| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一部分 肺炎链球菌肽聚糖水解酶LytB的结构和功能研究 | 第11-59页 |
| 第一章 LytB研究背景 | 第11-21页 |
| 1.1 引言 | 第11-15页 |
| 1.1.1 肺炎链球菌简介及研究背景概述 | 第11-13页 |
| 1.1.2 肽聚糖在细菌中的功能及合成 | 第13-15页 |
| 1.2 肽聚糖的再利用 | 第15-17页 |
| 1.2.1 肽聚糖的回收再利用 | 第15-16页 |
| 1.2.2 肽聚糖肽键水解酶 | 第16-17页 |
| 1.3 肽聚糖糖链水解酶 | 第17-21页 |
| 1.3.1 溶菌酶 | 第17-18页 |
| 1.3.2 裂解性转糖基酶 | 第18-19页 |
| 1.3.3 氨基葡萄糖苷酶 | 第19-21页 |
| 第二章 LytB实验材料和方法 | 第21-31页 |
| 2.1 LytB实验材料 | 第21页 |
| 2.2 LytB实验方法 | 第21-31页 |
| 2.2.1 LytB重组质粒的构建 | 第21页 |
| 2.2.2 蛋白LytB各版本的大量表达与纯化 | 第21-22页 |
| 2.2.3 蛋白LytB_(CAT)的晶体初筛与优化 | 第22页 |
| 2.2.4 LytB_(CAT)晶体衍射数据的收集与处理、结构模型的构建与修正 | 第22-23页 |
| 2.2.5 LytB_(CAT)与底物分子结合模型的模拟 | 第23页 |
| 2.2.6 肺炎链球菌肽聚糖的提取 | 第23-24页 |
| 2.2.7 肽聚糖的Remazol Brilliant Blue标记和水解活性的测定 | 第24-25页 |
| 2.2.8 lytB敲除肺炎链球菌的构建和链分散实验 | 第25-26页 |
| 2.2.9 肺炎链球菌lytB突变体的构建、回补和细胞分裂能力分析 | 第26-28页 |
| 2.2.10 肺炎链球菌lytB突变体对影响其粘附、侵染细胞能力的分析 | 第28-31页 |
| 第三章 LytB实验结果 | 第31-47页 |
| 3.1 重组蛋白LytB与LytBCAT的表达、纯化 | 第31-34页 |
| 3.1.1 重组蛋白LytB的表达、纯化与初筛 | 第31-32页 |
| 3.1.2 重组蛋白LytB的部分酶解 | 第32-33页 |
| 3.1.3 重组蛋白LytB_(CAT)的表达、纯化与初筛 | 第33-34页 |
| 3.2 LytB_(CAT)晶体的优化、衍射数据的收集、结构的解析与精修 | 第34-38页 |
| 3.2.1 LytB_(CAT)晶体的筛选与优化 | 第34-35页 |
| 3.2.2 硒代LytB_(CAT)晶体的筛选与优化 | 第35-36页 |
| 3.2.3 蛋白LytB_(CAT)晶体衍射数据收集与结构解析 | 第36-38页 |
| 3.3 LytB_(CAT)的整体结构与关键活性残基 | 第38-41页 |
| 3.3.1 LytB_(CAT)的整体结构 | 第38-39页 |
| 3.3.2 LytB_(CAT)结构比对 | 第39-41页 |
| 3.4 LytB_(CAT)与可能的底物docking模型 | 第41页 |
| 3.5 SH3b与WW模块是LytB发挥催化作用所必需的 | 第41-44页 |
| 3.6 LytB催化活性对于肺炎链球菌粘附和侵染人肺上皮细胞是必需的 | 第44-47页 |
| 第四章 LytB实验结果分析与讨论 | 第47-51页 |
| 4.1 含GH73模块细胞壁水解酶的结构功能关系 | 第47页 |
| 4.2 LytB和其同源蛋白具有类似的结构组成模式 | 第47-49页 |
| 4.3 LytB可以作为研发药物的候选靶标 | 第49-51页 |
| 小结 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-59页 |
| 第二部分 肺炎链球菌耐药相关蛋白Sp0010的结构和功能研究 | 第59-79页 |
| 第五章 Sp0010研究背景 | 第59-65页 |
| 5.1 细菌与抗生素 | 第59-61页 |
| 5.2 β-内酰胺酶与细菌耐药性 | 第61-65页 |
| 第六章 Sp0010实验方法、结果与分析 | 第65-75页 |
| 6.1 Sp0010实验方法 | 第65-66页 |
| 6.1.1 Sp0010重组质粒的构建 | 第65页 |
| 6.1.2 蛋白Sp0010各版本的大量表达与纯化 | 第65页 |
| 6.1.3 蛋白Sp0010晶体初筛与优化 | 第65页 |
| 6.1.4 蛋白Sp0010晶体数据收集与前期处理 | 第65-66页 |
| 6.1.5 蛋白Sp0010与肽聚糖的结合实验 | 第66页 |
| 6.2 Sp0010结果与分析 | 第66-75页 |
| 6.2.1 重组蛋白Sp0010的表达与纯化 | 第66-68页 |
| 6.2.2 重组蛋白Sp0010的晶体初筛与优化 | 第68-69页 |
| 6.2.3 蛋白Sp0010晶体数据收集与前期处理 | 第69-72页 |
| 6.2.4 蛋白Sp0010序列比对及截短版构建 | 第72-73页 |
| 6.2.5 蛋白Sp0010与肽聚糖的结合实验 | 第73-75页 |
| 小结 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-79页 |
| 第三部分 其他工作 | 第79-97页 |
| 第七章 结核分枝杆菌第二信使c-di-GMP合成和降解途径中重要酶的结构与功能研究 | 第79-97页 |
| 7.1 Rv1354c研究背景 | 第79-86页 |
| 7.1.1 结核分枝杆菌简介及其研究概况 | 第79-82页 |
| 7.1.2 环二鸟苷酸c-di-GMP | 第82-85页 |
| 7.1.3 结核杆菌中c-di-GMP合成和降解途径的重要酶 | 第85-86页 |
| 7.2 Rv1354c和Rv1357c实验方法 | 第86-88页 |
| 7.2.1 Rv1354c和Rv1357c重组质粒的构建 | 第86-87页 |
| 7.2.2 Rv1354c和Rv1357c重组蛋白表达及纯化 | 第87页 |
| 7.2.3 蛋白Rv1354c全长和各版本的晶体初筛与优化 | 第87页 |
| 7.2.4 蛋白Rv1354c全长酶活的初步摸索 | 第87-88页 |
| 7.2.5 蛋白Rv1354c GAF结构域的荧光光谱实验 | 第88页 |
| 7.3 蛋白Rv1354c和Rv1357c结果与分析 | 第88-93页 |
| 7.3.1 重组蛋白Rv1354c的表达与纯化 | 第88-89页 |
| 7.3.2 蛋白Rv1354c的晶体初筛与优化 | 第89-90页 |
| 7.3.3 蛋白Rv1354cGAF结构域的表达与纯化 | 第90页 |
| 7.3.4 蛋白Rv1354cGAF结构域与血红素hemin结合实验 | 第90-91页 |
| 7.3.5 蛋白Rv1354c酶活的初步摸索 | 第91-93页 |
| 小结 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-97页 |
| 附录 | 第97-107页 |
| 致谢 | 第107-109页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与参加的学术会议 | 第109-110页 |
