基于第二代测序技术的小片段组装系统
| 提要 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 第1章 绪论 | 第9-17页 |
| ·选题的背景 | 第9-13页 |
| ·测序技术及其发展 | 第9-11页 |
| ·鸟枪法测序和序列组装的概念 | 第11-13页 |
| ·序列组装的分类 | 第13页 |
| ·序列组装的意义 | 第13页 |
| ·序列组装在国内外的研究现状及发展趋势 | 第13-15页 |
| ·长序列的组装算法 | 第14页 |
| ·短序列的组装算法 | 第14-15页 |
| ·本论文的研究内容 | 第15-16页 |
| ·本章小结 | 第16-17页 |
| 第2章 系统设计与实现 | 第17-32页 |
| ·混合组装的必然性和可行性 | 第17-18页 |
| ·现有组装方法的现状和问题 | 第17页 |
| ·混合组装的优势和可行性 | 第17-18页 |
| ·混合组装系统的架构 | 第18页 |
| ·设计混合组装系统 | 第18-28页 |
| ·混合组装的流程 | 第18-19页 |
| ·混合组装系统的输入序列 | 第19-20页 |
| ·混合组装系统的过滤器 | 第20页 |
| ·参考组装模型的建立 | 第20-22页 |
| ·从头组装模型的建立 | 第22-25页 |
| ·综合组装 | 第25-26页 |
| ·FASTA格式结果和统计信息 | 第26-27页 |
| ·辅助脚本 | 第27-28页 |
| ·在LINUX下使用PERL语言实现组装系统 | 第28-31页 |
| ·组装系统的起始页面和代码 | 第29-31页 |
| ·本章小结 | 第31-32页 |
| 第3章 系统测试 | 第32-45页 |
| ·评估组装质量的指标 | 第32页 |
| ·混合组装系统的测试 | 第32-35页 |
| ·测试数据集 | 第32-34页 |
| ·测试环境 | 第34-35页 |
| ·测试结果统计与分析 | 第35-41页 |
| ·T1数据集的组装 | 第35-37页 |
| ·T2数据集的组装 | 第37-40页 |
| ·S1数据集的组装 | 第40-41页 |
| ·混合组装系统的评价分析 | 第41-44页 |
| ·混合组装系统的内存使用量分析 | 第41-42页 |
| ·混合组装系统对测序深度的要求分析 | 第42-43页 |
| ·混合组装系统受K值变化的影响分析 | 第43-44页 |
| ·本章小结 | 第44-45页 |
| 第4章 全文总结 | 第45-48页 |
| ·本文的研究背景 | 第45-46页 |
| ·本文的主要研究内容 | 第46页 |
| ·本混合组装系统的优势 | 第46-47页 |
| ·总结与讨论 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-51页 |
| 作者简介 | 第51-52页 |
| 致谢 | 第52页 |
