| 摘要 | 第5-9页 |
| ABSTRACT | 第9-13页 |
| 缩写词简表 | 第17-19页 |
| 前言 | 第19-21页 |
| 第一章 结直肠癌不同临床分期蛋白质差异表达谱的构建 | 第21-46页 |
| 1.1 材料 | 第21-27页 |
| 1.1.1 蛋白质组学实验组织标本的收集 | 第21页 |
| 1.1.2 建立临床病理资料数据库 | 第21-22页 |
| 1.1.3 双向凝胶电泳试剂及试剂盒 | 第22页 |
| 1.1.4 其他主要试剂和材料 | 第22-23页 |
| 1.1.5 双向凝胶电泳试剂配制 | 第23-27页 |
| 1.1.6 主要仪器设备 | 第27页 |
| 1.1.7 软件及数据库 | 第27页 |
| 1.2 实验方法 | 第27-33页 |
| 1.2.1 蛋白质样品制备 | 第27页 |
| 1.2.2 蛋白质浓度测定 | 第27-28页 |
| 1.2.3 采用2D clean-up试剂盒处理样本 | 第28-29页 |
| 1.2.4 内标样本制备 | 第29页 |
| 1.2.5 样品pH值调定及工作液(Working solution)制备 | 第29-30页 |
| 1.2.6 双向荧光差异凝胶电泳(2D-DIGE) | 第30-33页 |
| 1.3 结果 | 第33-43页 |
| 1.3.1 电泳方案设计 | 第33-34页 |
| 1.3.2 CRC组织及正常结直肠组织蛋白质样品的准备 | 第34-35页 |
| 1.3.3 2D-DIGE电泳 | 第35-38页 |
| 1.3.4 差异蛋白质表达谱分析 | 第38-43页 |
| 1.4 讨论 | 第43-46页 |
| 第二章 结直肠癌不同临床分期差异蛋白质动态表达规律及组学对接研究 | 第46-64页 |
| 2.1 软件 | 第46页 |
| 2.1.1 DeCyderTM EDA软件 | 第46页 |
| 2.1.2 Gene Cluster 3.0和TreeView version 1.6软件 | 第46页 |
| 2.2 方法 | 第46-51页 |
| 2.2.1 EDA模块数据分析方法 | 第46-50页 |
| 2.2.2 非监聚类分析方法 | 第50-51页 |
| 2.3 结果 | 第51-59页 |
| 2.3.1 差异蛋白质动态表达规律研究 | 第51-54页 |
| 2.3.2 差异蛋白质PCA主成分聚类分析及非监聚类分析 | 第54-56页 |
| 2.3.3 组学对接研究 | 第56-59页 |
| 2.4 讨论 | 第59-64页 |
| 2.4.1 蛋白质动态表达模式分析 | 第59-61页 |
| 2.4.2 组学对接的意义 | 第61-64页 |
| 第三章 差异蛋白质分子的质谱鉴定及功能分析 | 第64-95页 |
| 3.1 材料 | 第64-67页 |
| 3.1.1 主要试剂及试剂盒 | 第64-66页 |
| 3.1.2 主要仪器设备 | 第66页 |
| 3.1.3 软件及数据库 | 第66-67页 |
| 3.2 实验方法 | 第67-72页 |
| 3.2.1 蛋白质酶解 | 第67页 |
| 3.2.2 蛋白质点的质谱分析与鉴定 | 第67-68页 |
| 3.2.3 免疫印迹(Western blotting) | 第68-69页 |
| 3.2.4 免疫组织化学方法(immunohistochemistry,IHC) | 第69-70页 |
| 3.2.5 结果判断及标准 | 第70-71页 |
| 3.2.6 生物信息学分析 | 第71-72页 |
| 3.3 结果 | 第72-92页 |
| 3.3.1 MALDI-TOF-TOF质谱鉴定差异表达蛋白质 | 第72-80页 |
| 3.3.2 差异表达蛋白质生物信息学分析 | 第80-84页 |
| 3.3.3 Western blots验证差异蛋白质表达 | 第84-86页 |
| 3.3.4 采用CRC组织芯片通过免疫组化实验验证差异蛋白质表达 | 第86-92页 |
| 3.4 讨论 | 第92-95页 |
| 3.4.1 差异蛋白质的鉴定 | 第92-93页 |
| 3.4.2 差异蛋白质生物信息学分析及验证 | 第93-95页 |
| 第四章 结直肠癌预后分子分型模式的建立 | 第95-107页 |
| 4.1 生存分析 | 第95-96页 |
| 4.1.1 Kaplan-Meier生存曲线分析 | 第95页 |
| 4.1.2 LOOCV(leave-one-out cross validation)结合Kaplan-Meier生存曲线分析 | 第95页 |
| 4.1.3 分析和统计软件 | 第95-96页 |
| 4.2 结果 | 第96-105页 |
| 4.2.1 不同临床分期CRC临床病理资料的预后分析 | 第96-100页 |
| 4.2.2 采用LOOCV判别分析与Kaplan-Meier结合构建预后相关分子分型模式 | 第100-105页 |
| 4.3 讨论 | 第105-107页 |
| 结论 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-113页 |
| 综述 | 第113-126页 |
| 参考文献 | 第121-126页 |
| 致谢 | 第126-127页 |
| 攻读学位期间主要的研究成果 | 第127-128页 |
