| 摘要 | 第10-13页 |
| Abstract | 第13-16页 |
| 缩略词表（abbreviation） | 第17-18页 |
| 第一部分 文献综述 | 第18-42页 |
| 1 我国牦牛产业概况 | 第18-19页 |
| 1.1 牦牛的分布 | 第18页 |
| 1.2 牦牛对藏族人民的重要意义 | 第18-19页 |
| 1.3 我国牦牛的发展现状 | 第19页 |
| 1.3.1 饲养管理差 | 第19页 |
| 1.3.2 生产性能低 | 第19页 |
| 1.3.3 基础设施条件落后，新技术推广缓慢 | 第19页 |
| 2 犊牦牛腹泻发病原因及病原概述 | 第19-32页 |
| 2.1 常见微量元素的生理功能 | 第21-23页 |
| 2.1.1 锰（Mn）的生物学功能 | 第21页 |
| 2.1.2 锌（Zn）的生物学功能 | 第21-22页 |
| 2.1.3 铜（Cu）的生物学功能 | 第22页 |
| 2.1.4 硒（Se）的生物学功能 | 第22页 |
| 2.1.5 铁（Fe）的生物学功能 | 第22-23页 |
| 2.2 犊牛消化道微生物菌群 | 第23-26页 |
| 2.2.1 肠道微生态和犊牛腹泻 | 第23页 |
| 2.2.2 肠道微生物菌群结构 | 第23页 |
| 2.2.3 动物肠道菌群的功能 | 第23-25页 |
| 2.2.4 肠道微生物菌群失调 | 第25页 |
| 2.2.5 16SrRNA基因序列分析在微生物组学研究中的进展及应用 | 第25-26页 |
| 2.3 大肠杆菌病原学生物特性 | 第26-32页 |
| 2.3.1 形态及结构 | 第26页 |
| 2.3.2 培养特性 | 第26-27页 |
| 2.3.3 生化特性 | 第27页 |
| 2.3.4 抵抗力 | 第27页 |
| 2.3.5 流行病学 | 第27-28页 |
| 2.3.6 抗原结构与血清型特征 | 第28页 |
| 2.3.7 大肠杆菌毒力因子研究 | 第28-32页 |
| 3 牛结核病和牛分枝杆菌 | 第32-35页 |
| 3.1 牛结核病病原学 | 第32页 |
| 3.2 牛结核病流行病学 | 第32-33页 |
| 3.3 牛结核病的分布及危害 | 第33页 |
| 3.4 牛结核病诊断方法 | 第33-35页 |
| 3.4.1 细菌学方法 | 第33-34页 |
| 3.4.2 免疫学诊断方法 | 第34页 |
| 3.4.3 分子生物学检测方法 | 第34-35页 |
| 3.5 免疫预防 | 第35页 |
| 3.6 公共卫生 | 第35页 |
| 4 牛传染性鼻气管炎简介 | 第35-42页 |
| 4.1 病原学 | 第36页 |
| 4.2 牛传染性鼻气管炎的流行病学及危害 | 第36-37页 |
| 4.3 牛传染性鼻气管炎临床症状 | 第37-38页 |
| 4.3.1 呼吸道型 | 第37页 |
| 4.3.2 生殖道型 | 第37-38页 |
| 4.3.3 脑炎型 | 第38页 |
| 4.3.4 结膜炎型 | 第38页 |
| 4.3.5 流产型 | 第38页 |
| 4.3.6 肠炎型 | 第38页 |
| 4.4 牛传染性鼻气管炎的诊断 | 第38-40页 |
| 4.4.1 聚合酶链反应（PCR法） | 第38-39页 |
| 4.4.2 血清学检测 | 第39-40页 |
| 4.5 牛传染性鼻气管炎的防治 | 第40-42页 |
| 第二部分 试验部分 | 第42-115页 |
| 第一章 牦牛腹泻与微量元素铜、铁、锌、硒、锰关系的研究 | 第42-48页 |
| 1 研究背景 | 第43页 |
| 2 材料与方法 | 第43-44页 |
| 2.1 血清样品 | 第43-44页 |
| 2.2 仪器和主要操作参数 | 第44页 |
| 2.3 实验方法 | 第44页 |
| 2.4 数据处理 | 第44页 |
| 3 结果 | 第44-45页 |
| 4 分析与讨论 | 第45-48页 |
| 第二章 腹泻犊牦牛与健康犊牦牛肠道菌群的差异研究 | 第48-73页 |
| 1 研究背景 | 第49页 |
| 2 材料和方法 | 第49-55页 |
| 2.1 实验材料 | 第49-51页 |
| 2.1.1 实验动物 | 第49-50页 |
| 2.1.2 样品采集 | 第50页 |
| 2.1.3 实验仪器 | 第50-51页 |
| 2.1.4 试验试剂 | 第51页 |
| 2.2 方法 | 第51-55页 |
| 2.2.1 肠道微生物基因组DNA的提取 | 第51-52页 |
| 2.2.2 细菌 16SrDNA片段的PCR扩增 | 第52-53页 |
| 2.2.3 高通量测序文库的构建 | 第53-55页 |
| 2.2.4 PCR产物检测 | 第55页 |
| 2.2.5 MiSeq上机测序 | 第55页 |
| 3 结果与分析 | 第55-69页 |
| 3.1 基因组DNA的纯化 | 第55-56页 |
| 3.2 细菌 16S rDNA V3-V4区的PCR扩增 | 第56-57页 |
| 3.3 数据分析 | 第57-69页 |
| 3.3.1 数据量统计 | 第57-58页 |
| 3.3.2 OTU聚类 | 第58-60页 |
| 3.3.3 菌群多样性分析（Alpha-diversity） | 第60-63页 |
| 3.3.4 组间显著性差异 | 第63-69页 |
| 4 分析讨论 | 第69-73页 |
| 4.1 腹泻犊牦牛与健康犊牦牛肠道菌群多样性比较分析 | 第70页 |
| 4.2 腹泻犊牦牛与健康犊牦牛肠道菌群结构的变化比较分析 | 第70-73页 |
| 第三章 牦牛源大肠杆菌的分离鉴定及其相关毒力基因检测 | 第73-92页 |
| 1 研究背景 | 第74-75页 |
| 2 材料与方法 | 第75-81页 |
| 2.1 试验材料 | 第75-76页 |
| 2.1.1 病料来源以及参考菌株 | 第75页 |
| 2.1.2 培养基和主要试剂 | 第75页 |
| 2.1.3 实验动物 | 第75页 |
| 2.1.4 主要仪器 | 第75-76页 |
| 2.2 实验方法 | 第76-81页 |
| 2.2.1 细菌的分离 | 第76页 |
| 2.2.2 细菌的形态学观察 | 第76页 |
| 2.2.3 生化试验 | 第76-77页 |
| 2.2.4 大肠杆菌O血清型鉴定 | 第77-78页 |
| 2.2.5 分离菌株的小鼠致病力试验 | 第78页 |
| 2.2.6 分离菌株 16S rRNA PCR序列测定 | 第78-79页 |
| 2.2.7 大肠杆菌部分毒力因子检测 | 第79-81页 |
| 3 结果 | 第81-90页 |
| 3.1 菌落形态和革兰氏染色特性 | 第81-82页 |
| 3.2 镜检观察 | 第82页 |
| 3.3 生化试验 | 第82-83页 |
| 3.4 大肠杆菌O血清型鉴定 | 第83-84页 |
| 3.5 分离菌株的小鼠致病力试验 | 第84-86页 |
| 3.5.1 临床症状及死亡小鼠统计 | 第84页 |
| 3.5.2 病理解剖学变化 | 第84-85页 |
| 3.5.3 病理组织学观察 | 第85-86页 |
| 3.6 分离菌株 16S rRNA PCR序列测定 | 第86-88页 |
| 3.6.1 16S rRNA PCR验证 | 第86-87页 |
| 3.6.2 16SrRNA的同源性分析 | 第87-88页 |
| 3.7 大肠杆菌部分毒力因子检测 | 第88-90页 |
| 4 讨论与分析 | 第90-92页 |
| 4.1 牦牛源致病性大肠杆菌的血清型 | 第90-91页 |
| 4.2 牦牛源大肠杆菌的毒力因子 | 第91-92页 |
| 第四章 犊牦牛源大肠杆菌比较基因组学分析 | 第92-109页 |
| 1 研究背景 | 第93页 |
| 2 材料与方法 | 第93-95页 |
| 2.1 试验材料 | 第93-94页 |
| 2.1.1 分离毒株 | 第93-94页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第94页 |
| 2.2 试验方法 | 第94-95页 |
| 2.2.1 样品和数据准备 | 第94页 |
| 2.2.2 数据质控 | 第94页 |
| 2.2.3 组装方法 | 第94-95页 |
| 3 信息分析结果 | 第95-108页 |
| 3.1 测序质量 | 第95-97页 |
| 3.2 组装结果统计 | 第97-100页 |
| 3.3 基因结构预测 | 第100-103页 |
| 3.3.1 基本基因结构元件预测 | 第100-102页 |
| 3.3.2 基因组重复区域预测 | 第102-103页 |
| 3.3.3 基因组串联重复区域TRF预测 | 第103页 |
| 3.4 蛋白长度预测 | 第103-104页 |
| 3.5 蛋白功能注释 | 第104-106页 |
| 3.6 基因岛预测 | 第106页 |
| 3.7 前噬菌体预测 | 第106-107页 |
| 3.8 基因组circos图 | 第107-108页 |
| 4 分析与讨论 | 第108-109页 |
| 第五章 牦牛主要呼吸道疾病的血清学调查 | 第109-115页 |
| 1 研究背景 | 第110页 |
| 2 材料与方法 | 第110-111页 |
| 2.1 材料 | 第110-111页 |
| 2.1.1 待检血清 | 第110-111页 |
| 2.1.2 ELISA检测试剂盒 | 第111页 |
| 2.2 方法及结果判定 | 第111页 |
| 3 检测结果 | 第111-113页 |
| 3.1 牛结核杆菌的检测结果 | 第111-112页 |
| 3.2 牛传染性鼻气管炎的检测结果 | 第112-113页 |
| 4 分析与讨论 | 第113-115页 |
| 4.1 TB在青藏高原部分地区的流行情况 | 第113-114页 |
| 4.2 IBR在青藏高原部分地区的流行情况 | 第114-115页 |
| 全文结论 | 第115-116页 |
| 参考文献 | 第116-133页 |
| 致谢 | 第133-134页 |
| 附录 | 第134-135页 |
