| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第1章 文章综述 | 第13-26页 |
| 1.1 轮状病毒简述 | 第13-19页 |
| 1.1.1 发现 | 第13页 |
| 1.1.2 轮状病毒分类与结构 | 第13-14页 |
| 1.1.3 轮状病毒复制周期 | 第14-16页 |
| 1.1.4 轮状病毒传播途径与致病机制 | 第16-17页 |
| 1.1.5 轮状病毒免疫 | 第17-19页 |
| 1.2 高通量转录组测序 | 第19-25页 |
| 1.2.1 转录组学概述 | 第19-20页 |
| 1.2.2 第二代测序技术 | 第20-24页 |
| 1.2.3 RNA-Seq在病毒与宿主相互作用研究中的应用 | 第24-25页 |
| 1.3 本课题研究思路 | 第25-26页 |
| 第2章 转录组测序揭示抗轮状病毒相关免疫基因 | 第26-56页 |
| 2.1 实验材料 | 第26-28页 |
| 2.1.1 细胞系 | 第26页 |
| 2.1.2 病毒株 | 第26页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第26页 |
| 2.1.4 细胞培养液 | 第26-27页 |
| 2.1.5 主要仪器与耗材 | 第27-28页 |
| 2.2 实验方法 | 第28-35页 |
| 2.2.1 细胞培养、冻存与复苏 | 第28页 |
| 2.2.2 轮状病毒增殖 | 第28-29页 |
| 2.2.3 轮状病毒滴度测定 | 第29-30页 |
| 2.2.4 轮状病毒感染HT29细胞 | 第30页 |
| 2.2.5 细胞总RNA提取 | 第30页 |
| 2.2.6 细胞总RNA质量检测 | 第30-31页 |
| 2.2.7 测序文库构建 | 第31页 |
| 2.2.8 文库质控与测序 | 第31页 |
| 2.2.9 测序数据处理 | 第31-32页 |
| 2.2.10 与参考基因组比对分析 | 第32-33页 |
| 2.2.11 实时荧光定量PCR鉴定RNA-Seq的准确性 | 第33-35页 |
| 2.3 实验结果 | 第35-52页 |
| 2.3.1 轮状病毒细胞病变效应 | 第35-36页 |
| 2.3.2 病毒效价 | 第36-37页 |
| 2.3.3 细胞总RNA提取 | 第37页 |
| 2.3.4 细胞总RNA样品质量检测 | 第37-38页 |
| 2.3.5 测序数据及质量分析 | 第38-39页 |
| 2.3.6 对统计 | 第39页 |
| 2.3.7 转录组文库质量评估 | 第39-41页 |
| 2.3.8 基因表达定量分析 | 第41-43页 |
| 2.3.9 基因差异表达分析 | 第43-47页 |
| 2.3.10 免疫相关基因差异表达 | 第47-51页 |
| 2.3.11 荧光定量PCR验证转录组测序结果 | 第51-52页 |
| 2.4 讨论 | 第52-56页 |
| 2.4.1 RNA-seq数据质量与可靠性 | 第52-53页 |
| 2.4.2 轮状病毒感染前后宿主细胞转录组变化讨论 | 第53-56页 |
| 第3章 RV诱导肠上皮细胞产生IFNλ1的机制初步探究 | 第56-65页 |
| 3.1 实验材料 | 第56页 |
| 3.1.1 细胞系 | 第56页 |
| 3.1.2 病毒株 | 第56页 |
| 3.1.3 主要试剂 | 第56页 |
| 3.1.4 主要仪器设备 | 第56页 |
| 3.2 实验方法 | 第56-58页 |
| 3.2.1 轮状病毒感染HT29与HCT116细胞系 | 第56-57页 |
| 3.2.2 siRNA转染HCT116细胞 | 第57页 |
| 3.2.3 RNA提取、cDNA合成及qRT-PCR检测mRNA表达水平 | 第57页 |
| 3.2.4 数据统计分析 | 第57-58页 |
| 3.3 实验结果 | 第58-62页 |
| 3.3.1 RV诱导肠上皮细胞IFNλ1上调表达 | 第58-59页 |
| 3.3.2 RV诱导肠上皮细胞dsRNA受体RIG-I/MDA 5 mRNA上调表达 | 第59-60页 |
| 3.3.3 RV诱导肠上皮细胞IRF mRNA上调表达 | 第60-61页 |
| 3.3.4 RIG-I/MDA5信号通路激活IFNλ1表达 | 第61-62页 |
| 3.4 讨论 | 第62-65页 |
| 参考文献 | 第65-72页 |
| 英文缩写表 | 第72-73页 |
| 硕士期间发表的论文 | 第73-74页 |
| 致谢 | 第74页 |
