| 目录 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-13页 |
| 第1章 文献综述 | 第13-29页 |
| 1 结核病 | 第13页 |
| 2 分枝杆菌噬菌体及其基因组学研究概况 | 第13-15页 |
| 3 基于分枝杆菌噬菌体的遗传工具 | 第15-17页 |
| ·穿梭噬菌粒以及转座子运载工具 | 第15页 |
| ·整合性载体 | 第15-17页 |
| ·重组工程 | 第17页 |
| 4 基于分枝杆菌噬菌体的结核菌及其耐药性的临床诊断 | 第17-21页 |
| ·报告噬菌体 | 第18-20页 |
| ·噬菌体生物扩增法(phage amplified biologically assay,PhaB) | 第20页 |
| ·其余的基于噬菌体的结核菌及其耐药性诊断方法 | 第20-21页 |
| 5 基于分枝杆菌噬菌体的药物开发 | 第21-23页 |
| ·基于分枝杆菌噬菌体颗粒的治疗学 | 第21-22页 |
| ·基于分枝杆菌噬菌体颗粒治疗学的局限性 | 第22页 |
| ·基于分枝杆菌噬菌体杀菌多肽的药物研发 | 第22-23页 |
| 6 总结 | 第23页 |
| 参考文献 | 第23-29页 |
| 第2章 绪论 | 第29-31页 |
| 1 选题依据、研究目的与意义 | 第29页 |
| 2 科学问题 | 第29页 |
| 3 研究内容与技术路线 | 第29-31页 |
| 第3章 中国特有分枝杆菌噬菌体的分离、鉴定及全基因组测序 | 第31-51页 |
| 1 实验材料 | 第31-32页 |
| ·土样及实验室所用菌株 | 第31-32页 |
| ·主要溶液的配制 | 第32页 |
| 2 实验方法 | 第32-36页 |
| ·样品获取 | 第32页 |
| ·噬菌体分离 | 第32-33页 |
| ·噬菌体纯化及基因组提取 | 第33页 |
| ·噬菌体的生理特征分析 | 第33-34页 |
| ·噬菌体基因组测序 | 第34-35页 |
| ·噬菌体基因组末端的测定 | 第35页 |
| ·噬菌体SWU1的结构蛋白分析 | 第35页 |
| ·序列分析 | 第35-36页 |
| ·系统进化树的构建 | 第36页 |
| 3 结果 | 第36-48页 |
| ·噬菌体的分离 | 第36页 |
| ·噬菌体的基本生物学特征 | 第36-38页 |
| ·SWU1基因组的末端测定 | 第38-39页 |
| ·SWU1基因组的基本特征 | 第39-43页 |
| ·预测SWU1的基因及其功能 | 第43页 |
| ·类SWU1的原噬菌体 | 第43-45页 |
| ·SWU1基因组的镶嵌型结构 | 第45-46页 |
| ·分枝杆菌噬菌体SWU1的结构蛋白分析 | 第46-47页 |
| ·分枝杆菌噬菌体A2簇的生物地理学分析 | 第47-48页 |
| 4 讨论 | 第48-49页 |
| 5 结论 | 第49页 |
| 参考文献 | 第49-51页 |
| 第4章 噬菌体分类鉴定标记分子的寻找——以分枝杆菌噬菌体为例 | 第51-61页 |
| 1 实验材料 | 第51-53页 |
| ·分枝杆菌噬菌体基因组 | 第51-52页 |
| ·生物信息学软件 | 第52页 |
| ·实验所用菌株及噬菌体 | 第52-53页 |
| 2 实验方法 | 第53-54页 |
| ·核心基因组的筛选及功能分析 | 第53-54页 |
| ·多序列比对分析 | 第54页 |
| ·分枝杆菌噬菌体标记分子的验证 | 第54页 |
| 3 结果 | 第54-58页 |
| ·核心基因组的筛选及功能分析 | 第54-56页 |
| ·Group A核心基因作为分枝杆菌噬菌体分子钟的可行性分析 | 第56-58页 |
| 4 讨论 | 第58-59页 |
| 5 结论 | 第59页 |
| 参考文献 | 第59-61页 |
| 第5章 RNA-seq揭示的分枝杆菌噬菌体SWU1与其宿主菌的相互作用 | 第61-88页 |
| 1 实验材料 | 第61-62页 |
| ·噬菌体及菌株 | 第61-62页 |
| ·主要溶液的配制 | 第62页 |
| 2 实验方法 | 第62-64页 |
| ·分枝杆菌噬菌体SWU1及耻垢分枝杆菌的培养 | 第62页 |
| ·分枝杆菌噬菌体SWU1的感染条件 | 第62页 |
| ·分枝杆菌噬菌体SWU1的分时感染 | 第62页 |
| ·RNA的提取 | 第62-63页 |
| ·转录组测序 | 第63页 |
| ·数据的处理与分析 | 第63页 |
| ·离子浓度测定 | 第63页 |
| ·Real-time PCR验证 | 第63-64页 |
| 3 结果与讨论 | 第64-83页 |
| ·分枝杆菌噬菌体SWU1感染耻垢分枝杆菌条件的测定 | 第64-65页 |
| ·SWU1的感染模式——早期、中期及晚期基因 | 第65-66页 |
| ·耻垢分枝杆菌对噬菌体SWU1的全局性遗传响应 | 第66页 |
| ·耻垢分枝杆菌响应噬菌体SWU1感染的关键事件 | 第66-79页 |
| ·噬菌体促进宿主菌代谢 | 第79-81页 |
| ·Real-time PCR验证RNA-seq的结果 | 第81-82页 |
| ·不同噬菌体诱导宿主基因表达改变的比较 | 第82-83页 |
| 4 结论 | 第83页 |
| 参考文献 | 第83-88页 |
| 第6章 分枝杆菌噬菌体D29gp34.1的功能研究 | 第88-103页 |
| 1 实验材料 | 第88-90页 |
| ·数据的获取 | 第88页 |
| ·实验所用菌株、噬菌体、质粒及引物 | 第88页 |
| ·主要溶液的配制 | 第88-90页 |
| 2 实验方法 | 第90-93页 |
| ·生物信息学分析 | 第90页 |
| ·菌株及噬菌体的培养 | 第90页 |
| ·重组质粒的构建 | 第90页 |
| ·D29gp34.1对大肠杆菌的生长抑制分析 | 第90-91页 |
| ·多肽片段的体外杀菌实验 | 第91-92页 |
| ·菌落及电镜形态观察 | 第92页 |
| ·噬菌体耐受实验、噬菌体吸附率测试及噬菌体DNA注入实验 | 第92-93页 |
| 3 结果 | 第93-98页 |
| ·D29gp34.1的生物信息学分析 | 第93-95页 |
| ·D29gp34.1在E.coli中具有细菌毒性 | 第95页 |
| ·D29gp34.1的活性区段分析 | 第95-96页 |
| ·D29gp34.1的过表达可改变M.smegmatis的菌落形态但并不改变其菌体电镜形态 | 第96-97页 |
| ·D29gp34.1赋予M.smegmatis耐受TM4的表型 | 第97-98页 |
| 4 讨论 | 第98-99页 |
| 5 结论 | 第99页 |
| 参考文献 | 第99-103页 |
| 第7章 挖掘分枝杆菌基因组内原噬菌体 | 第103-121页 |
| 1 实验材料 | 第103-105页 |
| ·数据的获取 | 第103-105页 |
| ·软件的获取 | 第105页 |
| 2 实验方法 | 第105-106页 |
| ·原噬菌体的挖掘 | 第105页 |
| ·基因组分析 | 第105-106页 |
| ·比较基因组学分析 | 第106页 |
| 3 结果 | 第106-116页 |
| ·分枝杆菌基因组中的原噬菌体 | 第106-109页 |
| ·分枝杆菌基因组中的新鉴定的原噬菌体 | 第109-114页 |
| ·全长分枝杆菌原噬菌体的比较基因组学分析 | 第114页 |
| ·分枝杆菌缺陷原噬菌体的比较基因组学分析 | 第114页 |
| ·分枝杆菌原噬菌体整合酶的进化分析 | 第114-116页 |
| 4 讨论 | 第116-117页 |
| 5 结论 | 第117页 |
| 参考文献 | 第117-121页 |
| 附录 | 第121-133页 |
| 创新点与展望 | 第133-135页 |
| 致谢 | 第135-137页 |
| 在学期间发表的论文 | 第137页 |
