基因采集与富集分析算法设计与实现
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第10-17页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第10-12页 |
| 1.1.1 基因表达特征数据采集 | 第10-11页 |
| 1.1.2 基因表达数据分析 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第12-14页 |
| 1.2.1 基因表达特征数据采集研究进展 | 第12-13页 |
| 1.2.2 基因聚类分析研究进展 | 第13-14页 |
| 1.3 存在问题 | 第14-15页 |
| 1.4 本文的研究工作与创新 | 第15-16页 |
| 1.5 本文的章节安排 | 第16-17页 |
| 2 生物相关名词解释 | 第17-20页 |
| 2.1 基因相关名词解释 | 第17-18页 |
| 2.1.1 基因表达 | 第17页 |
| 2.1.2 基因芯片技术 | 第17页 |
| 2.1.3 基因表达数据 | 第17页 |
| 2.1.4 基因表达特征 | 第17-18页 |
| 2.2 相关数据与工具 | 第18-20页 |
| 2.2.1 PubMed | 第18页 |
| 2.2.2 PMC | 第18页 |
| 2.2.3 医学主题词 | 第18-19页 |
| 2.2.4 GEO | 第19页 |
| 2.2.5 基因集合 | 第19页 |
| 2.2.6 基因语义学 | 第19-20页 |
| 3 基因采集与富集分析总体算法框架 | 第20-24页 |
| 3.1 基因表达特征数据采集工作流程 | 第21-22页 |
| 3.2 基因富集分析算法设计 | 第22-24页 |
| 4 基因表达特征数据采集算法 | 第24-30页 |
| 4.1 问题描述 | 第24页 |
| 4.2 确定检索关键词 | 第24-27页 |
| 4.2.1 关键词确定 | 第24-25页 |
| 4.2.2 向量空间模型 | 第25-26页 |
| 4.2.3 主成分分析 | 第26页 |
| 4.2.4 过滤检索关键词 | 第26-27页 |
| 4.3 文章采集与文本格式转换 | 第27页 |
| 4.3.1 文章采集 | 第27页 |
| 4.3.2 文本格式转换 | 第27页 |
| 4.4 基于SVM的文章分类算法 | 第27-30页 |
| 4.4.1 SVM概述 | 第27-28页 |
| 4.4.2 特征选择 | 第28-30页 |
| 5 基因富集分析算法 | 第30-40页 |
| 5.1 问题描述 | 第30-31页 |
| 5.2 基因富集数据生成 | 第31-32页 |
| 5.2.1 基因表达数据获取 | 第31页 |
| 5.2.2 基因表达数据到基因集合的转换 | 第31页 |
| 5.2.3 基因集合分析 | 第31-32页 |
| 5.2.4 实际数据的转化方法 | 第32页 |
| 5.3 贪心坐标下降的非负矩阵分解算法 | 第32-36页 |
| 5.3.1 贪心坐标下降法概述 | 第32-33页 |
| 5.3.2 GCD算法流程 | 第33-34页 |
| 5.3.3 变量选择策略分析 | 第34-35页 |
| 5.3.4 时间对比分析 | 第35-36页 |
| 5.4 基于隶属度与稀疏度控制的基因表达数据聚类 | 第36-39页 |
| 5.4.1 聚类方法概述 | 第36页 |
| 5.4.2 模糊数学及隶属度计算方法 | 第36-37页 |
| 5.4.3 稀疏度计算 | 第37页 |
| 5.4.4 聚类数目选择策略 | 第37-38页 |
| 5.4.5 基于隶属度与稀疏度控制的聚类整体流程 | 第38-39页 |
| 5.5 生物学意义解释与分析 | 第39-40页 |
| 6 实验结果与平台展示 | 第40-61页 |
| 6.1 基因表达特征文章采集实验结果 | 第40-44页 |
| 6.1.1 数据描述 | 第40页 |
| 6.1.2 结果评估标准 | 第40-41页 |
| 6.1.3 实验结果分析 | 第41-43页 |
| 6.1.4 平台展示 | 第43-44页 |
| 6.2 基因聚类分析实验结果 | 第44-61页 |
| 6.2.1 数据描述 | 第44-47页 |
| 6.2.2 结果评估标准 | 第47页 |
| 6.2.3 基于模拟数据的分析 | 第47-57页 |
| 6.2.4 基于实际数据的分析 | 第57-61页 |
| 结论 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-69页 |
| 附录A 乳腺癌数据分析图 | 第69-71页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第71-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
