| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩写词 | 第11-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-21页 |
| 1 EGCG的研究进展 | 第12-17页 |
| 1.1 EGCG的保健功能 | 第13-14页 |
| 1.1.1 EGCG具有防癌作用 | 第13页 |
| 1.1.2 EGCG具有抗氧化作用 | 第13-14页 |
| 1.1.3 EGCG具有清除自由基的功能 | 第14页 |
| 1.1.4 EGCG可降低胆固醇 | 第14页 |
| 1.2 类黄酮物质合成途径 | 第14-16页 |
| 1.3 EGCG生物合成途径 | 第16-17页 |
| 2 利用RNA-Seq技术的转录组学研究 | 第17-20页 |
| 2.1 转录组与RNA-Seq技术 | 第17-18页 |
| 2.2 RNA-Seq技术的理论依据 | 第18-19页 |
| 2.3 RNA-Seq技术优势 | 第19-20页 |
| 3 本研究的内容、意义及创新之处 | 第20-21页 |
| 3.1 本研究的内容 | 第20页 |
| 3.1.1 “1005”茶树新品系及其父母本的芽叶转录组差异的研究 | 第20页 |
| 3.1.2 决定茶树EGCG含量的关键候选基因(CGs)的筛选 | 第20页 |
| 3.2 本研究的意义 | 第20页 |
| 3.3 本研究的特色和创新 | 第20-21页 |
| 第二章 测序数据处理与质控 | 第21-33页 |
| 1 材料与方法 | 第21-22页 |
| 1.1 试验材料 | 第21页 |
| 1.2 总RNA的提取与质量检测 | 第21页 |
| 1.3 茶树转录组测序 | 第21-22页 |
| 2 测序数据处理及质控的意义 | 第22-33页 |
| 2.1 测序数据处理 | 第22-24页 |
| 2.1.1 原始fq序列简介 | 第22-23页 |
| 2.1.2 原始数据过滤 | 第23页 |
| 2.1.3 GC含量分析 | 第23-24页 |
| 2.2 测序结果检查 | 第24-32页 |
| 2.2.1 测序错误率分布检查 | 第24-26页 |
| 2.2.2 Raw reads组成分布检查 | 第26-28页 |
| 2.2.3 碱基含量及质量分布检查 | 第28-29页 |
| 2.2.4 表达水平的饱和曲线检查 | 第29-30页 |
| 2.2.5 转录本及基因长度分布 | 第30-31页 |
| 2.2.6 Reads均一化检查 | 第31-32页 |
| 2.3 小结 | 第32页 |
| 2.4 讨论 | 第32-33页 |
| 第三章 基因表达注释与差异分析 | 第33-48页 |
| 1 基因表达量 | 第33页 |
| 2 差异表达基因 | 第33页 |
| 3 基因功能注释 | 第33-35页 |
| 4 结果与分析 | 第35-46页 |
| 4.1 样品基因表达量RPKM分布 | 第35-36页 |
| 4.2 差异基因数目统计 | 第36-38页 |
| 4.3 基因功能注释结果与分析 | 第38-46页 |
| 4.3.1 GO功能分析 | 第39-41页 |
| 4.3.2 KOG功能分析 | 第41-43页 |
| 4.3.3 KEGG功能分析 | 第43-46页 |
| 5 小结 | 第46页 |
| 6 讨论 | 第46-48页 |
| 第四章 EGCG生物合成关键候选基因的筛选 | 第48-74页 |
| 1 EGCG含量的检测 | 第48页 |
| 2 EGCG生物合成关键候选结构基因的筛选 | 第48-54页 |
| 3 EGCG生物合成关键候选调节基因的筛选 | 第54-73页 |
| 4 小结 | 第73页 |
| 5 讨论 | 第73-74页 |
| 第五章 EGCG及儿茶素含量与基因关联分析 | 第74-82页 |
| 1 EGCG及儿茶素含量与结构基因关联分析 | 第74-76页 |
| 2 EGCG及儿茶素含量与调节基因关联分析 | 第76-81页 |
| 2.1 EGCG及儿茶素含量与MYB转录因子关联分析 | 第76-79页 |
| 2.2 EGCG及儿茶素含量与bHLH转录因子关联分析 | 第79-81页 |
| 3 小结 | 第81页 |
| 4 讨论 | 第81-82页 |
| 第六章 结论 | 第82-83页 |
| 参考文献 | 第83-89页 |
| 附录 | 第89-90页 |
| 致谢 | 第90页 |
