| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 1 前言 | 第12-22页 |
| 1.1 火龙果的研究现状 | 第12-15页 |
| 1.1.1 火龙果概况 | 第12页 |
| 1.1.2 火龙果繁育及种质资源研究进展 | 第12-13页 |
| 1.1.3 火龙果营养及功能性物质提取纯化的研究进展 | 第13-14页 |
| 1.1.4 火龙果生理生化特性研究进展 | 第14-15页 |
| 1.2 植物淹水胁迫的研究进展 | 第15-18页 |
| 1.2.1 植物淹水胁迫下的形态学研究 | 第15-16页 |
| 1.2.2 植物淹水胁迫的生理学机制研究 | 第16-17页 |
| 1.2.3 植物淹水胁迫的组学研究进展 | 第17-18页 |
| 1.3 转录组学研究进展 | 第18-20页 |
| 1.3.1 转录组学概论 | 第18页 |
| 1.3.2 转录组学技术在植物逆境研究中的应用 | 第18-19页 |
| 1.3.3 生物信息学分析方法概述 | 第19-20页 |
| 1.4 荧光定量技术 | 第20页 |
| 1.5 本研究的目的、意义与技术路线 | 第20-22页 |
| 1.5.1 本研究的目的及意义 | 第20-21页 |
| 1.5.2 本研究的技术路线 | 第21-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-37页 |
| 2.1 实验材料 | 第22页 |
| 2.2 实验仪器与试剂 | 第22-23页 |
| 2.2.1 主要仪器设备 | 第22页 |
| 2.2.2 主要试剂 | 第22-23页 |
| 2.2.3 分子克隆与试剂盒 | 第23页 |
| 2.3 火龙果淹水胁迫相关指标测定 | 第23-27页 |
| 2.3.1 形态特征测定 | 第24页 |
| 2.3.2 超氧化物歧化酶(SOD)活性测定 | 第24-25页 |
| 2.3.3 过氧化物酶(POD)活性测定 | 第25页 |
| 2.3.4 可溶性糖含量测定 | 第25-26页 |
| 2.3.5 可溶性蛋白含量测定 | 第26页 |
| 2.3.6 叶绿素含量测定 | 第26页 |
| 2.3.7 脯氨酸(Pro)含量测定 | 第26-27页 |
| 2.3.8 根系活力测定 | 第27页 |
| 2.4 淹水胁迫火龙果的转录组测序和生物信息分析 | 第27-32页 |
| 2.4.1 淹水胁迫火龙果的转录组测序流程 | 第27-29页 |
| 2.4.2 转录组测序数据过滤 | 第29页 |
| 2.4.3 De novo组装 | 第29-31页 |
| 2.4.4 Unigene功能注释 | 第31页 |
| 2.4.5 Unigene的深入研究 | 第31-32页 |
| 2.4.6 差异表达基因的深入研究 | 第32页 |
| 2.5 火龙果根系总RNA提取与检测 | 第32-33页 |
| 2.5.1 火龙果根系总RNA提取步骤 | 第32-33页 |
| 2.5.2 火龙果根系总RNA质量检测 | 第33页 |
| 2.6 实时荧光定量PCR | 第33-36页 |
| 2.6.1 qPCR引物设计 | 第33-34页 |
| 2.6.2 cDNA第一链合成 | 第34-35页 |
| 2.6.3 qRT-PCR检测基因表达量 | 第35-36页 |
| 2.7 差异表达基因的生物信息学分析 | 第36-37页 |
| 2.7.1 差异表达基因开放阅读框ORF的确定 | 第36页 |
| 2.7.2 差异表达基因的生物信息学预测分析 | 第36-37页 |
| 3 结果与分析 | 第37-75页 |
| 3.1 淹水胁迫火龙果形态和生理指标分析 | 第37-46页 |
| 3.1.1 形态学比较分析 | 第37-40页 |
| 3.1.2 生理指标比较分析 | 第40-46页 |
| 3.2 淹水胁迫火龙果转录组测序结果及分析 | 第46-61页 |
| 3.2.1 组装质量分析 | 第46-47页 |
| 3.2.2 De novo组装结果分析 | 第47-48页 |
| 3.2.3 Unigene的功能注释 | 第48-52页 |
| 3.2.4 Unigene的深入研究 | 第52-54页 |
| 3.2.5 差异表达基因(DEG)的检测及分析 | 第54-61页 |
| 3.3 火龙果淹水胁迫相关基因的筛选及表达分析 | 第61-66页 |
| 3.3.1 火龙果根系总RNA提取及检测 | 第61页 |
| 3.3.2 火龙果淹水胁迫相关基因的筛选 | 第61-63页 |
| 3.3.3 火龙果淹水胁迫相关基因的qRT-PCR验证 | 第63-66页 |
| 3.4 火龙果淹水胁迫相关基因的生物信息学分析 | 第66-75页 |
| 3.4.1 Unigene15627_All的生物信息学分析 | 第66-70页 |
| 3.4.2 CL2218.Contig1_All的生物信息学分析 | 第70-75页 |
| 4 讨论 | 第75-81页 |
| 4.1 火龙果淹水胁迫下的形态适应机制 | 第75页 |
| 4.2 火龙果淹水胁迫下的生理变化 | 第75-76页 |
| 4.3 RNA-Seq数据的可靠性探讨 | 第76-77页 |
| 4.4 淹水胁迫相关代谢通路探究 | 第77-78页 |
| 4.5 筛选差异表达基因的思路探究 | 第78-80页 |
| 4.6 火龙果总RNA提取方法的优化 | 第80页 |
| 4.7 火龙果淹水胁迫研究的现实意义 | 第80-81页 |
| 5 结论 | 第81-83页 |
| 参考文献 | 第83-91页 |
| 附录 | 第91-121页 |
| 致谢 | 第121页 |
