源四倍体鲫鲤BAC文库的构建及其功能基因的遗传变异分析
| 中文摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-20页 |
| 第一章 综述 | 第20-44页 |
| ·异源四倍体鲫鲤的产生及其生物学特性 | 第20-22页 |
| ·异源四倍体鲫鲤的产生 | 第20页 |
| ·异源四倍体鲫鲤的生物学特性 | 第20-22页 |
| ·水产生物BAC文库的研究进展 | 第22-25页 |
| ·BAC文库的构建方法 | 第25-28页 |
| ·高分子量DNA(HMW)的制备 | 第25页 |
| ·HMW DNA的部分酶切和片段选择 | 第25-26页 |
| ·大片段DNA的回收 | 第26页 |
| ·连接和电转化 | 第26-27页 |
| ·阳性克隆的挑选 | 第27页 |
| ·鉴定 | 第27-28页 |
| ·BAC文库在基因组研究中的应用 | 第28-31页 |
| ·基因和QTL的定位或图位克隆 | 第28-29页 |
| ·物理图谱构建 | 第29页 |
| ·BAC-FISH | 第29-30页 |
| ·比较基因组学研究 | 第30页 |
| ·转基因研究 | 第30-31页 |
| ·内含子进化的研究进展 | 第31-36页 |
| ·内含子起源的理论模型 | 第31页 |
| ·真核生物中内含子丢失和获得的研究现状 | 第31-32页 |
| ·与内含子丢失和获得相关的因素 | 第32-35页 |
| ·内含子丢失和获得的机制 | 第35-36页 |
| ·古代内含子进化的历史 | 第36页 |
| ·生物信息学在基因组学中的应用及展望 | 第36-42页 |
| ·庞大的生物信息数据 | 第36-37页 |
| ·生物信息学的概念 | 第37-38页 |
| ·生物信息学在功能基因组学方面的研究 | 第38-42页 |
| ·本课题研究背景 | 第42-44页 |
| 第二章 异源四倍体鲫鲤BAC文库的构建 | 第44-64页 |
| ·实验材料 | 第44-48页 |
| ·材料 | 第44页 |
| ·主要药品、试剂和酶 | 第44-47页 |
| ·主要仪器设备 | 第47-48页 |
| ·实验方法 | 第48-54页 |
| ·高分子量(HMW)DNA的制备 | 第48-49页 |
| ·预酶切 | 第49-50页 |
| ·异源四倍体鲫鲤大片段DNA的酶切 | 第50页 |
| ·电洗脱 | 第50-51页 |
| ·连接 | 第51-52页 |
| ·点透析 | 第52页 |
| ·电转化 | 第52页 |
| ·BAC文库插入片段大小的检测 | 第52-53页 |
| ·BAC克隆的大量挑取 | 第53-54页 |
| ·实验结果 | 第54-60页 |
| ·异源四倍体鲫鲤高分子量DNA制备 | 第54-55页 |
| ·预酶切 | 第55-56页 |
| ·不完全酶切及电洗脱DNA回收 | 第56-58页 |
| ·连接转化 | 第58-59页 |
| ·异源四倍体鲫鲤BAC文库的基本特征 | 第59-60页 |
| ·讨论 | 第60-64页 |
| ·异源四倍体鲫鲤BAC文库构建的基本概况 | 第60-61页 |
| ·高分子量HMW DNA的制备 | 第61页 |
| ·大片段DNA的分离及连接转化 | 第61-63页 |
| ·异源四倍体鲫鲤BAC文库的应用前景 | 第63-64页 |
| 第三章 BAC克隆全长的测序及分析 | 第64-83页 |
| ·实验材料 | 第64页 |
| ·实验方法 | 第64-68页 |
| ·BAC克隆的测序和拼接 | 第64页 |
| ·ABI 3730xl的测序流程 | 第64-65页 |
| ·载体序列的去除 | 第65-66页 |
| ·基因组结构和特征的评估 | 第66-67页 |
| ·内含子分析 | 第67-68页 |
| ·实验结果 | 第68-77页 |
| ·BAC文库的评估 | 第68-69页 |
| ·异源四倍体鲫鲤重复序列的评估 | 第69-70页 |
| ·编码基因的确定以及功能注释 | 第70-72页 |
| ·内含子进化分析 | 第72-75页 |
| ·内含子长度和密度分析 | 第75-77页 |
| ·讨论 | 第77-83页 |
| ·异源四倍体鲫鲤BAC文库概述 | 第77-78页 |
| ·预测基因的特征 | 第78-79页 |
| ·内含子的进化 | 第79-80页 |
| ·内含子的长度以及密度 | 第80-83页 |
| 第四章 异源四倍体鲫鲤与亲本同源基因的比较分析 | 第83-113页 |
| ·实验材料 | 第83页 |
| ·实验方法 | 第83-93页 |
| ·RNA的提取 | 第83-84页 |
| ·基因区间片段的扩增 | 第84-87页 |
| ·基因外显子的区分 | 第87页 |
| ·血液DNA提取 | 第87-88页 |
| ·同源基因DNA序列的扩增 | 第88-92页 |
| ·系统进化树的构建 | 第92页 |
| ·异源四倍体鲫鲤、红鲫和鲤鱼DNA序列的比较分析 | 第92-93页 |
| ·实验结果 | 第93-108页 |
| ·RNA的提取 | 第93-94页 |
| ·DNA的提取 | 第94-95页 |
| ·异源四倍体鲫鲤与亲本同源基因的扩增 | 第95-97页 |
| ·异源四倍体及鲫鲤与亲本同源基因的比较分析 | 第97-108页 |
| ·讨论 | 第108-113页 |
| ·遗传继承型 | 第109-110页 |
| ·遗传变异型 | 第110-113页 |
| 第五章 总结 | 第113-117页 |
| 参考文献 | 第117-127页 |
| 攻读博士期间已发表和待发表的学术论文 | 第127-128页 |
| 附录 | 第128-141页 |
| 致谢 | 第141-143页 |
