1.5 仪器设备 | 第81页 |
| 4.2 实验方法 | 第81-87页 |
| 4.2.1 PFGE实验 | 第81-82页 |
| 4.2.2 试剂盒提取细菌基因组DNA | 第82-83页 |
| 4.2.3 长片段基因组DNA的提取 | 第83-84页 |
| 4.2.4 Pair-end文库的构建 | 第84-86页 |
| 4.2.5 序列的组装与分析 | 第86页 |
| 4.2.6 SNPs进化树的制作 | 第86-87页 |
| 4.3 结果 | 第87-93页 |
| 4.3.1 大肠杆菌的PFGE聚类比较 | 第87-88页 |
| 4.3.2 沙门氏菌的PFGE聚类比较 | 第88-90页 |
| 4.3.3 mcr-1阳性大肠杆菌SNP系统发育树分析 | 第90-91页 |
| 4.3.4 mcr-1阳性沙门氏菌SNP系统发育树分析 | 第91-93页 |
| 4.4 讨论 | 第93-94页 |
| 4.5 总结 | 第94-95页 |
| 第五章 结论与展望 | 第95-97页 |
| 参考文献 | 第97-101页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第101-102页 |
| 主要简历 | 第102-103页 |
| 致谢 | 第103页 |
