| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-42页 |
| ·植物中的小分子RNA | 第15页 |
| ·植物miRNA的产生 | 第15-17页 |
| ·植物miRNA的作用机制 | 第17-21页 |
| ·miRNA介导的mRNA剪切 | 第19页 |
| ·miRNA介导的翻译抑制 | 第19-20页 |
| ·miRNA介导的DNA甲基化 | 第20-21页 |
| ·高通量测序技术及其应用简介 | 第21-26页 |
| ·高通量测序的出现和发展 | 第21-22页 |
| ·Genome Analyzer的测序过程 | 第22-24页 |
| ·高通量测序的应用 | 第24-26页 |
| ·第三代测序技术简介 | 第26页 |
| ·植物miRNA及靶基因的研究方法和研究进展 | 第26-35页 |
| ·miRNA的预测和鉴定 | 第26-27页 |
| ·miRNA的表达分析 | 第27-28页 |
| ·miRNA靶基因的预测 | 第28-29页 |
| ·miRNA靶基因的鉴定 | 第29-31页 |
| ·miRNA的功能研究 | 第31-35页 |
| ·植物miRNA在种子发育中的调控作用 | 第35-38页 |
| ·植物中siRNA的产生和作用机制 | 第38-41页 |
| ·nat-siRNA的产生和作用机制 | 第38页 |
| ·ra-siRNA的产生和作用机制 | 第38-40页 |
| ·ta-siRNA的产生和作用机制 | 第40-41页 |
| ·本论文的立题依据和研究意义 | 第41-42页 |
| 第二章 材料与方法 | 第42-64页 |
| ·实验材料 | 第42-47页 |
| ·植物材料 | 第42页 |
| ·宿主菌 | 第42页 |
| ·载体 | 第42页 |
| ·溶液和试剂 | 第42-45页 |
| ·引物 | 第45-47页 |
| ·主要仪器设备 | 第47页 |
| ·实验方法 | 第47-64页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的制备和转化 | 第47-48页 |
| ·琼脂糖凝胶中DNA片段的回收纯化 | 第48页 |
| ·质粒载体中的DNA克隆 | 第48-49页 |
| ·重组质粒的鉴定 | 第49页 |
| ·QIAGEN-tip100大量提取质粒DNA | 第49页 |
| ·Cracking检测 | 第49页 |
| ·SDS法少量提取植物组织基因组DNA | 第49-50页 |
| ·基因组DNA的PCR扩增 | 第50页 |
| ·TRIzol法提取植物组织总RNA | 第50-51页 |
| ·DNase I处理RNA | 第51页 |
| ·RT-PCR | 第51-52页 |
| ·定量反转录PCR | 第52页 |
| ·幼胚的剥离和愈伤组织的诱导 | 第52-53页 |
| ·基因枪法转化玉米愈伤 | 第53-54页 |
| ·玉米原生质体的制备和转化 | 第54-55页 |
| ·小RNA文库的构建和测序 | 第55-56页 |
| ·小RNA测序的数据分析 | 第56-58页 |
| ·降解组文库的构建和测序 | 第58页 |
| ·降解组测序的数据分析 | 第58-60页 |
| ·5’RACE实验 | 第60-64页 |
| 第三章 玉米miRNA的鉴定及其组织特异性表达 | 第64-78页 |
| ·玉米不同组织中小RNA的表达特征 | 第64-66页 |
| ·玉米miRNA的组织特异性表达 | 第66-70页 |
| ·玉米已知miRNA的保守性分析 | 第70-71页 |
| ·玉米新miRNA的预测和鉴定 | 第71-75页 |
| ·玉米新mirtron miRNA的鉴定 | 第75页 |
| ·讨论 | 第75-78页 |
| ·玉米中小RNA组的组成复杂 | 第75-77页 |
| ·玉米种子中miRNA的总体表达水平较低 | 第77-78页 |
| 第四章 玉米miRNA靶基因的鉴定 | 第78-94页 |
| ·降解组测序鉴定的玉米miRNA的靶基因 | 第78-84页 |
| ·已知miRNA的靶基因 | 第78-80页 |
| ·新miRNA的靶基因 | 第80-82页 |
| ·降解组测序标签在基因组中的分布 | 第82-84页 |
| ·5’RACE鉴定miRNA靶基因 | 第84-86页 |
| ·玉米miRNA靶基因的功能分析 | 第86页 |
| ·讨论 | 第86-94页 |
| ·miRNA与靶基因的表达水平没有确定的关系 | 第86-89页 |
| ·miRNA调控靶基因的其他机制 | 第89-90页 |
| ·降解组测序能够鉴定miRNA前体 | 第90页 |
| ·miRNA靶基因鉴定方法的比较 | 第90-92页 |
| ·miRNA调控种子发育过程中的重要转录因子 | 第92-94页 |
| 第五章 玉米miR02功能的初步研究 | 第94-104页 |
| ·miR02的组织特异性表达 | 第94-95页 |
| ·降解组测序鉴定的miR02的靶基因 | 第95-96页 |
| ·miR02干扰载体的构建 | 第96-97页 |
| ·玉米愈伤的遗传转化 | 第97-99页 |
| ·T0代转基因植株的鉴定 | 第99页 |
| ·T1代和T2代转基因植株的鉴定 | 第99-101页 |
| ·T2代阳性植株中miR02及其预测靶基因的表达水平分析 | 第101页 |
| ·玉米原生质体中超表达miR02 | 第101-103页 |
| ·讨论 | 第103-104页 |
| 第六章 重复序列相关siRNA在玉米种子发育过程中的作用 | 第104-109页 |
| ·siRNA在基因组中的分布 | 第104-105页 |
| ·siRNA在转座子超家族中的分布 | 第105-106页 |
| ·24nt siRNA在玉米胚中显著富集 | 第106-108页 |
| ·讨论 | 第108-109页 |
| 第七章 结论 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-120页 |
| 附录A 青稞植株再生体系的建立 | 第120-126页 |
| A.1 材料与方法 | 第120-122页 |
| A.1.1 试验材料 | 第120页 |
| A.1.2 培养过程 | 第120-122页 |
| A.2 结果与分析 | 第122-124页 |
| A.2.1 激素浓度对不同基因型成熟胚的愈伤组织诱导率的影响 | 第122页 |
| A.2.2 激素浓度对不定芽诱导率的影响 | 第122页 |
| A.2.3 生根培养及幼苗移栽 | 第122-124页 |
| A.3 讨论 | 第124-125页 |
| A.4 参考文献 | 第125-126页 |
| 附录B 大豆GmPAP3在玉米中的遗传转化 | 第126-134页 |
| B.1 文献综述 | 第126-127页 |
| B.2 材料与方法 | 第127-129页 |
| B.2.1 实验材料 | 第127页 |
| B.2.2 实验方法 | 第127-129页 |
| B.3 结果与分析 | 第129-132页 |
| B.3.1 超表达载体的构建 | 第129页 |
| B.3.2 玉米幼胚的遗传转化 | 第129-131页 |
| B.3.3 T0代转基因植株的鉴定 | 第131-132页 |
| B.3.4 后续工作 | 第132页 |
| B.4 参考文献 | 第132-134页 |
| 附录C 附表 | 第134-149页 |
| 附录D 自编程序 | 第149-175页 |
| D.1 duplex_finder.pl | 第149-155页 |
| D.2 deg_target.pl | 第155-175页 |
| 致谢 | 第175-176页 |
| 个人简介 | 第176页 |
