| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-21页 |
| 1 研究背景 | 第11-12页 |
| 2 6个地方猪品种简介 | 第12-14页 |
| 2.1 香猪 | 第12页 |
| 2.2 柯乐猪 | 第12-13页 |
| 2.3 江口萝卜猪 | 第13页 |
| 2.4 糯谷猪 | 第13-14页 |
| 2.5 黔北黑猪 | 第14页 |
| 2.6 荣昌猪 | 第14页 |
| 3 结构变异 | 第14-19页 |
| 3.1 结构变异的形成机制 | 第15-16页 |
| 3.2 基于二代测序技术的结构变异检测方法 | 第16-18页 |
| 3.3 结构变异的研究与应用 | 第18-19页 |
| 4 研究目的及意义 | 第19-21页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第21-36页 |
| 1 实验材料与试剂仪器 | 第21-24页 |
| 1.1 实验材料 | 第21页 |
| 1.2 实验试剂 | 第21-22页 |
| 1.3 试剂配制 | 第22-23页 |
| 1.4 实验仪器 | 第23-24页 |
| 2 实验方法 | 第24-36页 |
| 2.1 不同猪品种组织/血液基因组的提取 | 第24-25页 |
| 2.2 琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA | 第25-26页 |
| 2.3 Illumina Hiseq 2000全基因组重测序及数据分析 | 第26-27页 |
| 2.4 PCR引物设计与合成 | 第27-28页 |
| 2.5 PCR反应体系及程序 | 第28页 |
| 2.6 目的片段的扩增及回收纯化 | 第28-29页 |
| 2.7 目的DNA片段连接T载体 | 第29页 |
| 2.8 大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第29-30页 |
| 2.9 重组质粒转化感受态细胞 | 第30页 |
| 2.10 菌落PCR筛选阳性克隆菌落 | 第30-31页 |
| 2.11 阳性克隆细菌质粒提取及测序 | 第31-32页 |
| 2.12 PCR检测结构变异位点在不同猪品种群体中的基因型分布 | 第32页 |
| 2.13 结构变异区的生物信息学分析 | 第32-33页 |
| 2.14 香猪杂合基因型睾丸和子宫组织RNA的提取与检测 | 第33页 |
| 2.15 香猪DN杂合型个体中等位基因差异表达分析 | 第33-36页 |
| 第三章 结果与分析 | 第36-85页 |
| 1 香猪产仔数统计结果 | 第36页 |
| 2 提取基因组DNA | 第36页 |
| 3 结构变异序列测序 | 第36-43页 |
| 4 不同猪群结构变异的基因型及其与香猪产仔数的关联分析 | 第43-67页 |
| 4.1 位点IBSP-I4-sv227 | 第43-46页 |
| 4.2 位点NBEA-I_(32)-sv366 | 第46-49页 |
| 4.3 位点MCU-I_1-sv433 | 第49-52页 |
| 4.4 位点MELK-I_(14)-sv252 | 第52-55页 |
| 4.5 位点MSH4-I_6-sv313 | 第55-58页 |
| 4.6 位点MMP15-I_5-sv155 | 第58-61页 |
| 4.7 位点PICK1-I_4-sv106 | 第61-63页 |
| 4.8 位点BMP6-I_1-sv294 | 第63-67页 |
| 5 结构变异区的生物信息学分析 | 第67-74页 |
| 5.1 结构变异区的QTL分析结果 | 第67-72页 |
| 5.2 结构变异区的功能元件分析结果 | 第72-74页 |
| 6 香猪ID杂合型个体中等位基因差异表达分析 | 第74-85页 |
| 6.1 位点NBEA-I_(32)-sv366 | 第75-78页 |
| 6.2 位点MCU-I_1-sv433 | 第78-80页 |
| 6.3 位点MSH4-I_6-sv313 | 第80-83页 |
| 6.4 位点BMP6-I_1-sv294 | 第83-85页 |
| 第四章 讨论 | 第85-92页 |
| 1 位点IBSP-I_4-sv227 | 第85-86页 |
| 2 位点NBEA-I_(32)-sv366 | 第86-87页 |
| 3 位点MCU-I_1-sv433 | 第87-88页 |
| 4 位点MELK-I_(14)-sv252 | 第88页 |
| 5 位点MSH4-I_6-sv313 | 第88-89页 |
| 6 位点MMP15-I_5-sv155 | 第89页 |
| 7 位点PICK1-I_4-sv106 | 第89-90页 |
| 8 位点BMP6-I_1-sv294 | 第90-92页 |
| 第五章 结论 | 第92-93页 |
| 参考文献 | 第93-98页 |
| 致谢 | 第98-99页 |
| 附录 | 第99-109页 |
| 论文资助 | 第109页 |
| 在校期间已发表的文章及专利 | 第109页 |
| 在校期间获得奖励 | 第109-110页 |
