| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 前言 | 第13-18页 |
| 0.1 本论文的研究背景 | 第13-16页 |
| 0.1.1 微生物安全和病原微生物侦检 | 第13页 |
| 0.1.2 测序技术及其在病原侦检中的作用 | 第13-15页 |
| 0.1.3 现在的软件和分析工具 | 第15-16页 |
| 0.2 本论文的研究目的 | 第16-17页 |
| 0.3 本论文的组织结构 | 第17页 |
| 0.4 本论文的结果 | 第17-18页 |
| 第一章 软件系统的开发 | 第18-33页 |
| 1.1 软件开发框架 | 第18-20页 |
| 1.1.1 总技术目的和指标 | 第18页 |
| 1.1.2 开发框架图 | 第18-19页 |
| 1.1.3 基本开发环境 | 第19-20页 |
| 1.2 宿主数据库的获取和病毒数据库的优化 | 第20-27页 |
| 1.2.1 宿主数据库 | 第20-21页 |
| 1.2.2 病毒数据库 | 第21-22页 |
| 1.2.3 精简病毒数据库 | 第22-27页 |
| 1.3 病毒分析流程 | 第27-29页 |
| 1.3.1 病毒分析流程的设计 | 第27-28页 |
| 1.3.2 查询序列的快速比对 | 第28-29页 |
| 1.3.3 拼接和拼接序列的比对 | 第29页 |
| 1.4 可视化界面 | 第29-33页 |
| 1.4.1 测序文件上传界面 | 第30页 |
| 1.4.2 一键式病毒分析界面 | 第30-31页 |
| 1.4.3 可判定病毒类型的结果界面 | 第31-32页 |
| 1.4.4 数据库快速预索引界面 | 第32-33页 |
| 第二章 软件系统的部署、测试和优化 | 第33-44页 |
| 2.1 在可移动计算平台上的部署 | 第33-35页 |
| 2.1.1 可移动计算平台介绍 | 第33-34页 |
| 2.1.2 部署方案 | 第34-35页 |
| 2.2 关键参数的优化 | 第35-36页 |
| 2.2.1 确定最优线程数 | 第35-36页 |
| 2.3 对精简病毒数据库效率和准确性的论证 | 第36-44页 |
| 2.3.1 论证精简病毒数据库的效率 | 第36-38页 |
| 2.3.2 论证精简病毒数据库的准确性 | 第38-44页 |
| 第三章 真实数据的应用举例 | 第44-50页 |
| 3.1 腺病毒感染临床样本的分析结果 | 第44-46页 |
| 3.1.1 数据集介绍 | 第44页 |
| 3.1.2 结果 | 第44-46页 |
| 3.2 在疫情现场被埃博拉病毒感染临床样本的分析结果 | 第46-50页 |
| 3.2.1 数据集介绍 | 第46-47页 |
| 3.2.2 结果 | 第47-50页 |
| 结论与展望 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-53页 |
| 附录A 病毒数据库各毒种分布 | 第53-58页 |
| 附录B 含埃博拉的样本快速比对结果 | 第58-60页 |
| 附录C 含腺病毒的样本快速比对结果 | 第60-62页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第62-63页 |
| 主要简历 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64页 |