| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 符号说明 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-22页 |
| 1 猪流行性腹泻 | 第11-14页 |
| 1.1 猪流行性腹泻的病原及危害 | 第11-12页 |
| 1.2 国内猪流行性腹泻的历史和现状 | 第12-14页 |
| 2 肠道屏障的研究进展 | 第14-20页 |
| 2.1 机械屏障 | 第15-17页 |
| 2.2 生物屏障 | 第17-18页 |
| 2.3 免疫屏障 | 第18-19页 |
| 2.4 化学屏障 | 第19-20页 |
| 3 转录组测序的简介及其在猪中的应用 | 第20-21页 |
| 4 研究目的和意义 | 第21-22页 |
| 第二章 猪肠道屏障完整性评价体系的建立 | 第22-33页 |
| 1 材料与方法 | 第22-25页 |
| 1.1 试验动物与材料 | 第22页 |
| 1.2 主要试剂及仪器 | 第22-23页 |
| 1.2.1 主要试剂 | 第22-23页 |
| 1.2.2 主要仪器 | 第23页 |
| 1.3 猪肠道屏障受损和完整性的初步确定 | 第23页 |
| 1.3.1 PEDV经典毒株RT-PCR检测 | 第23页 |
| 1.3.2 D-乳酸和DAO的ELISA检测 | 第23页 |
| 1.4 肠道屏障受损和完整性个体的确证 | 第23-25页 |
| 1.4.1 扫描电镜和透射电镜样品制备及观察 | 第23-24页 |
| 1.4.2 石蜡切片制作和系列检测 | 第24-25页 |
| 1.5 数据处理与分析 | 第25页 |
| 2 结果与分析 | 第25-31页 |
| 2.1 猪肠道屏障受损和完整性的初步确定 | 第25-27页 |
| 2.2 肠道屏障受损和完整性个体的确证 | 第27-30页 |
| 2.2.1 扫描和透射电镜的验证结果 | 第27-28页 |
| 2.2.2 石蜡切片结合系列检测的验证结果 | 第28-30页 |
| 2.3 肠道屏障完整和受损仔猪个体的确证结果 | 第30-31页 |
| 3 讨论 | 第31-33页 |
| 第三章 仔猪肠道屏障相关调控通路、差异表达基因的筛选与验证 | 第33-57页 |
| 1 材料与方法 | 第33-40页 |
| 1.1 试验动物 | 第33页 |
| 1.2 主要实验试剂仪器及分析软件 | 第33-34页 |
| 1.2.1 主要实验试剂 | 第33页 |
| 1.2.2 主要实验仪器 | 第33-34页 |
| 1.2.3 主要分析软件 | 第34页 |
| 1.3 总RNA的提取、建立文库和上机测序 | 第34-35页 |
| 1.3.1 Total RNA样品提取及检测 | 第34-35页 |
| 1.3.2 cDNA文库建立及上机测序 | 第35页 |
| 1.4 数据统计与生物信息学分析 | 第35-37页 |
| 1.4.1 原始数据质控处理 | 第35页 |
| 1.4.2 序列比对 | 第35-36页 |
| 1.4.3 可变剪切事件分析 | 第36页 |
| 1.4.4 基因表达量分析 | 第36-37页 |
| 1.4.5 差异表达基因分析 | 第37页 |
| 1.4.6 功能富集与注释 | 第37页 |
| 1.5 仔猪空肠粘膜的实时荧光定量PCR验证 | 第37-39页 |
| 1.5.1 引物设计 | 第37-38页 |
| 1.5.2 总RNA的提取及反转录 | 第38-39页 |
| 1.5.3 荧光定量PCR分析 | 第39页 |
| 1.6 差异表达基因在PEDV感染IPEC-J2细胞后的表达变化 | 第39-40页 |
| 1.6.1 IPEC-J2细胞的复苏 | 第39页 |
| 1.6.2 细胞传代 | 第39页 |
| 1.6.3 PEDV的增殖 | 第39页 |
| 1.6.4 PEDV感染IPEC-J2细胞 | 第39-40页 |
| 1.6.5 总RNA的提取、反转录及PCR扩增 | 第40页 |
| 1.6.6 琼脂糖凝胶电泳检测 | 第40页 |
| 1.6.7 实时荧光定量PCR | 第40页 |
| 2 结果与分析 | 第40-54页 |
| 2.1 肠道屏障样本和测序数据的质量评估 | 第40-44页 |
| 2.1.1 RNA质量检测 | 第40-41页 |
| 2.1.2 测序错误率检测及原始数据的过滤 | 第41-43页 |
| 2.1.3 序列与参考基因组的比对 | 第43-44页 |
| 2.2 可变剪切分析 | 第44-45页 |
| 2.3 样品间表达相关性检查 | 第45-46页 |
| 2.4 差异表达基因分析 | 第46-48页 |
| 2.5 GO功能和pathway通路富集分析 | 第48-51页 |
| 2.6 差异表达基因的实时荧光定量RCR结果 | 第51-53页 |
| 2.7 PEDV感染IPEC-J2细胞后DEGs的表达变化 | 第53-54页 |
| 3 讨论 | 第54-57页 |
| 全文结论与创新点 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-70页 |
| 致谢 | 第70-71页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文目录 | 第71-72页 |
