| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 前言 | 第12-26页 |
| 第一节 研究背景简介 | 第12-23页 |
| 1.1.1 幽门螺杆菌研究背景及进展 | 第12-15页 |
| 1.1.1.1 幽门螺杆菌简介 | 第12-13页 |
| 1.1.1.2 幽门螺杆菌研究背景 | 第13-15页 |
| 1.1.2 幽门螺杆菌基因组学研究 | 第15-23页 |
| 1.1.2.1 基因组和基因组学 | 第15-17页 |
| 1.1.2.2 基因组学研究 | 第17-19页 |
| 1.1.2.3 微生物基因组学 | 第19-20页 |
| 1.1.2.4 幽门螺杆菌基因组研究进展 | 第20-21页 |
| 1.1.2.5 比较基因组学与微生物进化 | 第21-23页 |
| 1.1.2.5.1 比较基因组学 | 第21-22页 |
| 1.1.2.5.2 微生物进化及分子进化假说 | 第22-23页 |
| 1.1.2.5.2.1 微生物进化 | 第22页 |
| 1.1.2.5.2.2 分子进化假说 | 第22-23页 |
| 第二节 本研究的研究内容、目的及创新性 | 第23-26页 |
| 1.2.0 本实验研究背景 | 第23-25页 |
| 1.2.1 本实验研究内容 | 第25页 |
| 1.2.2 研究目的 | 第25页 |
| 1.2.3 创新性 | 第25-26页 |
| 第2章 材料与方法 | 第26-31页 |
| 第一节 实验材料 | 第26-29页 |
| 2.1.1 菌株与序列 | 第26-28页 |
| 2.1.2 软件及数据库 | 第28-29页 |
| 第二节 实验方法 | 第29-31页 |
| 2.2.1 泛基因学分析 | 第29页 |
| 2.2.2 系统发育分析 | 第29-30页 |
| 2.2.2.1 MLST进化树构建 | 第29-30页 |
| 2.2.2.2 核心基因组进化树构建 | 第30页 |
| 2.2.3 碱基替换率的校正 | 第30-31页 |
| 2.2.4 假基因预测 | 第31页 |
| 2.2.5 同义替换率和非同义替换率的计算 | 第31页 |
| 第3章 结果与分析 | 第31-46页 |
| 第一节 53个基因组的泛基因组学分析 | 第31-34页 |
| 第二节 系统发育分析 | 第34-36页 |
| 3.2.1 MLST系统发育树 | 第34-35页 |
| 3.2.2 核心基因组系统发育树 | 第35-36页 |
| 第三节 比较基因组学分析 | 第36-46页 |
| 3.3.1 减小的hpEastAsia基因组 | 第36-37页 |
| 3.3.2 变异基因的鉴定 | 第37-40页 |
| 3.3.2.1 非核心基因的功能分类与统计分析 | 第37-38页 |
| 3.3.2.2 比较基因组学分析鉴定变异基因 | 第38-40页 |
| 3.3.3 基因组大小减小机制探讨 | 第40-46页 |
| 3.3.3.1 基因组大小减小与GC含量下降 | 第40-41页 |
| 3.3.3.2 加速进化的hpEastAsia基因组 | 第41-43页 |
| 3.3.3.3 突变引起的渐进的基因组减小过程 | 第43-45页 |
| 3.3.3.4 hpEastAsia松弛的选择压力 | 第45-46页 |
| 第4章 讨论与结论 | 第46-56页 |
| 4.1 系统发育树 | 第46-47页 |
| 4.2 减小的hpEastAsia基因组 | 第47-48页 |
| 4.3 基因组减小的机制 | 第48-52页 |
| 4.4 精简的hpEastAsia基因组 | 第52-54页 |
| 4.5 精简基因组的适应性 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 个人简历 | 第61页 |