| 中文摘要 | 第2-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 中文文摘 | 第6-13页 |
| 绪论 | 第13-21页 |
| 1 研究背景 | 第13-15页 |
| 1.1 甘蔗属的特征 | 第13页 |
| 1.2 甘蔗属的起源与分类 | 第13-15页 |
| 2 植物抗病基因 | 第15-19页 |
| 2.1 植物抗病机理和进展 | 第15-16页 |
| 2.2 植物抗病基因的主要类型、结构及功能 | 第16-19页 |
| 2.2.1 植物抗病基因的主要类型 | 第16-17页 |
| 2.2.2 植物抗病基因的结构 | 第17-18页 |
| 2.2.3 植物抗病基因的功能 | 第18-19页 |
| 2.3 甘蔗抗病基因研究进展 | 第19页 |
| 3 本研究的目的和意义 | 第19-21页 |
| 第一章 甘蔗NBS-LRR家族基因的鉴定及演化分析 | 第21-63页 |
| 第一节 前言 | 第21页 |
| 第二节 数据和软件 | 第21-22页 |
| 2.1 公共基因组数据和软件 | 第21-22页 |
| 2.1.1 基因组数据 | 第21-22页 |
| 2.1.2 软件及在线工具 | 第22页 |
| 第三节 实验方法 | 第22-24页 |
| 3.1 甘蔗割手密种NBS类型单倍型基因鉴定 | 第22-23页 |
| 3.2 甘蔗NBS类型的注释 | 第23页 |
| 3.3 甘蔗抗病基因N端保守结构域的预测及亚家族的划分 | 第23-24页 |
| 3.4 甘蔗及相关物种的NBS-LRR类型基因系统发生树构建分析 | 第24页 |
| 3.5 无油樟NBS类型基因的鉴定与分类 | 第24页 |
| 第四节 实验结果与分析 | 第24-60页 |
| 4.1 甘蔗割手密种NBS类型单倍型抗病基因鉴定 | 第24页 |
| 4.2 甘蔗NBS类型单倍型基因分类 | 第24-32页 |
| 4.2.1 甘蔗NBS基因分类以及和其它11个物种的NBS基因类型的比较 | 第24-26页 |
| 4.2.2 NBS基因基于MEME软件的motifs分析 | 第26-32页 |
| 4.3 无油樟NBS基因家族的鉴定与分类 | 第32页 |
| 4.4 拟南芥、菠萝、水稻、玉米及高粱NBS类型基因家族 | 第32-33页 |
| 4.4.1 拟南芥NBS类型基因家族 | 第32-33页 |
| 4.4.2 菠萝NBS类型基因家族 | 第33页 |
| 4.4.3 水稻NBS类型基因家族 | 第33页 |
| 4.4.4 玉米NBS类型基因家族 | 第33页 |
| 4.4.5 高粱NBS类型基因家族 | 第33页 |
| 4.5 无油樟与甘蔗NBS类型基因家族的系统发育树分析 | 第33-38页 |
| 4.5.1 无油樟NBS类型基因家族的系统发育树 | 第33-35页 |
| 4.5.2 甘蔗NBS类型基因家族的系统发育树分析 | 第35-38页 |
| 4.6 甘蔗NBS-LRR类型基因与拟南芥和高粱的比较和演化分析 | 第38-43页 |
| 4.6.1 甘蔗NBS-LRR类型基因与拟南芥数目和类别的比较 | 第38-40页 |
| 4.6.2 甘蔗NBS-LRR类型基因与拟南芥的系统发育树分析 | 第40-41页 |
| 4.6.3 甘蔗NBS-LRR类型基因与高粱数目和类别的比较 | 第41-42页 |
| 4.6.4 甘蔗NBS-LRR类型基因与高梁的系统发育树分析 | 第42-43页 |
| 4.7 甘蔗NBS-LRR类型基因与六个不同物种的系统演化分析 | 第43-60页 |
| 4.7.1 Clade Ⅰ亚家族系统演化分析 | 第44-46页 |
| 4.7.2 Clade Ⅱ亚家族的系统演化分析 | 第46-47页 |
| 4.7.3 Clade Ⅲ亚家族系统演化分析 | 第47-48页 |
| 4.7.4 Clade Ⅳ亚家族系统演化分析 | 第48-51页 |
| 4.7.5 Clade Ⅴ亚家族系统演化分析 | 第51页 |
| 4.7.6 Clade Ⅵ亚家族系统演化分析 | 第51-54页 |
| 4.7.7 Clade Ⅶ亚家族系统演化分析 | 第54页 |
| 4.7.8 Clade Ⅷ亚家族系统演化分析 | 第54-56页 |
| 4.7.9 Clade Ⅸ亚家族系统演化分析 | 第56-57页 |
| 4.7.10 Clade X亚家族系统演化分析 | 第57-60页 |
| 第五节 讨论 | 第60-63页 |
| 5.1 不同物种间NBS类型基因的演化过程 | 第60-61页 |
| 5.2 甘蔗NBS-LRR基因家族的演化过程 | 第61-63页 |
| 第二章 甘蔗NBS-LRR类型家族基因的表达分析 | 第63-85页 |
| 第一节 前言 | 第63-64页 |
| 第二节 材料与试剂 | 第64-65页 |
| 2.1 植物材料 | 第64页 |
| 2.2 试剂和仪器 | 第64-65页 |
| 2.2.1 试剂 | 第64页 |
| 2.2.2 仪器 | 第64-65页 |
| 第三节 实验方法 | 第65-68页 |
| 3.1 甘蔗组织总RNA的提取 | 第65-66页 |
| 3.1.1 总RNA的初提 | 第65页 |
| 3.1.2 RNA样品的消化 | 第65-66页 |
| 3.1.3 RNA重新抽提 | 第66页 |
| 3.1.4 RNA样品检测 | 第66页 |
| 3.1.5 RNA样品检测 | 第66页 |
| 3.2 甘蔗RNA-seq文库构建 | 第66-67页 |
| 3.3 甘蔗RNA-seq分析 | 第67页 |
| 3.4 甘蔗NBS-LRR基因家族qRT-PCR分析 | 第67-68页 |
| 第四节 结果及分析 | 第68-82页 |
| 4.1 甘蔗CC-NBS-LRR基因亚家族响应激素胁迫的共表达分析 | 第68-74页 |
| 4.2 甘蔗NBS-LRR基因亚家族响应激素胁迫的共表达分析 | 第74-80页 |
| 4.3 利用qRT-PCR对FPKM数据进行验证 | 第80-82页 |
| 第五节 讨论 | 第82-85页 |
| 第三章 结论 | 第85-87页 |
| 附录 名词缩写表 | 第87-89页 |
| 参考文献 | 第89-97页 |
| 攻读学位期间承担的科研任务与主要成果 | 第97-99页 |
| 致谢 | 第99-101页 |
| 个人简历 | 第101-105页 |
