| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-12页 |
| 第一部分 前言 | 第12-30页 |
| 1. 线粒体的基本概况 | 第12-15页 |
| ·线粒体的形态与分布 | 第12页 |
| ·线粒体的超微结构 | 第12-14页 |
| ·线粒体的起源 | 第14页 |
| ·线粒体的半自主性 | 第14页 |
| ·线粒体的增殖 | 第14-15页 |
| 2. 线粒体基因组的研究进展 | 第15-26页 |
| ·线粒体基因组的结构特征 | 第15-16页 |
| ·线粒体基因组的基本特征 | 第15页 |
| ·线粒体基因组的组成 | 第15页 |
| ·线粒体基因组的碱基组成 | 第15-16页 |
| ·线粒体基因组的基因排序 | 第16页 |
| ·线粒体基因组的遗传学特征 | 第16-18页 |
| ·线粒体基因组的遗传密码和编码机制 | 第16-17页 |
| ·线粒体基因组的遗传特征 | 第17-18页 |
| ·线粒体基因组的异质性 | 第18页 |
| ·动物线粒体基因组各组分的特征 | 第18-21页 |
| ·蛋白质编码基因(protein-coding genes) | 第18-20页 |
| ·tRNA基因(tRNA genes) | 第20页 |
| ·rRNA基因(rRNA genes) | 第20-21页 |
| ·控制区(control region) | 第21页 |
| ·线粒体基因组的研究方法 | 第21-22页 |
| ·线粒体基因组DNA的分离 | 第21-22页 |
| ·线粒体基因组测序策略 | 第22页 |
| ·线粒体基因组学研究现状 | 第22-26页 |
| ·线粒体基因组学的研究意义 | 第26页 |
| 3. 直翅目昆虫分类简介 | 第26-29页 |
| ·直翅目简介 | 第26-27页 |
| ·直翅目的化石资料 | 第27页 |
| ·直翅目的分类地位 | 第27-28页 |
| ·研究对象白纹佛蝗和暗褐蝈螽简介 | 第28-29页 |
| 4. 本研究的目的和意义 | 第29-30页 |
| 第二部分 实验材料与方法 | 第30-46页 |
| 1 实验材料 | 第30-33页 |
| ·标本的采集、保存与鉴定 | 第30页 |
| ·实验仪器和试剂 | 第30-33页 |
| ·主要实验仪器 | 第30-31页 |
| ·实验试剂 | 第31-33页 |
| ·生物信息学软件 | 第33页 |
| 2 实验方法 | 第33-42页 |
| ·总DNA提取及检测 | 第33-35页 |
| ·提取过程所用的试剂 | 第33页 |
| ·总DNA提取的步骤 | 第33-34页 |
| ·总DNA的检测 | 第34-35页 |
| ·长PCR及二次PCR引物的设计 | 第35-37页 |
| ·长PCR扩增及产物的纯化 | 第37-38页 |
| ·长PCR扩增 | 第37-38页 |
| ·长PCR产物的检测及纯化 | 第38页 |
| ·二次PCR扩增及产物的纯化 | 第38-41页 |
| ·二次PCR扩增 | 第38-39页 |
| ·二次PCR产物的检测及纯化 | 第39-41页 |
| ·序列测定 | 第41-42页 |
| ·二次PCR扩增产物直接测序 | 第41页 |
| ·克隆测序 | 第41-42页 |
| 3 数据处理和分析 | 第42-46页 |
| ·测序数据的处理和初步分析 | 第42页 |
| ·序列的拼接与注释 | 第42页 |
| ·测序结果的拼接 | 第42页 |
| ·线粒体基因组序列的注释与基因定位 | 第42页 |
| ·系统发育分析 | 第42-46页 |
| ·序列数据来源 | 第42-43页 |
| ·序列比对 | 第43-44页 |
| ·序列组成分析 | 第44页 |
| ·数据组系统发育信号检验 | 第44页 |
| ·构建系统发育树的方法 | 第44-46页 |
| 第三部分 实验结果 | 第46-75页 |
| 1. 实验结果 | 第46-49页 |
| ·总DNA的提取 | 第46页 |
| ·长PCR的扩增和纯化 | 第46-48页 |
| ·二次PCR的扩增和纯化 | 第48页 |
| ·二次PCR产物直接测序或克隆测序 | 第48-49页 |
| 2. 序列拼接 | 第49-50页 |
| 3. 白纹佛蝗线粒体基因组的注释 | 第50-59页 |
| ·线粒体基因组的基本情况 | 第50-54页 |
| ·线粒体基因组结构 | 第50-53页 |
| ·线粒体基因间的间隔和重叠 | 第53页 |
| ·碱基组成特点 | 第53-54页 |
| ·蛋白质基因组成及密码子的偏向性 | 第54-55页 |
| ·蛋白质起始和终止密码子的使用 | 第54页 |
| ·蛋白质密码子使用情况 | 第54-55页 |
| ·转运RNA(tRNA)基因 | 第55-57页 |
| ·rRNA基因 | 第57-58页 |
| ·AT丰富区(D-loop) | 第58-59页 |
| 4. 暗褐蝈螽线粒体基因组的注释 | 第59-66页 |
| ·线粒体基因组的基本情况 | 第59-62页 |
| ·线粒体基因组结构 | 第59-61页 |
| ·线粒体基因间的间隔和重叠 | 第61页 |
| ·碱基组成特点 | 第61-62页 |
| ·蛋白质基因组成及密码子的偏向性 | 第62-63页 |
| ·蛋白质起始和终止密码子的使用 | 第62页 |
| ·蛋白质密码子使用情况 | 第62-63页 |
| ·转运RNA(tRNA)基因 | 第63-65页 |
| ·核糖RNA(rRNA)基因 | 第65-66页 |
| ·AT丰富区(D-loop) | 第66页 |
| 5. 系统发育关系结果 | 第66-75页 |
| ·数据集的组成特性 | 第66-67页 |
| ·数据集系统发育信号检验结果 | 第67-70页 |
| ·碱基替换饱和性检验结果 | 第67-69页 |
| ·PTP检验结果 | 第69页 |
| ·g1检验 | 第69-70页 |
| ·构建系统发育树 | 第70-74页 |
| ·简约法建树 | 第70-71页 |
| ·极似然法建树 | 第71页 |
| ·贝叶斯法建树 | 第71页 |
| ·蛋白质数据集的简约法和贝叶斯法建树 | 第71-74页 |
| ·系统发育重建结果 | 第74-75页 |
| 第四部分 讨论 | 第75-90页 |
| 1. 六种线粒体基因组的结构组成和基因顺序比较 | 第75-76页 |
| 2. 六种线粒体基因组的基因间隔和重叠区比较 | 第76-77页 |
| 3. 六物种蛋白编码基因起始密码子和终止密码子的比较 | 第77-78页 |
| 4. 两物种蛋白质编码基因的链间偏向性比较 | 第78-79页 |
| 5. 六物种tRNA基因的二级结构比较 | 第79-80页 |
| 6. 五物种rRNA二级结构比较 | 第80-84页 |
| 7. 六种直翅目昆虫AT富含区域的比较 | 第84-85页 |
| 8. 系统发育分析 | 第85-90页 |
| 第五部分 结论 | 第90-92页 |
| 参考文献 | 第92-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 攻读学位期间的研究成果 | 第101页 |