鸡卵巢发育相关miRNA与基因的鉴定及特征分析
| 英文缩略图表 | 第1-8页 |
| 中文摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 1 前言 | 第12-17页 |
| ·鸡的卵巢和卵泡发育 | 第12-13页 |
| ·发育过程 | 第12页 |
| ·发育机制 | 第12页 |
| ·产蛋性状相关基因的研究进展 | 第12-13页 |
| ·高通量技术的应用 | 第13-14页 |
| ·miRNA的研究进展 | 第14-15页 |
| ·miRNA的发现 | 第14页 |
| ·miRNA的作用机制 | 第14-15页 |
| ·miRNA在禽类的研究进展 | 第15页 |
| ·转录组测序技术的应用 | 第15-16页 |
| ·本研究的目的意义 | 第16-17页 |
| 2 材料与方法 | 第17-32页 |
| ·试验材料 | 第17-18页 |
| ·试验动物及样品采集 | 第17页 |
| ·主要试剂 | 第17页 |
| ·主要仪器 | 第17-18页 |
| ·主要的数据库及生物学分析软件 | 第18页 |
| ·高通量测序及生物信息学分析 | 第18-26页 |
| ·样品总RNA的提取 | 第18-19页 |
| ·Total RNA样品检测 | 第19页 |
| ·small RNA测序文库构建 | 第19-20页 |
| ·small RNA测序数据分析 | 第20-23页 |
| ·转录组测序文库构建 | 第23-24页 |
| ·转录组测序数据分析 | 第24-26页 |
| ·差异表达miRNA与mRNA的整合分析 | 第26页 |
| ·差异表达miRNA的qRT-PCR验证 | 第26-28页 |
| ·总RNA提取 | 第26页 |
| ·miRNA Poly加尾和反转录 | 第26-27页 |
| ·qRT-PCR | 第27-28页 |
| ·差异表达mRNA的qRT-PCR验证 | 第28-30页 |
| ·mRNA反转录 | 第28-29页 |
| ·qRT-PCR | 第29-30页 |
| ·荧光定量验证miRNA与mRNA的关联分析 | 第30-31页 |
| ·数据统计与分析 | 第31-32页 |
| 3 结果与分析 | 第32-83页 |
| ·RNA质量检测 | 第32-33页 |
| ·small RNA测序数据分析 | 第33-53页 |
| ·测序数据质量及序列长度分布 | 第33-36页 |
| ·sRNA基因组定位及分类注释 | 第36-42页 |
| ·miRNA家族分析 | 第42-43页 |
| ·miRNA差异表达分析 | 第43-48页 |
| ·miRNA靶基因预测 | 第48-49页 |
| ·差异miRNA靶基因功能富集 | 第49-53页 |
| ·转录组测序数据分析 | 第53-71页 |
| ·测序数据质量 | 第53页 |
| ·测序序列基因组定位 | 第53-55页 |
| ·可变剪切的类型及特征 | 第55-56页 |
| ·新转录本的预测 | 第56-57页 |
| ·SNP和InDel的分布情况 | 第57-58页 |
| ·基因差异表达分析 | 第58-64页 |
| ·差异基因的功能富集 | 第64-71页 |
| ·差异表达miRNA与mRNA的整合分析 | 第71-75页 |
| ·差异miRNA与差异基因上下调比较分析 | 第71页 |
| ·miRNA-mRNA调控网络分析 | 第71-72页 |
| ·靶基因的功能富集分析 | 第72-75页 |
| ·差异表达miRNA的qRT-PCR验证 | 第75-78页 |
| ·差异表达基因的qRT-PCR验证 | 第78-81页 |
| ·差异miRNA与差异靶基因的qRT-PCR验证 | 第81-83页 |
| 4 讨论 | 第83-87页 |
| ·测序数据质量的可靠性 | 第83-84页 |
| ·小RNA测序结果的可靠性 | 第83页 |
| ·转录组测序结果的可靠性 | 第83-84页 |
| ·差异miRNA表达模式分析 | 第84-85页 |
| ·差异基因表达模式分析 | 第85页 |
| ·miRNA与其靶基因之间关系 | 第85-87页 |
| 5 结论 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-94页 |
| 附录 | 第94-99页 |
| 致谢 | 第99-100页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第100页 |
