| 中文摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-25页 |
| 1.1 研究背景 | 第13-14页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第14-17页 |
| 1.2.1 抑癌基因（TSG）和原癌基因 | 第14-16页 |
| 1.2.2 采用基因芯片技术筛选胶质瘤相关基因 | 第16页 |
| 1.2.3 预后 | 第16-17页 |
| 1.3 芯片分析技术 | 第17-19页 |
| 1.3.1 基因芯片的产生背景 | 第17页 |
| 1.3.2 基因芯片技术的基本原理 | 第17-18页 |
| 1.3.3 基因芯片数据的分析 | 第18-19页 |
| 1.3.4 差异共表达基因（DCG） | 第19页 |
| 1.4 GEO 数据库 | 第19-20页 |
| 1.5 文本挖掘 | 第20-22页 |
| 1.6 分子间的互作关系 | 第22页 |
| 1.7 生物学通路的定义及通路相关的数据库 | 第22页 |
| 1.8 疾病与表型 | 第22-23页 |
| 1.9 人类基因与小鼠基因的同源性关系 | 第23-24页 |
| 1.10 研究目的及意义 | 第24-25页 |
| 第二章 胶质瘤差异表达基因分析 | 第25-37页 |
| 2.1 研究目的和意义 | 第25页 |
| 2.2 材料方法 | 第25-28页 |
| 2.2.1 芯片数据来源 | 第25页 |
| 2.2.2 数据预处理与差异基因计算 | 第25-26页 |
| 2.2.3 差异基因分析及功能注释 | 第26-27页 |
| 2.2.4 PPI 网络构建 | 第27页 |
| 2.2.5 PPI 网络模块分析 | 第27-28页 |
| 2.2.6 模块基因功能富集分析 | 第28页 |
| 2.3 分析结果 | 第28-35页 |
| 2.3.1 数据标准化 | 第28页 |
| 2.3.2 差异表达基因 | 第28-30页 |
| 2.3.3 差异基因相关蛋白作用网络 | 第30-31页 |
| 2.3.4 网络模块分析 | 第31-32页 |
| 2.3.5 模块 GO 功能注释 | 第32-34页 |
| 2.3.6 模块 Pathway 富集结果 | 第34-35页 |
| 2.4 本章小结 | 第35-37页 |
| 第三章 胶质瘤差异共表达基因分析 | 第37-45页 |
| 3.1 研究目的和意义 | 第37页 |
| 3.2 材料方法 | 第37-39页 |
| 3.2.1 芯片数据来源 | 第37页 |
| 3.2.2 数据预处理 | 第37页 |
| 3.2.3 计算差异共表达基因 | 第37-38页 |
| 3.2.4 差异共表达基因的功能富集分析 | 第38页 |
| 3.2.5 胶质瘤相关的转录调控网络构建 | 第38页 |
| 3.2.6 转录调控网络模块分析 | 第38页 |
| 3.2.7 转录调控网络模块功能注释 | 第38-39页 |
| 3.3 分析结果 | 第39-44页 |
| 3.3.1 差异共表达分析 | 第39页 |
| 3.3.2 差异共表达基因功能富集及相关的生物代谢通路 | 第39-41页 |
| 3.3.3 差异共表达网络 | 第41-42页 |
| 3.3.4 差异共表达网络模块 | 第42页 |
| 3.3.5 调控网络模块 GO 富集分析 | 第42-44页 |
| 3.4 本章小结 | 第44-45页 |
| 第四章 文本挖掘分析 | 第45-55页 |
| 4.1 研究目的与意义 | 第45-46页 |
| 4.2 材料方法 | 第46-49页 |
| 4.2.1 数据收集 | 第46-47页 |
| 4.2.2 数据预处理：数据除噪处理 | 第47页 |
| 4.2.3 比较人、小鼠及 HPRD 数据 | 第47-48页 |
| 4.2.4 疾病、表型和基因的关系 | 第48页 |
| 4.2.5 构建人类胶质瘤疾病相关基因的分子相关关系网络 | 第48-49页 |
| 4.2.6 功能富集分析 | 第49页 |
| 4.3 结果 | 第49-54页 |
| 4.3.1 数据统计 | 第49-50页 |
| 4.3.2 人和小鼠的网络与 HPRD 数据比较 | 第50-51页 |
| 4.3.3 胶质瘤相关表型和基因 | 第51页 |
| 4.3.4 疾病相关基因的互作组网络 | 第51-53页 |
| 4.3.5 Pathway 富集分析 | 第53页 |
| 4.3.6 疾病突变基因的生物学过程分析 | 第53-54页 |
| 4.4 本章小结 | 第54-55页 |
| 第五章 讨论 | 第55-65页 |
| 结论 | 第65-67页 |
| 创新点自评 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-81页 |
| 作者简介及攻博期间所取得的科研成果 | 第81-83页 |
| 致谢 | 第83页 |