| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 图目录 | 第10-11页 |
| 表目录 | 第11-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-19页 |
| ·课题背景 | 第12页 |
| ·GPU技术 | 第12-16页 |
| ·GPU发展历程 | 第13-14页 |
| ·GPU编程环境 | 第14-16页 |
| ·流式计算 | 第16-18页 |
| ·本文目标与结构 | 第18页 |
| ·本章小结 | 第18-19页 |
| 第2章 GPU加速的基因序列比对Ⅰ——分值计算 | 第19-36页 |
| ·引言 | 第19-20页 |
| ·相关工作 | 第20-24页 |
| ·Smith-Waterman算法 | 第20-21页 |
| ·Wavefront算法 | 第21-22页 |
| ·Tiled Wavefront算法 | 第22-23页 |
| ·相关加速算法 | 第23-24页 |
| ·Diamond Tiled Wavefront算法 | 第24-27页 |
| ·相关名词 | 第24-25页 |
| ·算法概述 | 第25-26页 |
| ·计算步骤 | 第26-27页 |
| ·TWF和DTWF算法的比较 | 第27-30页 |
| ·时间开销 | 第28-29页 |
| ·空间开销 | 第29-30页 |
| ·相关流式算法 | 第30-33页 |
| ·分批处理 | 第30-31页 |
| ·取最大值 | 第31-32页 |
| ·前缀和与数据流缩减算法 | 第32-33页 |
| ·实验结果与分析 | 第33-35页 |
| ·实验平台 | 第33页 |
| ·实验结果 | 第33-35页 |
| ·结果分析 | 第35页 |
| ·本章小结 | 第35-36页 |
| 第3章 GPU加速的基因序列比对Ⅱ——精确比对 | 第36-46页 |
| ·引言 | 第36页 |
| ·相关工作 | 第36-37页 |
| ·Hirschberg算法 | 第36-37页 |
| ·Checkpoint算法 | 第37页 |
| ·流式序列比对算法 | 第37-43页 |
| ·查找起止位置 | 第38-39页 |
| ·流式比对算法 | 第39-43页 |
| ·实验结果与分析 | 第43-45页 |
| ·实验平台 | 第43页 |
| ·实验结果 | 第43-44页 |
| ·结果分析 | 第44-45页 |
| ·本章小结 | 第45-46页 |
| 第4章 GPU加速的三维模型凸包生成 | 第46-61页 |
| ·引言 | 第46-47页 |
| ·相关工作 | 第47-48页 |
| ·三维凸包CPU生成算法 | 第48-49页 |
| ·流式算法 | 第49-57页 |
| ·三维凸包流式生成算法 | 第49-50页 |
| ·算法流程 | 第50-55页 |
| ·Vector和Queue数据结构的实现 | 第55页 |
| ·Map数据结构的实现 | 第55-56页 |
| ·其他实现优化 | 第56-57页 |
| ·实验结果与分析 | 第57-60页 |
| ·实验平台 | 第57页 |
| ·实验结果 | 第57-58页 |
| ·性能分析 | 第58-60页 |
| ·本章小结 | 第60-61页 |
| 第5章 总结与展望 | 第61-62页 |
| ·本文工作总结 | 第61页 |
| ·未来工作展望 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-66页 |
| 攻读硕士学位期间主要的研究成果 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
| 作者简介 | 第68页 |