| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 专业词汇中英文对照表 | 第10-12页 |
| 目录 | 第12-15页 |
| 1 疾病基因组学研究概述 | 第15-26页 |
| ·引言 | 第15页 |
| ·第二代测序技术及平台选择 | 第15-19页 |
| ·第二代测序技术的特点 | 第16-18页 |
| ·第二代测序平台的选择 | 第18-19页 |
| ·第二代测序在疾病基因组学研究中的应用 | 第19-26页 |
| ·微生物基因组测序及元基因组学研究 | 第19-20页 |
| ·目标区域重测序发现微生物群体中的低频突变 | 第20-22页 |
| ·单基因疾病的外显子组测序策略 | 第22-23页 |
| ·外显子组测序的方法及评价 | 第23-25页 |
| ·多基因疾病易感基因定位简介 | 第25-26页 |
| 2 不同肝病进程患者体内乙肝病毒全基因组准种研究 | 第26-45页 |
| ·概述 | 第26-30页 |
| ·乙肝病毒及其基因组 | 第26-27页 |
| ·HBV准种与耐药及重症肝病相关 | 第27-29页 |
| ·第二代测序在HBV准种研究中的应用 | 第29-30页 |
| ·材料方法 | 第30-33页 |
| ·样本收集 | 第30页 |
| ·病毒DNA提取 | 第30页 |
| ·HBV全基因组扩增及文库制备 | 第30-32页 |
| ·焦磷酸测序和数据分析 | 第32-33页 |
| ·系统内参 | 第33页 |
| ·克隆测序 | 第33页 |
| ·统计分析 | 第33页 |
| ·研究结果 | 第33-41页 |
| ·测序数据统计及内参分析 | 第33-35页 |
| ·HBV全基因组点突变图谱 | 第35-36页 |
| ·点突变在准种中频率呈U型分布 | 第36-38页 |
| ·与肝病进展相关的病毒突变 | 第38-39页 |
| ·重症和轻症样本中病毒缺失突变存在差异 | 第39-40页 |
| ·耐药突变和免疫逃逸突变分析 | 第40-41页 |
| ·讨论 | 第41-44页 |
| ·突变检测有较高准确度 | 第41-42页 |
| ·不同肝病进程的样本中HBV准种组成特点 | 第42页 |
| ·重症肝病相关点突变可能的作用机制 | 第42-43页 |
| ·HBV缺失突变产生与组织分布特点 | 第43-44页 |
| ·结论 | 第44-45页 |
| 3 肌营养不良和痉挛性截瘫家系致病突变定位 | 第45-66页 |
| ·概述 | 第45-46页 |
| ·材料方法 | 第46-52页 |
| ·样本收集 | 第46-47页 |
| ·基因组DNA提取 | 第47-48页 |
| ·已知致病基因的PCR测序 | 第48页 |
| ·缺失断点的精确定位方法 | 第48-49页 |
| ·全基因组SNP分型 | 第49页 |
| ·外显子组捕获及测序 | 第49-51页 |
| ·序列比对与候选位点确定 | 第51-52页 |
| ·研究结果 | 第52-59页 |
| ·BMD患者的DMD基因45-53号外显子缺失及缺失边界定位 | 第52-54页 |
| ·DMD基因11号外显子有一与疾病共遗传的低频错义突变 | 第54页 |
| ·HSP家系无明显连锁信号 | 第54-55页 |
| ·HSP两例样本外显子组测序数据统计 | 第55-56页 |
| ·HSP已知致病位点和患者共有纯合区域未发现致病突变 | 第56-57页 |
| ·SERPINA7含有一个与HSP共遗传的低频错义突变 | 第57-59页 |
| ·讨论 | 第59-65页 |
| ·DMD基因缺失突变和点突变对BMD疾病的贡献 | 第59页 |
| ·DMD基因缺失突变形成机制 | 第59-61页 |
| ·HSP家系线粒体基因组不含致病突变 | 第61-62页 |
| ·SERPINA7突变可能影响脑细胞甲状腺激素的摄入导致HSP | 第62-64页 |
| ·SERPINA7的致病性可通过斑马鱼模型验证 | 第64-65页 |
| ·结论 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-80页 |
| 附录 | 第80-98页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第98页 |
