| 摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 第1章 绪论 | 第14-38页 |
| 1.1 我国斑点叉尾鮰产业发展概况 | 第14-16页 |
| 1.1.1 斑点叉尾鮰简介 | 第14-15页 |
| 1.1.2 斑点叉尾鮰的引进与养殖 | 第15页 |
| 1.1.3 我国斑点叉尾鮰繁殖群体种质退化情况 | 第15-16页 |
| 1.2 miRNA研究进展 | 第16-36页 |
| 1.2.1 miRNA的发现 | 第16-17页 |
| 1.2.2 miRNA的形成与加工 | 第17-21页 |
| 1.2.2.1 miRNA基因 | 第17-18页 |
| 1.2.2.2 miRNA前体的转录 | 第18-20页 |
| 1.2.2.3 成熟miRNA的形成过程 | 第20-21页 |
| 1.2.3 miRNA的作用机制与调控功能 | 第21-25页 |
| 1.2.3.1 miRNA的作用机制 | 第21-22页 |
| 1.2.3.2 miRNA的生物学功能研究策略 | 第22-23页 |
| 1.2.3.3 miRNA与siRNA的区别 | 第23-25页 |
| 1.2.4 miRNA基因鉴定方法 | 第25-31页 |
| 1.2.4.1 生物信息学方法预测miRNA | 第25-27页 |
| 1.2.4.2 实验生物学方法鉴定miRNA | 第27-31页 |
| 1.2.4.2.1 cDNA克隆测序鉴定miRNA | 第27-29页 |
| 1.2.4.2.2 深度测序法鉴定miRNA | 第29-31页 |
| 1.2.5 水产动物miRNA相关研究进展 | 第31-36页 |
| 1.2.5.1 虹鳟(Oncorhynchus mykiss) | 第31-32页 |
| 1.2.5.2 牙鲆(Paralichthys olivaceus) | 第32-33页 |
| 1.2.5.3 鳙(Hypophthalmichthys nobilis)与鲢(H. molitrix) | 第33页 |
| 1.2.5.4 鲤(Cyprinus carpio L.) | 第33-34页 |
| 1.2.5.5 罗非鱼(Tilapia) | 第34-35页 |
| 1.2.5.6 中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis) | 第35-36页 |
| 1.3 研究设计 | 第36-38页 |
| 第2章 斑点叉尾鮰保守性miRNA的生物信息学预测及鉴定 | 第38-52页 |
| 2.1 前言 | 第38页 |
| 2.2 材料与方法 | 第38-43页 |
| 2.2.1 实验仪器 | 第38-39页 |
| 2.2.2 斑点叉尾鮰miRNA预测所需相关序列来源 | 第39页 |
| 2.2.2.1 其它鱼类相关miRNA序列 | 第39页 |
| 2.2.2.2 斑点叉尾鮰EST和GSS序列 | 第39页 |
| 2.2.2.3 斑点叉尾鮰miRNA预测 | 第39页 |
| 2.2.3 斑点叉尾鮰潜在miRNA验证 | 第39-42页 |
| 2.2.3.1 实验用鱼 | 第40页 |
| 2.2.3.2 斑点叉尾鮰各组织中总RNA提取 | 第40页 |
| 2.2.3.3 斑点叉尾鮰各组织中miRNA逆转录 | 第40-41页 |
| 2.2.3.4 引物设计 | 第41-42页 |
| 2.2.3.5 实时定量PCR反应 | 第42页 |
| 2.2.4 斑点叉尾鮰miRNA靶基因预测 | 第42-43页 |
| 2.3 结果与分析 | 第43-49页 |
| 2.3.1 预测潜在的斑点叉尾鮰miRNA序列 | 第43-46页 |
| 2.3.2 颈-环结构PCR鉴定斑点叉尾鮰miRNA | 第46-48页 |
| 2.3.3 斑点叉尾鮰miRNA靶基因预测 | 第48-49页 |
| 2.4 讨论 | 第49-52页 |
| 第3章 斑点叉尾鮰miRNA Solexa深度测序及其序列特征分析 | 第52-67页 |
| 3.1 前言 | 第52页 |
| 3.2 材料与方法 | 第52-55页 |
| 3.2.1 实验用鱼 | 第52-53页 |
| 3.2.2 斑点叉尾鮰各组织总RNA提取 | 第53页 |
| 3.2.3 斑点叉尾鮰小RNA深度测序 | 第53页 |
| 3.2.4 序列基本分析 | 第53-55页 |
| 3.2.4.1 数据处理及长度分布分析 | 第53页 |
| 3.2.4.2 斑点叉尾鮰深度测序所获得小RNA注释 | 第53-54页 |
| 3.2.4.3 斑点叉尾鮰小RNA与斑马鱼基因组数据比对 | 第54页 |
| 3.2.4.4 保守性miRNA鉴定及其表达分析 | 第54页 |
| 3.2.4.5 新miRNA预测及其表达分析 | 第54-55页 |
| 3.2.5 斑点叉尾鮰miRNA异构体分析及miRNA~*保守性分析 | 第55页 |
| 3.3 结果与分析 | 第55-64页 |
| 3.3.1 测序长度分布情况 | 第55-56页 |
| 3.3.2 斑点叉尾鮰深度测序所获得小RNA注释 | 第56页 |
| 3.3.3 斑点叉尾鮰深度测序Clean序列在斑马鱼基因组上的定位分析 | 第56-57页 |
| 3.3.4 斑点叉尾鮰保守性miRNA鉴定及其表达分析 | 第57-58页 |
| 3.3.5 斑点叉尾鮰新miRNA鉴定及其表达分析 | 第58-59页 |
| 3.3.6 斑点叉尾鮰miRNA异构体分析 | 第59-61页 |
| 3.3.7 斑点叉尾鮰miRNA~*保守性分析 | 第61-64页 |
| 3.4 讨论 | 第64-67页 |
| 第4章 新发现斑点叉尾鮰miRNA表达特征及其靶基因预测 | 第67-75页 |
| 4.1 前言 | 第67页 |
| 4.2 材料与方法 | 第67-68页 |
| 4.2.1 实验仪器 | 第67-68页 |
| 4.2.2 实验用鱼 | 第68页 |
| 4.2.3 斑点叉尾鮰各组织总RNA提取 | 第68页 |
| 4.2.4 斑点叉尾鮰表达特征分析 | 第68页 |
| 4.2.4.1 斑点叉尾鮰新发现miRNA在各组织中的表达特征研究 | 第68页 |
| 4.2.4.2 斑点叉尾鮰新发现miRNA在胚胎发育过程中的表达特征研究 | 第68页 |
| 4.2.5 斑点叉尾鮰新发现miRNA靶基因预测 | 第68页 |
| 4.3 结果与分析 | 第68-72页 |
| 4.3.1 斑点叉尾鮰新发现miRNA在各组织中的表达特征研究 | 第68-70页 |
| 4.3.2 斑点叉尾鮰新发现miRNA在胚胎发育过程中的表达特征研究 | 第70-71页 |
| 4.3.3 斑点叉尾鮰新发现miRNA靶基因预测 | 第71-72页 |
| 4.4 讨论 | 第72-75页 |
| 第5章 感染嗜水气单胞菌后斑点叉尾鮰肝组织中miRNA的表达变化研究 | 第75-86页 |
| 5.1 前言 | 第75页 |
| 5.2 材料与方法 | 第75-77页 |
| 5.2.1 斑点叉尾鮰实验用鱼及分组 | 第75页 |
| 5.2.2 攻毒用致病微生物 | 第75-76页 |
| 5.2.3 实验仪器 | 第76页 |
| 5.2.4 实验方法 | 第76-77页 |
| 5.2.4.1 注射感染 | 第76页 |
| 5.2.4.2 斑点叉尾鮰肝组织总RNA提取 | 第76页 |
| 5.2.4.3 斑点叉尾鮰肝组织miRNA逆转录 | 第76页 |
| 5.2.4.4 斑点叉尾鮰肝组织miRNA表达变化分析 | 第76-77页 |
| 5.2.4.4.1 引物设计 | 第76-77页 |
| 5.2.4.4.2 实时定量PCR反应 | 第77页 |
| 5.2.4.4.3 数据分析 | 第77页 |
| 5.3 结果与分析 | 第77-83页 |
| 5.3.1 斑点叉尾鮰感染嗜水气单胞菌后症状表现 | 第77页 |
| 5.3.2 斑点叉尾鮰感染嗜水气单胞菌后肝组织中miRNA表达变化 | 第77-81页 |
| 5.3.3 感染嗜水气单胞菌后相关miRNA靶基因分析 | 第81-83页 |
| 5.4 讨论 | 第83-86页 |
| 第6章 斑点叉尾鮰ipu-miR-143靶基因EB1的初步鉴定—莹光素酶报告基因法 | 第86-97页 |
| 6.1 前言 | 第86-87页 |
| 6.2 材料与方法 | 第87-91页 |
| 6.2.1 实验仪器 | 第87页 |
| 6.2.2 实验材料 | 第87页 |
| 6.2.3 Ipu-miR-143与EB1基因mRNA结合位点的预测与分析 | 第87页 |
| 6.2.4 双荧光素酶报告基因载体构建 | 第87-90页 |
| 6.2.4.1 斑点叉尾鮰基因组DNA提取 | 第87-88页 |
| 6.2.4.2 斑点叉尾鮰EB1基因mRNA 3'-UTR区的扩增 | 第88-89页 |
| 6.2.4.3 pMIR-EB1表达载体构建 | 第89-90页 |
| 6.2.5 细胞转染 | 第90-91页 |
| 6.2.6 荧光素酶活性检测 | 第91页 |
| 6.3 结果与分析 | 第91-95页 |
| 6.3.1 斑点叉尾鮰miR-143与EB1基因结合位点预测 | 第91-93页 |
| 6.3.2 斑点叉尾鮰pMIR-EB1表达载体构建 | 第93-94页 |
| 6.3.3 斑点叉尾鮰ipu-miR-143靶基因鉴定 | 第94-95页 |
| 6.4 讨论 | 第95-97页 |
| 第7章 结论 | 第97-99页 |
| 附录 A | 第99-137页 |
| 参考文献 | 第137-148页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第148-149页 |
| 致谢 | 第149页 |
