| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 前言 | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-18页 |
| 1.1 VC混菌体系的分析与改造 | 第10-12页 |
| 1.1.1 菌株研究背景介绍 | 第10-11页 |
| 1.1.2 VC混菌体系的系统生物学分析 | 第11页 |
| 1.1.3 混菌体系改造 | 第11-12页 |
| 1.2 比较基因组学的发展 | 第12-14页 |
| 1.3 代谢组学的应用 | 第14-16页 |
| 1.4 本文的主要研究内容及意义 | 第16-18页 |
| 第二章 材料与方法 | 第18-24页 |
| 2.1 发酵实验材料和分析方法 | 第18-21页 |
| 2.1.1 主要仪器 | 第18-19页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第19页 |
| 2.1.3 试剂配置 | 第19-20页 |
| 2.1.4 发酵所用菌种及培养方法 | 第20页 |
| 2.1.5 菌体生长及发酵液中山梨糖与古龙酸的测定 | 第20-21页 |
| 2.2 基因组测序及分析方法 | 第21-23页 |
| 2.2.1 基因组DNA样品制备与建库测序 | 第21页 |
| 2.2.2 测序组装结果的分子验证 | 第21-22页 |
| 2.2.3 基因组注释及生物信息学分析 | 第22-23页 |
| 2.3 胞内代谢物的测定与分析方法 | 第23-24页 |
| 2.3.1 主要仪器与试剂 | 第23页 |
| 2.3.2 代谢物的提取、检测和分析 | 第23-24页 |
| 第三章 酮古龙酸杆菌的代谢机制研究 | 第24-38页 |
| 3.1 酮古龙酸杆菌的基因组分析 | 第24-28页 |
| 3.1.1 酮古龙酸杆菌的进化树分析 | 第24-27页 |
| 3.1.2 共生机制相关基因分析 | 第27-28页 |
| 3.2 酮古龙酸杆菌的代谢网络分析 | 第28-36页 |
| 3.2.1 酮古龙酸杆菌在不同碳源下的生长比较 | 第28-30页 |
| 3.2.2 酮古龙酸杆菌的代谢路径分析 | 第30-33页 |
| 3.2.3 胞内代谢组学分析 | 第33-36页 |
| 3.3 小结 | 第36-38页 |
| 第四章 VC生产伴生菌的比较基因组分析 | 第38-63页 |
| 4.1 苏云金芽孢杆菌B.thuringiensis Bc601基因组学分析 | 第38-45页 |
| 4.1.1 B.thuringiensis Bc601基因预测 | 第38-41页 |
| 4.1.2 B.thuringiensis Bc601基因功能解析 | 第41-45页 |
| 4.2 内生芽孢杆菌B.endophyticus Hbe603基因组学分析 | 第45-54页 |
| 4.2.1 B.endophyticus Hbe603基因组总体特征 | 第45-49页 |
| 4.2.2 B.endophyticus Hbe603基因功能分析 | 第49-54页 |
| 4.3 比较分析两株芽孢杆菌的伴生作用 | 第54-60页 |
| 4.3.1 伴生菌单独培养及混菌发酵表型比较 | 第54-57页 |
| 4.3.2 两株伴生菌在基因组尺度的比较分析 | 第57-60页 |
| 4.4 小结 | 第60-63页 |
| 第五章 结论与展望 | 第63-65页 |
| 5.1 结论 | 第63-64页 |
| 5.2 展望 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-72页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第72-74页 |
| 附录 | 第74-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
