| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-27页 |
| 1.1 摘要 | 第12页 |
| 1.2 人类基因组拷贝数变异 | 第12-26页 |
| 1.2.1 拷贝数变异的定义 | 第12-14页 |
| 1.2.2 拷贝数变异产生机制 | 第14-16页 |
| 1.2.3 拷贝数变异检测方法 | 第16-18页 |
| 1.2.4 拷贝数变异关联统计分析 | 第18-21页 |
| 1.2.5 正常人群体中的拷贝数变异 | 第21页 |
| 1.2.6 拷贝数变异与癌症易感性 | 第21-25页 |
| 1.2.7 拷贝数变异与其他复杂疾病 | 第25-26页 |
| 1.2.8 拷贝数变异研究展望 | 第26页 |
| 1.3 本章小结 | 第26-27页 |
| 第二章 肺癌全基因组拷贝数变异分析 | 第27-53页 |
| 2.1 引言 | 第27-28页 |
| 2.2 材料与方法 | 第28-37页 |
| 2.2.1 芯片数据来源 | 第28-29页 |
| 2.2.2 群体结构分析 | 第29-30页 |
| 2.2.3 探针信号转换为拷贝数状态值 | 第30-32页 |
| 2.2.4 初步的拷贝数变异分析（Raw CNV analysis） | 第32页 |
| 2.2.5 EAGLE和PLCO统计效力比较 | 第32-33页 |
| 2.2.6 基于SNP位点的分析策略（SNP-based testing） | 第33-34页 |
| 2.2.7 基于window的分析策略（Window-based testing） | 第34-35页 |
| 2.2.8 SNP-based testing和Window-based testing的FDR计算 | 第35-36页 |
| 2.2.9 基于拷贝数统计分布的混合分析策略（Combined analysis） | 第36-37页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第37-53页 |
| 2.3.1 EAGLE和PLCO的群体亚结构 | 第37-41页 |
| 2.3.2 EAGLE和PLCO的初步的拷贝数变异分析 | 第41-42页 |
| 2.3.3 EAGLE和PLCO的统计效力差异 | 第42-43页 |
| 2.3.4 SNP-based testing显著性位点 | 第43-45页 |
| 2.3.5 Window-based testing显著性位点 | 第45页 |
| 2.3.6 Relative factor混合分析 | 第45-53页 |
| 第三章 肺癌拷贝数变异的生物学功能与意义 | 第53-79页 |
| 3.1 引言 | 第53页 |
| 3.2 材料与方法 | 第53-55页 |
| 3.2.1 SNP位点周围基因的功能性注释聚类分析 | 第53-54页 |
| 3.2.2 SNP位点关联的拷贝数变异的生物学意义 | 第54页 |
| 3.2.3 SNP和拷贝数变异位点与基因组重组热点之间的关系 | 第54-55页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第55-70页 |
| 3.3.1 DAVID功能聚类分析结果 | 第55-62页 |
| 3.3.2 与显著性SNP位点关联的拷贝数变异 | 第62-64页 |
| 3.3.3 显著性SNP位点和拷贝数变异与基因组重组热点区域 | 第64-70页 |
| 3.4 补充材料 | 第70-79页 |
| 3.4.1 拷贝数变异分析流程图 | 第70-71页 |
| 3.4.2 EAGLE数据集22个拷贝数变异的代表性SNP与基因组重组热点区域图（图 3-5） | 第71-79页 |
| 第四章 肺癌拷贝数变异相互作用分析 | 第79-91页 |
| 4.1 引言 | 第79-80页 |
| 4.2 材料与方法 | 第80-82页 |
| 4.2.1 数据来源 | 第80页 |
| 4.2.2 全基因组SNP位点拷贝数值转换为拷贝数型 | 第80-81页 |
| 4.2.3 SNP芯片探针位点过滤 | 第81-82页 |
| 4.2.4 PIAM统计分析 | 第82页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第82-91页 |
| 4.3.1 拷贝数型在样本群体中的频率 | 第82-84页 |
| 4.3.2 连锁不平衡过滤 | 第84-88页 |
| 4.3.3 PIAM运算结果 | 第88-89页 |
| 4.3.4 讨论 | 第89-91页 |
| 第五章 全文总结 | 第91-94页 |
| 5.1 主要结论 | 第91-92页 |
| 5.2 研究展望 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-100页 |
| 附录1 缩略语 | 第100-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
| 攻读博士学位期间已发表或录用的论文 | 第102页 |
