| 中文摘要 | 第1-3页 |
| Abstract | 第3-5页 |
| 中文文摘 | 第5-12页 |
| 绪论 | 第12-26页 |
| 一、研究背景 | 第12页 |
| 二、文献综述 | 第12-25页 |
| ·甘蔗基因组特征 | 第13-14页 |
| ·甘蔗基因组的复杂性与遗传多样性 | 第13-14页 |
| ·甘蔗基因组与高粱基因组结构的共线性 | 第14页 |
| ·纤维素的研究概述 | 第14-15页 |
| ·纤维素的价值 | 第14页 |
| ·纤维素分子结构与生物学意义 | 第14-15页 |
| ·微生物纤维素酶研究现状 | 第15-18页 |
| ·微生物纤维素酶种类及特点 | 第15-17页 |
| ·微生物纤维素酶催化机制 | 第17页 |
| ·微生物纤维素酶基因家族进化分析 | 第17-18页 |
| ·植物纤维素酶研究现状 | 第18-22页 |
| ·植物纤维素酶种类与特点 | 第18-19页 |
| ·植物纤维素酶功能分析 | 第19-20页 |
| ·植物纤维素酶表达调控 | 第20-21页 |
| ·植物纤维素酶基因家族进化分析 | 第21-22页 |
| ·甘蔗复杂基因组的研究方案 | 第22-25页 |
| ·高通量测序技术与测序平台 | 第22-23页 |
| ·RNA-Seq技术 | 第23-25页 |
| 三、本研究目的、意义和内容 | 第25-26页 |
| 第一章 比较基因组学鉴定甘蔗纤维素酶基因家族成员及其演化 | 第26-48页 |
| 第一节 前言 | 第26页 |
| 第二节 材料 | 第26-28页 |
| ·网络数据资源及应用软件 | 第26-28页 |
| 第三节 方法 | 第28-30页 |
| ·纤维素酶基因GH9家族的数据搜索 | 第28页 |
| ·甘蔗纤维素酶基因GH9家族成员的预测 | 第28-29页 |
| ·纤维素酶基因GH9家族成员的进化分析 | 第29页 |
| ·植物底物非特异性纤维素酶基因家族数据搜索 | 第29-30页 |
| 第四节 结果与分析 | 第30-46页 |
| ·高粱中底物非特异性纤维素酶基因家族成员系统发育分析 | 第30-33页 |
| ·九种植物纤维素酶基因GH9家族的搜索结果 | 第33-39页 |
| ·甘蔗纤维素酶基因GH9家族成员生物信息学预测 | 第39-40页 |
| ·高粱和甘蔗的纤维素酶基因GH9家族成员的比较 | 第40-42页 |
| ·甘蔗纤维素酶基因GH9家族成员基因结构分析 | 第42-44页 |
| ·纤维素酶基因GH9家族成员进化分析 | 第44-46页 |
| 第五节 讨论 | 第46-48页 |
| 第二章 甘蔗纤维素酶基因家族的共表达分析 | 第48-68页 |
| 第一节 前言 | 第48页 |
| 第二节 材料 | 第48-49页 |
| ·植物材料 | 第48-49页 |
| ·试剂和仪器 | 第49页 |
| ·试剂 | 第49页 |
| ·仪器 | 第49页 |
| 第三节 方法 | 第49-58页 |
| ·甘蔗纤维素酶基因家族成员表达分析 | 第49-51页 |
| ·甘蔗组织RNA的提取 | 第49-50页 |
| ·RNA样品的消化 | 第50页 |
| ·Illminua Hiseq2000高通量测序 | 第50-51页 |
| ·RNA-seq技术组装分析 | 第51-52页 |
| ·甘蔗纤维素酶基因单倍型Haplotype数目分析 | 第52-58页 |
| ·单倍型数目分析的引物设计 | 第52-57页 |
| ·甘蔗组织DNA的提取 | 第57页 |
| ·PCR反应 | 第57-58页 |
| ·单倍型数目分析PCR产物纯化回收和高通量测序 | 第58页 |
| ·数据组装分析 | 第58页 |
| 第四节 结果与分析 | 第58-66页 |
| ·甘蔗纤维素酶基因家族成员表达分析 | 第58-65页 |
| ·甘蔗纤维素酶基因单倍型Haplotype数目分析 | 第65-66页 |
| ·甘蔗基因组DNA的提取与PCR产物纯化回收和高通量测序 | 第65-66页 |
| ·组装数据分析 | 第66页 |
| 第五节 讨论 | 第66-68页 |
| 第三章 拟南芥纤维素酶基因家族突变体的鉴定和甘蔗纤维素酶基因家族的克隆转化 | 第68-98页 |
| 第一节 前言 | 第68页 |
| 第二节 材料 | 第68-69页 |
| ·植物材料 | 第68页 |
| ·试剂和仪器 | 第68-69页 |
| ·试剂 | 第68-69页 |
| ·仪器 | 第69页 |
| 第三节 方法 | 第69-85页 |
| ·拟南芥突变体的鉴定与表型观察 | 第69-75页 |
| ·拟南芥突变体的查找 | 第69-70页 |
| ·拟南芥突变体的种植 | 第70-71页 |
| ·拟南芥突变体鉴定的引物设计 | 第71-73页 |
| ·拟南芥突变体基因组DNA的粗提取 | 第73页 |
| ·拟南芥突变体杂合度PCR检测 | 第73-74页 |
| ·拟南芥突变体表型观察 | 第74-75页 |
| ·运用Gateway技术构建甘蔗和拟南芥纤维素酶基因的表达载体 | 第75-83页 |
| ·甘蔗和拟南芥叶片组织RNA提取与cDNA—链合成 | 第75-76页 |
| ·甘蔗和拟南芥纤维素酶基因cDNA克隆的引物设计 | 第76-77页 |
| ·甘蔗和拟南芥纤维素酶基因的cDNA克隆 | 第77-78页 |
| ·BP反应 | 第78-80页 |
| ·LR反应 | 第80-83页 |
| ·目的载体转化农杆菌 | 第83页 |
| ·浸花法转化拟南芥 | 第83-84页 |
| ·拟南芥双基因突变体的获得与鉴定 | 第84-85页 |
| 第四节 结果与分析 | 第85-96页 |
| ·拟南芥突变体的鉴定与表型观察 | 第85-92页 |
| ·拟南芥突变体杂合度PCR检测 | 第85页 |
| ·拟南芥纯合突变体表型观察 | 第85-92页 |
| ·运用Gateway技术构建甘蔗和拟南芥纤维素酶基因的表达载体 | 第92-95页 |
| ·甘蔗和拟南芥纤维素酶基因的cDNA克隆 | 第92-93页 |
| ·BP反应 | 第93页 |
| ·LR反应 | 第93-95页 |
| ·目的载体转化农杆菌和浸花法转化拟南芥 | 第95页 |
| ·拟南芥双突变的获得与筛选 | 第95-96页 |
| 第五节 讨论 | 第96-98页 |
| 第四章 结论 | 第98-100页 |
| 附录1 名词缩写表 | 第100-101页 |
| 附录2 培养基配方 | 第101-102页 |
| 附录3 常用试剂 | 第102-104页 |
| 参考文献 | 第104-114页 |
| 攻读学位期间承担的科研任务与主要成果 | 第114-116页 |
| 致谢 | 第116-118页 |
| 个人简历 | 第118-122页 |
