| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 本文缩略词 | 第8-9页 |
| 1 文献综述 | 第9-18页 |
| 1.1 柑橘黄龙病研究概况 | 第9-11页 |
| 1.1.1 柑橘黄龙病菌生物学特性 | 第9页 |
| 1.1.2 柑橘黄龙病症状、危害及分布 | 第9-10页 |
| 1.1.3 黄龙病的检测与防治 | 第10页 |
| 1.1.4 柑橘黄龙病传播、侵染与致病机理 | 第10-11页 |
| 1.2 基因芯片概述 | 第11-12页 |
| 1.2.1 基因芯片简介 | 第11-12页 |
| 1.3 生物信息学简介 | 第12-13页 |
| 1.3.1 生物信息学概念 | 第12页 |
| 1.3.2 生物信息学的应用 | 第12-13页 |
| 1.3.2.1 系统发育分析 | 第12页 |
| 1.3.2.2 蛋白结构和功能预测 | 第12页 |
| 1.3.2.3 基因表达谱分析 | 第12-13页 |
| 1.3.3 生物信息学在植物病害研究中的应用 | 第13页 |
| 1.4 AgriGO数据分析简介 | 第13-14页 |
| 1.4.1 GO（Gene Ontology）和AgriGO数据分析平台介绍 | 第13-14页 |
| 1.4.2 单因素富集分析( Singular Enrichment Analysis，SEA) | 第14页 |
| 1.4.3 基因富集参数分析（Parametric Analysis of Gene Set Enrichment，PAGE） | 第14页 |
| 1.5 MapMan通路分析软件 | 第14-15页 |
| 1.5.1 分类模块 | 第15页 |
| 1.5.2 图像注释模块 | 第15页 |
| 1.6 实时荧光定量PCR | 第15-16页 |
| 1.6.1 实时荧光定量PCR的原理 | 第15-16页 |
| 1.6.2 TaqMan探针法 | 第16页 |
| 1.6.3 SYBR Green法 | 第16页 |
| 1.7 项目研究目的和研究内容 | 第16-18页 |
| 1.7.1 研究目的 | 第16-17页 |
| 1.7.2 本论文研究技术路线 | 第17-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-27页 |
| 2.1 实验材料 | 第18-19页 |
| 2.1.1 植物材料与病原菌 | 第18页 |
| 2.1.2 主要仪器和试剂 | 第18-19页 |
| 2.2 实验方法 | 第19-25页 |
| 2.2.1 柑橘黄龙病毒源树筛选 | 第19-20页 |
| 2.2.1.1 柑橘黄龙病菌检测 | 第19页 |
| 2.2.1.2 柑橘植原体的检测 | 第19页 |
| 2.2.1.3 柑橘衰退病毒的检测 | 第19-20页 |
| 2.2.2 柑橘黄龙病菌芽接接种 | 第20页 |
| 2.2.3 基因表达谱芯片杂交 | 第20-24页 |
| 2.2.3.1 样品处理 | 第20页 |
| 2.2.3.2 柑橘总RNA提取 | 第20-21页 |
| 2.2.3.3 总RNA纯化 | 第21页 |
| 2.2.3.4 反转录合成第一链cDNA | 第21-22页 |
| 2.2.3.5 反转录合成第二链cDNA | 第22页 |
| 2.2.3.6 体外转录合成标记cRNA | 第22页 |
| 2.2.3.7 aRNA纯化 | 第22-23页 |
| 2.2.3.8 片断化 | 第23页 |
| 2.2.3.9 杂交、洗涤、染色和扫描 | 第23-24页 |
| 2.2.4 芯片数据分析 | 第24-25页 |
| 2.2.4.1 数据检验和标准化 | 第24页 |
| 2.2.4.2 差异基因筛选 | 第24页 |
| 2.2.4.3 差异表达基因GO富集分析 | 第24-25页 |
| 2.2.4.4 差异表达基因ManMap分析 | 第25页 |
| 2.3 qRT-PCR验证芯片结果 | 第25-27页 |
| 2.3.1 材料 | 第25页 |
| 2.3.2 RNA提取 | 第25页 |
| 2.3.3 cDNA合成 | 第25页 |
| 2.3.4 引物设计 | 第25页 |
| 2.3.5 标准曲线制备 | 第25-26页 |
| 2.3.6 实时荧光定量PCR测定 | 第26-27页 |
| 3 结果与分析 | 第27-50页 |
| 3.1 黄龙病毒源树获得 | 第27-28页 |
| 3.2 琯溪蜜柚和椪柑嫁接情况 | 第28页 |
| 3.3 基因芯片RNA提取质量检测 | 第28-30页 |
| 3.4 表达谱芯片杂交结果分析 | 第30-32页 |
| 3.4.1 芯片杂交信号散点图 | 第30-31页 |
| 3.4.2 差异表达基因筛选 | 第31-32页 |
| 3.5 差异基因表达GO功能分析 | 第32-39页 |
| 3.5.1 有参富集分析 | 第32-34页 |
| 3.5.2 单因素富集分析 | 第34-39页 |
| 3.5.2.1 细胞进程 | 第34-35页 |
| 3.5.2.2 生物调节 | 第35-36页 |
| 3.5.2.3 胁迫反应 | 第36-37页 |
| 3.5.2.4 植物代谢 | 第37-39页 |
| 3.6 差异表达基因ManMap分析 | 第39-47页 |
| 3.6.1 细胞壁 | 第40-43页 |
| 3.6.2 抗病相关基因 | 第43-44页 |
| 3.6.3 转录因子 | 第44-46页 |
| 3.6.4 水杨酸及茉莉酸信号通路 | 第46页 |
| 3.6.5 抗病基因的表达 | 第46-47页 |
| 3.7 qRT-PCR验证 | 第47-50页 |
| 3.7.1 引物设计 | 第47页 |
| 3.7.2 标准曲线制作 | 第47-48页 |
| 3.7.3 实时荧光定量PCR测定 | 第48-50页 |
| 4 结论与讨论 | 第50-53页 |
| 4.1 差异表达基因GO富集分析 | 第50-51页 |
| 4.1.1 细胞生长和光合作用 | 第50页 |
| 4.1.2 细胞信号传递和内稳定过程 | 第50-51页 |
| 4.1.3 植物代谢与抗病性关系 | 第51页 |
| 4.1.4 生物胁迫响应 | 第51页 |
| 4.2 差异表达基因的ManMap分析 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-58页 |
| 致谢 | 第58页 |
