基于全基因组扩增技术的太湖蓝藻单藻块宏基因组研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-15页 |
| 1.1 引言 | 第11页 |
| 1.2 太湖水体污染状况 | 第11-12页 |
| 1.3 水华型蓝藻基因组学研究进展 | 第12-13页 |
| 1.4 本研究课题的重要意义 | 第13-15页 |
| 第二章 太湖蓝藻样本处理与表征 | 第15-21页 |
| 2.1 引言 | 第15页 |
| 2.2 太湖取样与样本处理 | 第15-17页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第15-16页 |
| 2.2.1.1 实验仪器设备 | 第15页 |
| 2.2.1.2 实验耗材及试剂 | 第15页 |
| 2.2.1.3 实验试剂配制 | 第15-16页 |
| 2.2.2 太湖取样 | 第16页 |
| 2.2.3 藻块分选与清洗 | 第16页 |
| 2.2.4 蓝藻样本固定以及扫描电子显微镜表征 | 第16-17页 |
| 2.3 藻块分选与SEM表征结果 | 第17-19页 |
| 2.3.1 藻块分选结果 | 第17-18页 |
| 2.3.2 扫描电子显微镜表征结果与分析 | 第18-19页 |
| 2.4 本章小结 | 第19-21页 |
| 第三章 原位DNA裂解和全基因组扩增 | 第21-33页 |
| 3.1 引言 | 第21页 |
| 3.2 藻块原位DNA裂解 | 第21-28页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第21-23页 |
| 3.2.1.1 实验仪器设备 | 第21-22页 |
| 3.2.1.2 实验耗材及试剂 | 第22页 |
| 3.2.1.3 实验试剂配制 | 第22-23页 |
| 3.2.2 藻块DNA裂解实验方法 | 第23-28页 |
| 3.2.2.1 多藻块DNA原位裂解预实验 | 第23-24页 |
| 3.2.2.2 多藻块DNA样本质量分析 | 第24-25页 |
| 3.2.2.3 实验结果与讨论 | 第25-27页 |
| 3.2.2.4 单藻块DNA原位裂解 | 第27-28页 |
| 3.3 单藻块样本DNA全基因组扩增 | 第28-31页 |
| 3.3.1 实验材料 | 第28页 |
| 3.3.1.1 实验仪器设备 | 第28页 |
| 3.3.1.2 实验耗材及试剂 | 第28页 |
| 3.3.2 MDA扩增及产物纯化 | 第28-30页 |
| 3.3.2.1 试剂盒预处理 | 第29页 |
| 3.3.2.2 单藻块样本MDA扩增 | 第29页 |
| 3.3.2.3 MDA扩增产物纯化 | 第29-30页 |
| 3.3.3 产物定量与电泳分析 | 第30-31页 |
| 3.4 本章小结 | 第31-33页 |
| 第四章 高通量测序文库制备 | 第33-43页 |
| 4.1 引言 | 第33页 |
| 4.2 Illumina平台测序文库制备 | 第33-40页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第33-34页 |
| 4.2.1.1 实验仪器设备 | 第33-34页 |
| 4.2.1.2 实验耗材及试剂 | 第34页 |
| 4.2.3 文库制备实验 | 第34-39页 |
| 4.2.3.1 DNA片段化处理 | 第34-36页 |
| 4.2.3.2 DNA末端修复及加A | 第36页 |
| 4.2.3.3 接头连接 | 第36页 |
| 4.2.3.4 样本纯化 | 第36-37页 |
| 4.2.3.5 PCR扩增 | 第37-38页 |
| 4.2.3.6 DNA扩增产物纯化 | 第38-39页 |
| 4.2.4 文库制备结果分析 | 第39-40页 |
| 4.3 不同测序文库混合及送样测序 | 第40-41页 |
| 4.4 本章小结 | 第41-43页 |
| 第五章 生物信息学分析 | 第43-49页 |
| 5.1 引言 | 第43页 |
| 5.2 藻块样本蛋白库比对及系统发生树绘制 | 第43-45页 |
| 5.2.1 DIAMOND比对 | 第43页 |
| 5.2.2 宏基因组物种系统发生树构建 | 第43-45页 |
| 5.2.2.1 物种丰度比较 | 第43-44页 |
| 5.2.2.2 微囊藻系统发生树构建 | 第44-45页 |
| 5.3 不同藻块样本差异性分析 | 第45-48页 |
| 5.3.1 主成份分析 | 第45-46页 |
| 5.3.2 藻块样本物种信息聚类 | 第46-48页 |
| 5.4 本章小结 | 第48-49页 |
| 第六章 利用看家基因PCR评估单倍型稀释效率 | 第49-59页 |
| 6.1 总结 | 第49页 |
| 6.2 利用PCR法定量单倍型稀释 | 第49-55页 |
| 6.2.1 实验材料 | 第49-51页 |
| 6.2.1.1 实验仪器设备 | 第49页 |
| 6.2.1.2 实验耗材及试剂 | 第49-50页 |
| 6.2.1.3 主要实验试剂的配制 | 第50-51页 |
| 6.2.2 DNA提取与PCR | 第51-55页 |
| 6.2.2.1 酚氯仿法抽提DNA | 第51页 |
| 6.2.2.2 DNA定量及电泳检测 | 第51-53页 |
| 6.2.2.3 DNA稀释 | 第53页 |
| 6.2.2.4 单倍型量级PCR及电泳检测 | 第53-55页 |
| 6.3 结果分析与讨论 | 第55-57页 |
| 6.4 本章小结 | 第57-59页 |
| 第七章 总结与展望 | 第59-60页 |
| 7.1 论文的主要内容与研究成果 | 第59页 |
| 7.2 工作展望 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 攻读硕士期间科研成果 | 第66页 |
