| ABSTRACT | 第9-11页 |
| List of abbreviations | 第12-14页 |
| CHAPTER 1 Review of Infectious Bronchitis Virus and Infectious Bronchitis Disease | 第14-40页 |
| 1 Introduction | 第15-21页 |
| 1.1 Avian Infectious Bronchitis Virus (IBV) | 第15页 |
| 1.2 Classification | 第15页 |
| 1.3 Structure and morphology | 第15-16页 |
| 1.4 Genomic organization | 第16-18页 |
| 1.5 Non structural and structural proteins | 第18-20页 |
| 1.6 Tissue tropism | 第20页 |
| 1.7 Virus entry and attachment | 第20页 |
| 1.8 Replication, transcription and translation | 第20-21页 |
| 1.9 Virus assembly and release of particles | 第21页 |
| 1.10 Prevalence and propagation of IBV | 第21页 |
| 2 Infectious Bronchitis Disease (IB) | 第21-26页 |
| 2.1 IBV serotype | 第21-22页 |
| 2.2 IBV genotype | 第22页 |
| 2.3 IBV protectotype | 第22页 |
| 2.4 Susceptible Host | 第22页 |
| 2.5 IBV intra-classification | 第22-23页 |
| 2.6 Identification of Virus | 第23页 |
| 2.7 Pathogenicity | 第23页 |
| 2.8 Morbidity and mortality | 第23-24页 |
| 2.9 Clinical signs | 第24页 |
| 2.10 Necropsy changes | 第24页 |
| 2.11 IBV vaccines and immunity | 第24-26页 |
| 3 IBV diagnosis | 第26页 |
| 4 Aims and objectives of the study | 第26-27页 |
| References | 第27-40页 |
| CHAPTER 2 Epidemiology of infectious bronchitis virus (IBV) and control measures | 第40-54页 |
| 1 Introduction | 第40-44页 |
| 1.1 The origin of IBV | 第40-41页 |
| 1.2 Worldwide epidemiology of infectious bronchitis virus | 第41-42页 |
| 1.3 IBV epidemiology in China | 第42-44页 |
| 2 IBV QX strain emerging worldwide | 第44页 |
| 3 IBV control measures | 第44-46页 |
| 3.1 IBV back ground knowledge | 第44-45页 |
| 3.2 IBV control strategies | 第45-46页 |
| References | 第46-54页 |
| CHAPTER 3 Pathogenicity of an infectious bronchitis virus isolate in China | 第54-72页 |
| 1 Introduction | 第55-56页 |
| 2 Materials and methods | 第56-63页 |
| 2.1 Collection of virus samples | 第56页 |
| 2.2 Specific pathogen free embryonated eggs and chicken | 第56页 |
| 2.3 Identification of IBV by RT-PCR | 第56-60页 |
| 2.4 Determination of 50% embryo infectious dose (EID_(50)) | 第60页 |
| 2.5 IBV experimental infections to chicken | 第60-61页 |
| 2.6 Histopathological examinations | 第61-63页 |
| 3 Results | 第63-67页 |
| 3.1 Identification of IBV by RT-PCR | 第63页 |
| 3.2 Determination of 50 percent chicken embryo infectious dose (EID_(50)) | 第63-64页 |
| 3.3 IBV experimental infection | 第64-65页 |
| 3.4 Morbidity and mortality rate | 第65页 |
| 3.5 Clinical signs | 第65页 |
| 3.6 Gross pathological lesions | 第65-66页 |
| 3.7 Histopathological lesions | 第66-67页 |
| 4 Discussion | 第67-69页 |
| References | 第69-72页 |
| CHAPTER 4 Full length genome sequencing of an infectious bronchitis virus isolate XDC-2 | 第72-102页 |
| 1 Introduction | 第72-73页 |
| 2 Materials and methods | 第73-79页 |
| 2.1 Primer designing | 第73-75页 |
| 2.2 Total viral RNA extraction,RT-PCR and PCR | 第75页 |
| 2.3 Race PCR for amplification of IBV RNA genome 5'end | 第75-76页 |
| 2.4 IBV fragments amplification, cloning and sequencing | 第76页 |
| 2.5 Separations of structural and nonstructural genes | 第76页 |
| 2.6 IBV XDC-2strain full length genome pairwise comparison | 第76-78页 |
| 2.7 Phylogenetic tree analysis | 第78-79页 |
| 2.8 Comparisons of S glycoprotein gene amino acids with vaccine strains | 第79页 |
| 2.9 Selection pressure | 第79页 |
| 2.10 Recombination analyses | 第79页 |
| 3 Results | 第79-92页 |
| 3.1 IBV nucleotide sequencing | 第79-80页 |
| 3.2 Full length genome nucleotide homology and divergence | 第80-82页 |
| 3.3 IBV XDC-2 strain full length genome pairwise comparison | 第82-83页 |
| 3.4 Phylogenetic analyses | 第83-89页 |
| 3.5 Comparison of S gene amino acids with vaccine strains | 第89页 |
| 3.6 Analysis of selection pressure | 第89-90页 |
| 3.7 Recombination analyses | 第90-92页 |
| 4 Discussion | 第92-96页 |
| References | 第96-102页 |
| CHAPTER 5 Construction and expression of recombinant plasmids containing IBV S1 and Ii-key segment of chicken major histocompatibility complex Ⅱ gene | 第102-132页 |
| 1 Introduction | 第102-106页 |
| 2 Materials and methods | 第106-117页 |
| 2.1 Cells | 第106页 |
| 2.2 Primer designing | 第106页 |
| 2.3 RNA extraction,RT-PCR and PCR | 第106-108页 |
| 2.4 Cloning of the complete IBV S1 gene and chicken MHC Ⅱ Ii gene | 第108-110页 |
| 2.5 Preparation of DH5 α E. coli competent cell for transformation of plasmids | 第110-111页 |
| 2.6 Plasmid extraction by DNA plasmid purification kit | 第111页 |
| 2.7 Confirmation of recombinant plasmids | 第111-113页 |
| 2.8 Eukaryotic expression of DNA recombinant plasmids | 第113-115页 |
| 2.9 SDS-PAGE AND Western blot protocols | 第115页 |
| 2.10 Chicken, plasmids and vaccination | 第115-116页 |
| 2.11 Detection of anti-IBV specific antibodies | 第116页 |
| 2.12 Li gene specific T lymphocyte cells proliferation assay | 第116-117页 |
| 2.13 Statistics | 第117页 |
| 3 Results | 第117-122页 |
| 3.1 Amplification and cloning of IBV S1 gene and chicken MHC Ⅱ Ii gene | 第117-118页 |
| 3.2 Confirmation of the recombinant plasmid (pcDNA-S1-F) by colony PCR and Enzyme Digestion | 第118页 |
| 3.3 Confirmation of the recombinant plasmid (pcDNA-Ii-F) by colony PCR and | 第118-119页 |
| 3.4 Confirmation of the expression of the recombinant plasmids by Western blot analysis | 第119-120页 |
| 3.5 Induction of immune responses | 第120-122页 |
| 4 Discussion | 第122-123页 |
| Acknowledgements | 第123-124页 |
| References | 第124-132页 |
| Conclusions | 第132-134页 |
| Suggestions | 第134-136页 |
| Publications | 第136-138页 |
| Acknowledgements | 第138页 |
