| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩略语表 | 第12-13页 |
| 一、前言 | 第13-19页 |
| (一) 背景 | 第13-14页 |
| (二) 国内外研究现状 | 第14-16页 |
| 1、组学数据注释 | 第14-15页 |
| 2、工作流应用 | 第15-16页 |
| (三) 本文的研究思路与主要工作 | 第16-19页 |
| 1、研究思路 | 第16页 |
| 2、主要工作及创新点 | 第16-18页 |
| 3、文章的结构 | 第18-19页 |
| 二、关键技术综述 | 第19-28页 |
| (一) 生物信息学数据库 | 第19-20页 |
| 1. Gene Ontology | 第19-20页 |
| （二） 软件集成 | 第20-21页 |
| 1、软件复用与集成型生物信息学分析平台 | 第20-21页 |
| （三） Web 服务 | 第21-23页 |
| 1、 Web 服务框架 | 第21-22页 |
| 2、 Web 服务的生物信息学应用 | 第22-23页 |
| （四） 工作流 | 第23-27页 |
| 1、生物信息学工作流 | 第23-24页 |
| 2、生物信息学工作流管理系统框架 | 第24-27页 |
| （五） 本章小结 | 第27-28页 |
| 三、系统分析与设计 | 第28-38页 |
| （一） 系统分析 | 第28-29页 |
| 1、总体方案 | 第28-29页 |
| 2、需求与功能分析 | 第29页 |
| （二） 功能模块设计 | 第29-31页 |
| 1、本地管理 | 第30-31页 |
| 2、Web 服务管理 | 第31页 |
| 3、工作流管理 | 第31页 |
| （三） 系统开发设计 | 第31-33页 |
| 1、系统架构 | 第31-33页 |
| 2、软件开发技术 | 第33页 |
| （四） 本地GO 注释数据库的设计与实现 | 第33-37页 |
| 1、注释概念模型 | 第33-34页 |
| 2、注释数据视图 | 第34-35页 |
| 3、用户查询事务 | 第35页 |
| 4、kegg2go 数据表 | 第35-37页 |
| 5、数据更新策略 | 第37页 |
| （五） 总结 | 第37-38页 |
| 四、生物信息学Web 服务资源管理智能客户端的设计与实现 | 第38-50页 |
| （一） 现状分析与设计思路 | 第38-39页 |
| （二） 系统方法 | 第39-40页 |
| 1、WSDL 复杂数据类型的解析 | 第39-40页 |
| 2、SOAP 报文模板的动态组装 | 第40页 |
| （三） 实现与功能测试 | 第40-49页 |
| 1、实现关键代码 | 第42-44页 |
| 2、服务检索 | 第44-46页 |
| 3、服务执行与输出可视化 | 第46页 |
| 4、功能测试与讨论 | 第46-49页 |
| （四） 总结 | 第49-50页 |
| 五、面向生物信息学计算的轻量型工作流引擎的设计与实现 | 第50-64页 |
| （一） 现状分析与设计思路 | 第50-51页 |
| （二） 工作流模型 | 第51-53页 |
| 1、过程模型 | 第51-52页 |
| 2、数据模型 | 第52-53页 |
| 3、执行与流转算法 | 第53页 |
| （三） 流程设计器 | 第53-55页 |
| 1、流程图的文件定义 | 第54-55页 |
| （四） 实现 | 第55-62页 |
| 1、工作流数据库存储结构 | 第55-56页 |
| 2、引擎核心实现 | 第56-62页 |
| （五） 总结 | 第62-64页 |
| 六、系统集成实现与测试应用 | 第64-75页 |
| （一） 软件开发环境的搭建 | 第64-65页 |
| 1、开发环境搭建的流程 | 第65页 |
| 2、软件实现的架构 | 第65页 |
| （二） 系统模块实现与功能测试 | 第65-70页 |
| 1、序列分析 | 第66-68页 |
| 2、蛋白质结构比对 | 第68页 |
| 3、基因集的GO 注释 | 第68-70页 |
| （三） 系统集成测试与案例应用分析 | 第70-74页 |
| 1、GO 注释工作流 | 第70-74页 |
| （1） 准备数据 | 第70-71页 |
| （2） 定义任务与数据元素 | 第71页 |
| （3） 组装工作流 | 第71-72页 |
| （4） 配置工作流 | 第72-74页 |
| （5） 结果分析 | 第74页 |
| （四） 总结与讨论 | 第74-75页 |
| 七、总结与展望 | 第75-77页 |
| （一） 总结与讨论 | 第75-76页 |
| （二） 工作展望 | 第76-77页 |
| 1、功能的扩展 | 第76页 |
| 2、计算性能的扩展 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-82页 |
| 在读期间发表的论文 | 第82-83页 |
| 致谢 | 第83页 |