基于回溯法和MC方法的蛋白质格点结构预测研究
| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-19页 |
| 1.1 目前蛋白质结构预测背景 | 第10-11页 |
| 1.2 研究现状 | 第11-17页 |
| 1.2.1 从头预测法 | 第11-14页 |
| 1.2.2 折叠子识别 | 第14-15页 |
| 1.2.3 同源建模 | 第15-16页 |
| 1.2.4 现状分析 | 第16-17页 |
| 1.4 研究目的和意义 | 第17-18页 |
| 1.5 主要研究内容 | 第18-19页 |
| 第2章 模拟计算方法 | 第19-30页 |
| 2.1 HP格点模型 | 第19-20页 |
| 2.2 基于分支界定法和回溯法模拟方法 | 第20-22页 |
| 2.2.1 分支界定法 | 第20-22页 |
| 2.2.2 回溯法 | 第22页 |
| 2.3 基于MC模拟的模拟方法 | 第22-30页 |
| 2.3.1 MC方法 | 第22-23页 |
| 2.3.2 马尔科夫蒙特卡罗算法 | 第23-24页 |
| 2.3.3 统计力学基础 | 第24页 |
| 2.3.4 马尔科夫链 | 第24-26页 |
| 2.3.5 Metropolis准则 | 第26页 |
| 2.3.6 副本交换蒙特卡洛模拟 | 第26-30页 |
| 第3章 改进回溯法预测蛋白质结构 | 第30-40页 |
| 3.1 设计思路 | 第30-31页 |
| 3.2 蛋白质序列的选取及初始化参数设置 | 第31-34页 |
| 3.3 回溯法应用于格点模型 | 第34-36页 |
| 3.3.1 亲水氨基酸的放置 | 第34页 |
| 3.3.2 疏水氨基酸的放置 | 第34-36页 |
| 3.3.3 剪支与回溯 | 第36页 |
| 3.4 程序设计 | 第36-37页 |
| 3.5 应用实例 | 第37-39页 |
| 3.6 本章小结 | 第39-40页 |
| 第4章 蒙特卡罗算法设计 | 第40-48页 |
| 4.1 初始化参数设置 | 第40页 |
| 4.2 MC方法应用于格点模型 | 第40-44页 |
| 4.2.3 能量计算 | 第40页 |
| 4.2.4 运动集与动作 | 第40-43页 |
| 4.2.5 画出构型 | 第43页 |
| 4.2.6 应用Metropolis准则判断 | 第43页 |
| 4.2.7 副本交换MC方法的分子模拟 | 第43-44页 |
| 4.3 程序设计 | 第44-45页 |
| 4.3.1 MCMC算法总流程 | 第44-45页 |
| 4.3.2 副本交换MC算法总流程 | 第45页 |
| 4.4 MCMC算法应用实例 | 第45-47页 |
| 4.5 本章小结 | 第47-48页 |
| 第5章 运行结果和分析讨论 | 第48-55页 |
| 5.1 MCMC算法和副本交换算法结果及其比较 | 第48-49页 |
| 5.1.1 短序列结果比较 | 第48页 |
| 5.1.2 长序列结果比较 | 第48页 |
| 5.1.3 结果分析和讨论 | 第48-49页 |
| 5.2 回溯法和副本交换算法结果及其比较 | 第49-51页 |
| 5.2.1 回溯法性能 | 第49页 |
| 5.2.2 短序列结果比较 | 第49-50页 |
| 5.2.3 长序列结果比较 | 第50页 |
| 5.2.4 结果分析和讨论 | 第50-51页 |
| 5.3 回溯法和蒙卡结合算法 | 第51-54页 |
| 5.3.1 结果比较 | 第51页 |
| 5.3.2 预测构象三维结构比较 | 第51-54页 |
| 5.4 本章小结 | 第54-55页 |
| 结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-61页 |
| 致谢 | 第61页 |
