| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 符号对照表 | 第12-13页 |
| 缩略语对照表 | 第13-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-33页 |
| 1.1 生物背景 | 第17-19页 |
| 1.2 顺式调控控模块识识别的问题题描述 | 第19-20页 |
| 1.3 顺式调控模块识别问题的挑战性 | 第20页 |
| 1.4 顺式调控模块的表示 | 第20-22页 |
| 1.4.1 模体表示模型 | 第20-22页 |
| 1.4.2 顺式调控模块的表示模型 | 第22页 |
| 1.5 识别结果的评价指标 | 第22-24页 |
| 1.6 识别算法的研究现状 | 第24-31页 |
| 1.7 论文的主要工作 | 第31-33页 |
| 第二章 隐马尔科夫模型及其扩展 | 第33-53页 |
| 2.1 概率基础和模型 | 第33-35页 |
| 2.2 马尔科夫模型 | 第35-36页 |
| 2.3 隐马尔科夫模型 | 第36-47页 |
| 2.3.1 估值问题 | 第37-40页 |
| 2.3.2 解码问题 | 第40-42页 |
| 2.3.3 学习问题 | 第42-44页 |
| 2.3.4 避免数值计算时的溢出 | 第44-47页 |
| 2.4 扩展的隐马尔科夫模型 | 第47-52页 |
| 2.4.1 前向后向算法 | 第49-51页 |
| 2.4.2 MAP和Viterbi算法 | 第51-52页 |
| 2.4.3 HSMM的参数估计 | 第52页 |
| 2.5 本章小结 | 第52-53页 |
| 第三章 一种基于HSMM的顺式调控模块识别算法 | 第53-65页 |
| 3.1 引言 | 第53页 |
| 3.2 方法 | 第53-58页 |
| 3.2.1 SMCis的HMM模型 | 第53-57页 |
| 3.2.2 推断和学习 | 第57页 |
| 3.2.3 减小搜索空间 | 第57-58页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第58-63页 |
| 3.3.1 实验数据 | 第58-59页 |
| 3.3.2 实验结果评价 | 第59页 |
| 3.3.3 测试结果 | 第59-63页 |
| 3.4 本章小结 | 第63-65页 |
| 第四章 长调控区序列上的顺式调控模块识别 | 第65-81页 |
| 4.1 引言 | 第65-66页 |
| 4.2 方法 | 第66-72页 |
| 4.2.1 Seg HMC的segmental HMM模型 | 第66-70页 |
| 4.2.2 解码和训练算法 | 第70-71页 |
| 4.2.3 Seg HMC算法的整体框架 | 第71-72页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第72-79页 |
| 4.3.1 实验数据 | 第72-73页 |
| 4.3.2 评价 | 第73-74页 |
| 4.3.3 模拟数据集上的结果 | 第74-75页 |
| 4.3.4 果蝇AP模式数据集上的结果 | 第75-78页 |
| 4.3.5 引入的保守结构信息带来的性能提升 | 第78-79页 |
| 4.4 本章小结 | 第79-81页 |
| 第五章 一种有效建模顺式调控模块调控结构的模型 | 第81-97页 |
| 5.1 引言 | 第81页 |
| 5.2 方法 | 第81-89页 |
| 5.2.1 方法概述 | 第81-82页 |
| 5.2.2 PWM过滤 | 第82-83页 |
| 5.2.3 使用HMM搜索候选顺式调控模块 | 第83-88页 |
| 5.2.4 顺式调控模块筛选 | 第88-89页 |
| 5.3 实验结果与分析 | 第89-95页 |
| 5.3.1 性能评价 | 第89-90页 |
| 5.3.2 XIE测试集 | 第90-91页 |
| 5.3.3 Muscle测试集 | 第91-93页 |
| 5.3.4 REDFly测试集 | 第93-95页 |
| 5.4 本章小结 | 第95-97页 |
| 第六章 结论和展望 | 第97-101页 |
| 6.1 结论 | 第97-98页 |
| 6.2 展望 | 第98-101页 |
| 参考文献 | 第101-109页 |
| 致谢 | 第109-111页 |
| 作者简介 | 第111-113页 |